seq1 = pF1KE0981.tfa, 1740 bp
seq2 = pF1KE0981/gi568815590f_144279386.tfa (gi568815590f:144279386_144493071), 213686 bp

>pF1KE0981 1740
>gi568815590f:144279386_144493071 (Chr8)

12-116  (100001-100105)   99% ->
117-266  (103696-103845)   100% ->
267-342  (111286-111361)   100% ->
343-543  (111471-111671)   100% ->
544-684  (111749-111889)   100% ->
685-798  (111976-112089)   100% ->
799-930  (112195-112326)   100% ->
931-1014  (112398-112481)   100% ->
1015-1096  (112556-112637)   100% ->
1097-1175  (112707-112785)   100% ->
1176-1267  (112869-112960)   100% ->
1268-1520  (113060-113312)   100% ->
1521-1637  (113391-113507)   100% ->
1638-1740  (113584-113686)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     12 GGTGCAGCTCTGTCATTTCCACTCTGCTCTGCTGCACAGAAGGCAGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
 100001 GGTGCAGCTCTGTCATTTCCACTCTGCTCTGCTGCACAGCAGGCAGAAGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     62 CCTGGCCGTCCCCTGCTGTGTTCTTCAGGAGAAACGTCAGGGGCCTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCTGGCCGTCCCCTGCTGTGTTCTTCAGGAGAAACGTCAGGGGCCTTCCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    112 CCAAG         GTTCTCCAGCCCCACACCCCTGTGGAGGAAGGTGCT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCAAGGTA...CAGGTTCTCCAGCCCCACACCCCTGTGGAGGAAGGTGCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    153 CTCCACCGCGGTAGTGGGGGCGCCCCTGCTCCTCGGAGCCCGCTATGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103732 CTCCACCGCGGTAGTGGGGGCGCCCCTGCTCCTCGGAGCCCGCTATGTCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    203 TGGCAGAGGCACGGGAGAAGAGGAGGATGCGGCTCGTGGTGGATGGCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103782 TGGCAGAGGCACGGGAGAAGAGGAGGATGCGGCTCGTGGTGGATGGCATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    253 GGGCGCTTTGGCAG         GTCTCTGAAGGTCGGCCTGCAGATCTC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 103832 GGGCGCTTTGGCAGGTA...CAGGTCTCTGAAGGTCGGCCTGCAGATCTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    294 CCTGGACTACTGGTGGTGCACCAATGTTGTCCTTCGAGGGGTGGAAGAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 111313 CCTGGACTACTGGTGGTGCACCAATGTTGTCCTTCGAGGGGTGGAAGAGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    343         AACAGCCCAGGCTACTTGGAGGTGATGTCTGCGTGTCACCAG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111363 TT...CAGAACAGCCCAGGCTACTTGGAGGTGATGTCTGCGTGTCACCAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    385 CGGGCGGCTGATGCCCTGGTGGCAGGGGCCATCAGCAACGGGGGCCTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111513 CGGGCGGCTGATGCCCTGGTGGCAGGGGCCATCAGCAACGGGGGCCTCTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    435 CGTGAAGCTGGGCCAGGGGCTGTGCTCCTTCAACCACCTGCTTCCCCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111563 CGTGAAGCTGGGCCAGGGGCTGTGCTCCTTCAACCACCTGCTTCCCCCCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    485 AGTATACCCGGACCCTGCGCGTGCTAGAGGACAGGGCCCTCAAGCGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111613 AGTATACCCGGACCCTGCGCGTGCTAGAGGACAGGGCCCTCAAGCGGGGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    535 TTCCAGGAG         GTGGATGAGTTGTTCCTTGAGGACTTCCAGGC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 111663 TTCCAGGAGGTG...CAGGTGGATGAGTTGTTCCTTGAGGACTTCCAGGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    576 CCTCCCCCACGAGCTCTTCCAGGAGTTTGACTACCAGCCAATTGCTGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111781 CCTCCCCCACGAGCTCTTCCAGGAGTTTGACTACCAGCCAATTGCTGCCG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    626 CCAGCCTGGCACAGGTGCACAGAGCCAAGCTGCACGATGGCACCAGCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111831 CCAGCCTGGCACAGGTGCACAGAGCCAAGCTGCACGATGGCACCAGCGTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    676 GCTGTGAAG         GTGCAGTACATCGACCTGCGGGACCGCTTTGA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 111881 GCTGTGAAGGTA...CAGGTGCAGTACATCGACCTGCGGGACCGCTTTGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    717 TGGGGACATCCACACCCTGGAGCTCCTGCTGCGGCTCGTTGAGGTCATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112008 TGGGGACATCCACACCCTGGAGCTCCTGCTGCGGCTCGTTGAGGTCATGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    767 ACCCCAGCTTTGGCTTCAGCTGGGTCCTCCAG         GACCTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 112058 ACCCCAGCTTTGGCTTCAGCTGGGTCCTCCAGGTA...CAGGACCTGAAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    808 GGGACCCTGGCCCAGGAGCTGGACTTCGAGAATGAGGGCCGCAACGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112204 GGGACCCTGGCCCAGGAGCTGGACTTCGAGAATGAGGGCCGCAACGCAGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    858 GCGCTGTGCGCGGGAGCTGGCGCACTTCCCCTACGTCGTGGTGCCCCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112254 GCGCTGTGCGCGGGAGCTGGCGCACTTCCCCTACGTCGTGGTGCCCCGCG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    908 TGCACTGGGACAAGTCCAGCAAG         CGCGTGCTCACTGCCGAC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 112304 TGCACTGGGACAAGTCCAGCAAGGTG...CAGCGCGTGCTCACTGCCGAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    949 TTCTGCGCCGGCTGCAAGGTCAACGATGTGGAGGCCATCAGGAGCCAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112416 TTCTGCGCCGGCTGCAAGGTCAACGATGTGGAGGCCATCAGGAGCCAGGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    999 GCTGGCAGTGCATGAC         ATAGCAGAAAAGCTCATCAAGGCCT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 112466 GCTGGCAGTGCATGACGTG...CAGATAGCAGAAAAGCTCATCAAGGCCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1040 TTGCTGAGCAGATATTTTACACCGGCTTCATCCACTCGGACCCACATCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112581 TTGCTGAGCAGATATTTTACACCGGCTTCATCCACTCGGACCCACATCCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1090 GGCAACG         TTCTGGTGCGGAAAGGCCCGGACGGGAAAGCGGA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112631 GGCAACGGTA...TAGTTCTGGTGCGGAAAGGCCCGGACGGGAAAGCGGA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1131 GCTGGTGCTGCTGGACCACGGGCTCTACCAGTTCCTGGAGGAGAA     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 112741 GCTGGTGCTGCTGGACCACGGGCTCTACCAGTTCCTGGAGGAGAAGTG..

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1176     GGACCGCGCAGCCCTCTGCCAGCTGTGGCGGGCCATCATCCTGCGG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112791 .CAGGGACCGCGCAGCCCTCTGCCAGCTGTGGCGGGCCATCATCCTGCGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1222 GACGACGCCGCCATGAGGGCGCACGCAGCCGCACTGGGGGTGCAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 112915 GACGACGCCGCCATGAGGGCGCACGCAGCCGCACTGGGGGTGCAAGGTG.

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1268      ACTACCTCCTGTTCGCCGAGATGCTCATGCAGCGCCCCGTGCGCC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112965 ..CAGACTACCTCCTGTTCGCCGAGATGCTCATGCAGCGCCCCGTGCGCC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1313 TGGGGCAGCTGTGGGGCTCGCACCTACTGAGCCGCGAAGAGGCGGCCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113105 TGGGGCAGCTGTGGGGCTCGCACCTACTGAGCCGCGAAGAGGCGGCCTAC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1363 ATGGTGGACATGGCCCGCGAGCGCTTCGAGGCCGTCATGGCGGTGCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113155 ATGGTGGACATGGCCCGCGAGCGCTTCGAGGCCGTCATGGCGGTGCTCAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1413 GGAGCTGCCGCGGCCCATGCTGCTGGTGCTGCGCAACATCAACACCGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113205 GGAGCTGCCGCGGCCCATGCTGCTGGTGCTGCGCAACATCAACACCGTGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1463 GCGCTATCAACGTGGCCCTCGGCGCCCCCGTGGACCGCTACTTCCTTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113255 GCGCTATCAACGTGGCCCTCGGCGCCCCCGTGGACCGCTACTTCCTTATG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1513 GCTAAAAG         GGCTGTCCGGGGCTGGAGCCGCCTGGCGGGCGC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 113305 GCTAAAAGGTC...CAGGGCTGTCCGGGGCTGGAGCCGCCTGGCGGGCGC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1554 CACGTATCGGGGTGTCTACGGCACCAGCCTCCTGCGCCACGCCAAGGTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113424 CACGTATCGGGGTGTCTACGGCACCAGCCTCCTGCGCCACGCCAAGGTCG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1604 TCTGGGAGATGCTCAAGTTTGAAGTGGCGCTCAG         GCTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 113474 TCTGGGAGATGCTCAAGTTTGAAGTGGCGCTCAGGTG...CAGGCTGGAG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1645 ACCTTGGCCATGCGGCTGACCGCCCTCCTGGCTCGTGCTCTGGTCCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113591 ACCTTGGCCATGCGGCTGACCGCCCTCCTGGCTCGTGCTCTGGTCCACCT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1695 GAGCCTCGTGCCCCCAGCGGAGGAGCTCTACCAGTACCTGGAGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113641 GAGCCTCGTGCCCCCAGCGGAGGAGCTCTACCAGTACCTGGAGACC