seq1 = pF1KE0983.tfa, 1764 bp
seq2 = pF1KE0983/gi568815597f_206535704.tfa (gi568815597f:206535704_206748962), 213259 bp

>pF1KE0983 1764
>gi568815597f:206535704_206748962 (Chr1)

1-77  (100001-100077)   100% ->
78-189  (101947-102058)   100% ->
190-1764  (111685-113259)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGAGGCACAGCTCGTGGGCCTGGGCGGAAGGATGCGGGGCCGCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGAGGCACAGCTCGTGGGCCTGGGCGGAAGGATGCGGGGCCGCCTGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCCGGGCTCCCGCCCCAGCAGCGGAG         GTTGGGGGATGGTG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 100051 GGCCGGGCTCCCGCCCCAGCAGCGGAGGTA...TAGGTTGGGGGATGGTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TCTATGACACCTTCATGATGATAGATGAAACCAAATGTCCCCCCTGTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101961 TCTATGACACCTTCATGATGATAGATGAAACCAAATGTCCCCCCTGTTCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AATGTACTCTGCAATCCTTCTGAACCACCTCCACCCAGAAGACTAAAT  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 102011 AATGTACTCTGCAATCCTTCTGAACCACCTCCACCCAGAAGACTAAATGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    190        ATGACCACTGAGCAGTTTACAGGAGATCATACTCAGCACTTTT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102061 A...TAGATGACCACTGAGCAGTTTACAGGAGATCATACTCAGCACTTTT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGGATGGAGGTGAGATGAAGGTAGAACAGCTGTTTCAAGAATTTGGCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111728 TGGATGGAGGTGAGATGAAGGTAGAACAGCTGTTTCAAGAATTTGGCAAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AGAAAATCCAATACTATTCAGTCAGATGGCATCAGTGACTCTGAAAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111778 AGAAAATCCAATACTATTCAGTCAGATGGCATCAGTGACTCTGAAAAATG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CTCTCCTACTGTTTCTCAGGGTAAAAGTTCAGATTGCTTGAATACAGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111828 CTCTCCTACTGTTTCTCAGGGTAAAAGTTCAGATTGCTTGAATACAGTAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AATCCAACAGTTCATCCAAGGCACCCAAAGTGGTGCCTCTGACTCCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111878 AATCCAACAGTTCATCCAAGGCACCCAAAGTGGTGCCTCTGACTCCAGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CAAGCCCTGAAGCAATATAAACACCACCTCACTGCCTATGAGAAACTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111928 CAAGCCCTGAAGCAATATAAACACCACCTCACTGCCTATGAGAAACTGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 AATAATTAATTATCCAGAAATTTACTTTGTAGGTCCAAATGCCAAGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111978 AATAATTAATTATCCAGAAATTTACTTTGTAGGTCCAAATGCCAAGAAAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 GACATGGAGTTATTGGTGGTCCCAATAATGGAGGGTATGATGATGCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112028 GACATGGAGTTATTGGTGGTCCCAATAATGGAGGGTATGATGATGCAGAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GGGGCCTATATTCATGTACCTCGAGACCATCTAGCTTATCGATATGAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112078 GGGGCCTATATTCATGTACCTCGAGACCATCTAGCTTATCGATATGAGGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 GCTGAAAATTATTGGCAAGGGGAGTTTTGGGCAGGTGGCCAGGGTCTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112128 GCTGAAAATTATTGGCAAGGGGAGTTTTGGGCAGGTGGCCAGGGTCTATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 ATCACAAACTTCGACAGTACGTGGCCCTAAAAATGGTGCGCAATGAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112178 ATCACAAACTTCGACAGTACGTGGCCCTAAAAATGGTGCGCAATGAGAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 CGCTTTCATCGTCAAGCAGCTGAGGAGATCCGGATTTTGGAGCATCTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112228 CGCTTTCATCGTCAAGCAGCTGAGGAGATCCGGATTTTGGAGCATCTTAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 GAAACAGGATAAAACTGGTAGTATGAACGTTATCCACATGCTGGAAAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112278 GAAACAGGATAAAACTGGTAGTATGAACGTTATCCACATGCTGGAAAGTT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 TCACATTCCGGAACCATGTTTGCATGGCCTTTGAATTGCTGAGCATAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112328 TCACATTCCGGAACCATGTTTGCATGGCCTTTGAATTGCTGAGCATAGAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 CTTTATGAGCTGATTAAAAAAAATAAGTTTCAGGGTTTTAGCGTCCAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112378 CTTTATGAGCTGATTAAAAAAAATAAGTTTCAGGGTTTTAGCGTCCAGTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 GGTACGCAAGTTTGCCCAGTCCATCTTGCAATCTTTGGATGCCCTCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112428 GGTACGCAAGTTTGCCCAGTCCATCTTGCAATCTTTGGATGCCCTCCACA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 AAAATAAGATTATTCACTGCGATCTGAAGCCAGAAAACATTCTCCTGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112478 AAAATAAGATTATTCACTGCGATCTGAAGCCAGAAAACATTCTCCTGAAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 CACCACGGGCGCAGTTCAACCAAGGTCATTGACTTTGGGTCCAGCTGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112528 CACCACGGGCGCAGTTCAACCAAGGTCATTGACTTTGGGTCCAGCTGTTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 CGAGTACCAGAAGCTCTACACATATATCCAGTCTCGGTTCTACAGAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112578 CGAGTACCAGAAGCTCTACACATATATCCAGTCTCGGTTCTACAGAGCTC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 CAGAAATCATCTTAGGAAGCCGCTACAGCACACCAATTGACATATGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112628 CAGAAATCATCTTAGGAAGCCGCTACAGCACACCAATTGACATATGGAGT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183 TTTGGCTGCATCCTTGCAGAACTTTTAACAGGACAGCCTCTCTTCCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112678 TTTGGCTGCATCCTTGCAGAACTTTTAACAGGACAGCCTCTCTTCCCTGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1233 AGAGGATGAAGGAGACCAGTTGGCCTGCATGATGGAGCTTCTAGGGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112728 AGAGGATGAAGGAGACCAGTTGGCCTGCATGATGGAGCTTCTAGGGATGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1283 CACCACCAAAACTTCTGGAGCAATCCAAACGTGCCAAGTACTTTATTAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112778 CACCACCAAAACTTCTGGAGCAATCCAAACGTGCCAAGTACTTTATTAAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1333 TCCAAGGGCATACCCCGCTACTGCTCTGTGACTACCCAGGCAGATGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112828 TCCAAGGGCATACCCCGCTACTGCTCTGTGACTACCCAGGCAGATGGGAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1383 GGTTGTGCTTGTGGGGGGTCGCTCACGTAGGGGTAAAAAGCGGGGTCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112878 GGTTGTGCTTGTGGGGGGTCGCTCACGTAGGGGTAAAAAGCGGGGTCCCC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1433 CAGGCAGCAAAGACTGGGGGACAGCACTGAAAGGGTGTGATGACTACTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112928 CAGGCAGCAAAGACTGGGGGACAGCACTGAAAGGGTGTGATGACTACTTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1483 TTTATAGAGTTCTTGAAAAGGTGTCTTCACTGGGACCCCTCTGCCCGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112978 TTTATAGAGTTCTTGAAAAGGTGTCTTCACTGGGACCCCTCTGCCCGCTT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1533 GACCCCAGCTCAAGCATTAAGACACCCTTGGATTAGCAAGTCTGTCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113028 GACCCCAGCTCAAGCATTAAGACACCCTTGGATTAGCAAGTCTGTCCCCA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1583 GACCTCTCACCACCATAGACAAGGTGTCAGGGAAACGGGTAGTTAATCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113078 GACCTCTCACCACCATAGACAAGGTGTCAGGGAAACGGGTAGTTAATCCT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1633 GCAAGTGCTTTCCAGGGATTGGGTTCTAAGCTGCCTCCAGTTGTTGGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113128 GCAAGTGCTTTCCAGGGATTGGGTTCTAAGCTGCCTCCAGTTGTTGGAAT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1683 AGCCAATAAGCTTAAAGCTAACTTAATGTCAGAAACCAATGGTAGTATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113178 AGCCAATAAGCTTAAAGCTAACTTAATGTCAGAAACCAATGGTAGTATAC

   1750     .    :    .    :    .    :
   1733 CCCTATGCAGTGTATTGCCAAAACTGATTAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||
 113228 CCCTATGCAGTGTATTGCCAAAACTGATTAGC