seq1 = pF1KE0980.tfa, 1734 bp
seq2 = pF1KE0980/gi568815595f_58232989.tfa (gi568815595f:58232989_58524957), 291969 bp

>pF1KE0980 1734
>gi568815595f:58232989_58524957 (Chr3)

1-102  (100001-100102)   100% ->
103-153  (132886-132936)   100% ->
154-201  (136443-136490)   100% ->
202-388  (149526-149712)   100% ->
389-466  (157594-157671)   100% ->
467-540  (158159-158232)   100% ->
541-615  (158785-158859)   100% ->
616-720  (162010-162114)   100% ->
721-822  (162670-162771)   100% ->
823-984  (164051-164212)   99% ->
985-1102  (164617-164734)   100% ->
1103-1181  (166311-166389)   100% ->
1182-1230  (170874-170922)   100% ->
1231-1308  (175936-176013)   100% ->
1309-1395  (176544-176630)   100% ->
1396-1465  (177102-177171)   98% ->
1466-1528  (179913-179975)   100% ->
1529-1734  (191764-191969)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCTTCATGGAGAAGCCGCCAGCCGGCAAGGTGCTGCTGGACGACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCTTCATGGAGAAGCCGCCAGCCGGCAAGGTGCTGCTGGACGACAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGTGCCGCTGACAGCAGCCATCGAGGCGAGCCAGAGCCTGCAGTCCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGTGCCGCTGACAGCAGCCATCGAGGCGAGCCAGAGCCTGCAGTCCCACA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CG         GAATATATTATTCGAGTGCAAAGAGGAATTTCTGTGGAA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CGGTG...AAGGAATATATTATTCGAGTGCAAAGAGGAATTTCTGTGGAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AACAGCTGGCAG         ATTGTTAGAAGATACAGTGACTTTGATTT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 132925 AACAGCTGGCAGGTA...CAGATTGTTAGAAGATACAGTGACTTTGATTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GCTTAACAACAGCTTACAG         ATTGCAGGCCTAAGTCTACCTC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 136472 GCTTAACAACAGCTTACAGGTA...AAGATTGCAGGCCTAAGTCTACCTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 TTCCTCCCAAAAAATTGATTGGTAACATGGATCGTGAATTCATAGCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149548 TTCCTCCCAAAAAATTGATTGGTAACATGGATCGTGAATTCATAGCTGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 AGGCAGAAAGGTCTTCAGAACTATCTCAACGTGATCACAACAAATCATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149598 AGGCAGAAAGGTCTTCAGAACTATCTCAACGTGATCACAACAAATCATAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CTTGTCTAATTGTGAGCTGGTTAAGAAGTTTTTAGATCCAAACAACTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149648 CTTGTCTAATTGTGAGCTGGTTAAGAAGTTTTTAGATCCAAACAACTATT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CCGCAAACTATACTG         AGATTGCCTTGCAACAGGTTTCCATG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 149698 CCGCAAACTATACTGGTA...CAGAGATTGCCTTGCAACAGGTTTCCATG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TTCTTCCGATCAGAACCAAAGTGGGAGGTGGTGGAACCTTTGAAAGACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157620 TTCTTCCGATCAGAACCAAAGTGGGAGGTGGTGGAACCTTTGAAAGACAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AG         GTTGGAGAATAAGGAAGAAATATTTCTTGATGAAGATTA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157670 AGGTG...CAGGTTGGAGAATAAGGAAGAAATATTTCTTGATGAAGATTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 AAAATCAGCCAAAGGAACGGCTAGTGTTAAGCTGG         GCTGAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 158198 AAAATCAGCCAAAGGAACGGCTAGTGTTAAGCTGGGTA...CAGGCTGAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 CTTGGCCCAGACAAGTATTTGTCAGATAAAGATTTTCAGTGTCTAATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158791 CTTGGCCCAGACAAGTATTTGTCAGATAAAGATTTTCAGTGTCTAATCAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 ACTTCTGCCTTCTTGTTTG         CACCCTTACATCTATCGGGTTA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 158841 ACTTCTGCCTTCTTGTTTGGTG...CAGCACCCTTACATCTATCGGGTTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 CCTTTGCCACAGCTAATGAATCCTCAGCGTTGCTAATTAGGATGTTTAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162032 CCTTTGCCACAGCTAATGAATCCTCAGCGTTGCTAATTAGGATGTTTAAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 GAAAAGGGAACATTGAAGGATCTGATCTACAAG         GCAAAACC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 162082 GAAAAGGGAACATTGAAGGATCTGATCTACAAGGTA...AAGGCAAAACC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 AAAAGACCCATTTCTAAAGAAGTACTGCAACCCTAAGAAGATTCAGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162678 AAAAGACCCATTTCTAAAGAAGTACTGCAACCCTAAGAAGATTCAGGGCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 TGGAACTCCAGCAAATAAAAACATATGGACGGCAAATATTAGAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 162728 TGGAACTCCAGCAAATAAAAACATATGGACGGCAAATATTAGAGGTA...

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    823    GTACTGAAGTTTCTTCATGACAAGGGATTCCCTTATGGGCATCTTCA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164048 TAGGTACTGAAGTTTCTTCATGACAAGGGATTCCCTTATGGGCATCTTCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 CGCCTCCAATGTGATGCTCGATGGGGACACTTGTCGGCTGCTGGACCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
 164098 CGCCTCCAATGTGATGCTCGATGGGGACACTTGCCGGCTGCTGGACCTTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 AGAATTCCTTATTGGGCCTGCCTTCCTTCTACCGATCTTATTTTTCACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164148 AGAATTCCTTATTGGGCCTGCCTTCCTTCTACCGATCTTATTTTTCACAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 TTCAGGAAAATCAAT         ACATTGGAAAGTGTGGATGTCCACTG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 164198 TTCAGGAAAATCAATGTA...CAGACATTGGAAAGTGTGGATGTCCACTG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 CTTTGGCCACTTACTGTATGAAATGACTTATGGACGACCGCCAGACTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164643 CTTTGGCCACTTACTGTATGAAATGACTTATGGACGACCGCCAGACTCGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 TGCCTGTGGACTCCTTCCCTCCTGCCCCGTCCATGGCTGTGG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 164693 TGCCTGTGGACTCCTTCCCTCCTGCCCCGTCCATGGCTGTGGGTC...AA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1103  TGGCCGTGTTGGAGTCTACGCTGTCTTGTGAAGCCTGTAAAAATGGCAT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166310 GTGGCCGTGTTGGAGTCTACGCTGTCTTGTGAAGCCTGTAAAAATGGCAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 GCCTACCATCTCCCGGCTCTTACAGATGCC         ATTATTCAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 166360 GCCTACCATCTCCCGGCTCTTACAGATGCCGTA...CAGATTATTCAGCG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1193 ATGTTTTACTAACCACTTCTGAAAAACCACAGTTTAAG         ATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 170885 ATGTTTTACTAACCACTTCTGAAAAACCACAGTTTAAGGTA...CAGATC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1234 CCTACAAAGTTAAAAGAGGCATTGAGAATTGCCAAAGAATGTATAGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175939 CCTACAAAGTTAAAAGAGGCATTGAGAATTGCCAAAGAATGTATAGAGAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1284 GAGACTAATTGAGGAACAGAAACAG         ATTCACCAGCATCGAA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 175989 GAGACTAATTGAGGAACAGAAACAGGTA...AAGATTCACCAGCATCGAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1325 GACTGACAAGAGCTCAGTCCCACCATGGATCTGAGGAGGAAAGAAAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176560 GACTGACAAGAGCTCAGTCCCACCATGGATCTGAGGAGGAAAGAAAAAAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1375 AGAAAGATTTTAGCTCGAAAG         AAGTCAAAACGATCTGCTCT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 176610 AGAAAGATTTTAGCTCGAAAGGTA...AAGAAGTCAAAACGATCTGCTCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1416 TGAAAATAGTGAAGAGCATTCAGCGAGGTACAGCAACTCCAATAATTCAG
        |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
 177122 TGAAAATAGTGAAGAGCATTCAGCGAAGTACAGCAACTCCAATAATTCAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1466          CAGGATCTGGGGCCAGCTCACCTCTCACGTCCCCGTCATCG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177172 GTA...TAGCAGGATCTGGGGCCAGCTCACCTCTCACGTCCCCGTCATCG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1507 CCAACTCCACCCTCTACATCAG         GGATATCTGCATTACCTCC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 179954 CCAACTCCACCCTCTACATCAGGTT...CAGGGATATCTGCATTACCTCC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1548 ACCTCCTCCACCTCCACCACCACCAGCAGCTCCCTTGCCTCCTGCGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191783 ACCTCCTCCACCTCCACCACCACCAGCAGCTCCCTTGCCTCCTGCGAGCA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1598 CCGAGGTACCTGCCCAGCTCTCGTCTCAGGCTGTGAATGGCATGAGCCGA
        |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191833 CCGAGGCACCTGCCCAGCTCTCGTCTCAGGCTGTGAATGGCATGAGCCGA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1648 GGGGCCTTGCTCAGCTCCATCCAGAATTTCCAAAAAGGAACTTTGAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191883 GGGGCCTTGCTCAGCTCCATCCAGAATTTCCAAAAAGGAACTTTGAGGAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .
   1698 AGCCAAAACCTGTGATCACAGTGCTCCGAAGATCGGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191933 AGCCAAAACCTGTGATCACAGTGCTCCGAAGATCGGC