seq1 = pF1KE0982.tfa, 1761 bp
seq2 = pF1KE0982/gi568815580f_50563959.tfa (gi568815580f:50563959_50829851), 265893 bp

>pF1KE0982 1761
>gi568815580f:50563959_50829851 (Chr18)

1-546  (100001-100546)   100% ->
547-691  (151121-151265)   100% ->
692-853  (157980-158141)   100% ->
854-1067  (162004-162217)   100% ->
1068-1761  (165200-165893)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTGAGAAGGGTGACTGCATCGCCAGTGTCTATGGGTATGACCTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTGAGAAGGGTGACTGCATCGCCAGTGTCTATGGGTATGACCTCGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGGGCGCTTTGTTGACTTCCAACCCCTGGGCTTCGGTGTCAATGGTTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGGGCGCTTTGTTGACTTCCAACCCCTGGGCTTCGGTGTCAATGGTTTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGCTGTCGGCCGTGGACAGCCGGGCCTGCCGGAAGGTCGCTGTGAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGCTGTCGGCCGTGGACAGCCGGGCCTGCCGGAAGGTCGCTGTGAAGAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATTGCCCTGAGCGATGCCCGCAGCATGAAGCACGCGCTCCGAGAGATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ATTGCCCTGAGCGATGCCCGCAGCATGAAGCACGCGCTCCGAGAGATCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GATCATTCGGCGCCTGGACCACGACAACATCGTCAAAGTGTACGAGGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GATCATTCGGCGCCTGGACCACGACAACATCGTCAAAGTGTACGAGGTGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCGGTCCCAAGGGCACTGACCTGCAGGGTGAGCTGTTCAAGTTCAGCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TCGGTCCCAAGGGCACTGACCTGCAGGGTGAGCTGTTCAAGTTCAGCGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GCGTACATCGTCCAGGAGTACATGGAGACCGACCTGGCACGCCTGCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GCGTACATCGTCCAGGAGTACATGGAGACCGACCTGGCACGCCTGCTGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GCAGGGCACGCTGGCAGAAGAGCATGCCAAGCTGTTCATGTACCAGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GCAGGGCACGCTGGCAGAAGAGCATGCCAAGCTGTTCATGTACCAGCTGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TCCGCGGGCTCAAGTACATCCACTCCGCCAACGTGCTGCACAGGGACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TCCGCGGGCTCAAGTACATCCACTCCGCCAACGTGCTGCACAGGGACCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 AAGCCCGCCAACATCTTCATCAGCACAGAGGACCTCGTGCTCAAGATTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 AAGCCCGCCAACATCTTCATCAGCACAGAGGACCTCGTGCTCAAGATTGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GGATTTCGGGTTGGCAAGGATCGTTGATCAGCATTACTCCCACAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100501 GGATTTCGGGTTGGCAAGGATCGTTGATCAGCATTACTCCCACAAGGTA.

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547      GGTTATCTGTCAGAAGGGTTGGTAACAAAGTGGTACCGTTCCCCA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 ..CAGGGTTATCTGTCAGAAGGGTTGGTAACAAAGTGGTACCGTTCCCCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 CGACTGCTCCTTTCCCCCAATAACTACACCAAAGCCATCGACATGTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151166 CGACTGCTCCTTTCCCCCAATAACTACACCAAAGCCATCGACATGTGGGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 CGCCGGCTGCATCCTGGCTGAGATGCTTACGGGGAGAATGCTCTTTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151216 CGCCGGCTGCATCCTGGCTGAGATGCTTACGGGGAGAATGCTCTTTGCTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692          GGGCCCATGAGCTGGAGCAGATGCAACTCATCCTGGAGACC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151266 GTG...CAGGGGCCCATGAGCTGGAGCAGATGCAACTCATCCTGGAGACC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 ATCCCTGTAATCCGGGAGGAAGACAAGGACGAGCTGCTCAGGGTGATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158021 ATCCCTGTAATCCGGGAGGAAGACAAGGACGAGCTGCTCAGGGTGATGCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 TTCCTTTGTCAGCAGCACCTGGGAGGTGAAGAGGCCTCTGCGCAAGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158071 TTCCTTTGTCAGCAGCACCTGGGAGGTGAAGAGGCCTCTGCGCAAGCTGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 TCCCTGAAGTGAACAGTGAAG         CCATCGACTTTCTGGAGAAG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 158121 TCCCTGAAGTGAACAGTGAAGGTA...CAGCCATCGACTTTCTGGAGAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 ATCCTGACCTTTAACCCCATGGATCGCCTAACAGCTGAGATGGGGCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162024 ATCCTGACCTTTAACCCCATGGATCGCCTAACAGCTGAGATGGGGCTGCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 ACACCCCTACATGAGCCCATACTCGTGCCCTGAGGACGAGCCCACCTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162074 ACACCCCTACATGAGCCCATACTCGTGCCCTGAGGACGAGCCCACCTCAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 AACACCCCTTCCGCATTGAGGATGAGATCGACGACATCGTGCTGATGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162124 AACACCCCTTCCGCATTGAGGATGAGATCGACGACATCGTGCTGATGGCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 GCTAACCAGAGCCAGCTGTCCAACTGGGACACGTGCAGTTCCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 162174 GCTAACCAGAGCCAGCTGTCCAACTGGGACACGTGCAGTTCCAGGTG...

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1068    GTACCCTGTGAGCCTGTCGTCGGACCTGGAGTGGCGGCCTGACCGGT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165197 CAGGTACCCTGTGAGCCTGTCGTCGGACCTGGAGTGGCGGCCTGACCGGT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 GCCAGGACGCCAGCGAGGTACAGCGCGACCCGCGCGCGGGTTCGGCGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165247 GCCAGGACGCCAGCGAGGTACAGCGCGACCCGCGCGCGGGTTCGGCGCCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 CTGGCTGAGGACGTGCAGGTGGACCCGCGCAAGGACTCGCACAGCAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165297 CTGGCTGAGGACGTGCAGGTGGACCCGCGCAAGGACTCGCACAGCAGCTC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1215 CGAGCGCTTCCTAGAGCAGTCGCACTCGTCCATGGAGCGCGCCTTCGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165347 CGAGCGCTTCCTAGAGCAGTCGCACTCGTCCATGGAGCGCGCCTTCGAGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1265 CCGACTACGGGCGCTCCTGCGACTACAAGGTGGGGTCGCCGTCCTACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165397 CCGACTACGGGCGCTCCTGCGACTACAAGGTGGGGTCGCCGTCCTACCTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1315 GACAAGCTGCTGTGGCGCGACAACAAGCCGCACCACTACTCGGAGCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165447 GACAAGCTGCTGTGGCGCGACAACAAGCCGCACCACTACTCGGAGCCCAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1365 GCTCATCCTGGACCTGTCGCACTGGAAGCAGGCGGCCGGCGCGCCCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165497 GCTCATCCTGGACCTGTCGCACTGGAAGCAGGCGGCCGGCGCGCCCCCCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1415 CGGCCACGGGGCTGGCGGACACGGGGGCGCGCGAGGACGAGCCGGCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165547 CGGCCACGGGGCTGGCGGACACGGGGGCGCGCGAGGACGAGCCGGCCAGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1465 CTCTTCCTGGAGATCGCGCAGTGGGTCAAGAGCACGCAGGGCGGCCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165597 CTCTTCCTGGAGATCGCGCAGTGGGTCAAGAGCACGCAGGGCGGCCCAGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1515 GCACGCCAGCCCGCCCGCCGACGACCCCGAGCGCCGCTTGTCTGCCTCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165647 GCACGCCAGCCCGCCCGCCGACGACCCCGAGCGCCGCTTGTCTGCCTCGC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1565 CCCCCGGCCGCCCGGCCCCGGTGGACGGCGGCGCCAGCCCCCAGTTCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165697 CCCCCGGCCGCCCGGCCCCGGTGGACGGCGGCGCCAGCCCCCAGTTCGAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1615 CTGGACGTGTTCATCTCCCGCGCCCTGAAGCTCTGCACCAAGCCCGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165747 CTGGACGTGTTCATCTCCCGCGCCCTGAAGCTCTGCACCAAGCCCGAGGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1665 CCTGCCGGACAATAAACTGGGCGACCTCAATGGTGCGTGCATCCCCGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165797 CCTGCCGGACAATAAACTGGGCGACCTCAATGGTGCGTGCATCCCCGAGC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1715 ACCCTGGCGACCTCGTGCAGACCGAGGCCTTCTCCAAAGAAAGGTGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165847 ACCCTGGCGACCTCGTGCAGACCGAGGCCTTCTCCAAAGAAAGGTGG