seq1 = pF1KE0968.tfa, 1560 bp
seq2 = pF1KE0968/gi568815586f_4491181.tfa (gi568815586f:4491181_4713750), 222570 bp

>pF1KE0968 1560
>gi568815586f:4491181_4713750 (Chr12)

1-118  (100001-100118)   100% ->
119-282  (101822-101985)   100% ->
283-419  (104969-105105)   100% ->
420-560  (105409-105549)   100% ->
561-699  (107848-107986)   100% ->
700-781  (108527-108608)   100% ->
782-954  (113734-113906)   100% ->
955-1015  (116147-116207)   100% ->
1016-1145  (118975-119104)   100% ->
1146-1321  (121363-121538)   100% ->
1322-1560  (122332-122570)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCGGCCTCAGAGCTCAAGGCTTCAGAAATACCTTTCCACCCTAGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCGGCCTCAGAGCTCAAGGCTTCAGAAATACCTTTCCACCCTAGCAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TAAAACCCAGGATCCCAAGGCAGAGGAGAAGTCACCAAAGAAGCAAAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TAAAACCCAGGATCCCAAGGCAGAGGAGAAGTCACCAAAGAAGCAAAAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGACTCTGACAGCGGCAG         AGGCCCTAAAGCTTTTTAAGAAC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 100101 TGACTCTGACAGCGGCAGGTA...CAGAGGCCCTAAAGCTTTTTAAGAAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CAGCTGTCTCCATATGAACAAAGTGAAATCCTGGGCTACGCGGAGCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101845 CAGCTGTCTCCATATGAACAAAGTGAAATCCTGGGCTACGCGGAGCTGTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GTTCCTGGGTCTTGAAGCCAAGAAGCTCGACACGGCTCCTGAGAAATTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101895 GTTCCTGGGTCTTGAAGCCAAGAAGCTCGACACGGCTCCTGAGAAATTTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GCAAGACGAGTTTTGATGATGAGCATGGCTTCTATCTGAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 101945 GCAAGACGAGTTTTGATGATGAGCATGGCTTCTATCTGAAGGTG...CAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GTCCTGCATGATCACATTGCCTACCGCTATGAAGTTCTGGAGACAATCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104969 GTCCTGCATGATCACATTGCCTACCGCTATGAAGTTCTGGAGACAATCGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GAAGGGGTCCTTTGGACAGGTGGCCAAGTGCTTGGATCACAAAAACAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105019 GAAGGGGTCCTTTGGACAGGTGGCCAAGTGCTTGGATCACAAAAACAATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AGCTGGTGGCCCTGAAAATCATCAGGAACAAGAAGAG         GTTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 105069 AGCTGGTGGCCCTGAAAATCATCAGGAACAAGAAGAGGTG...TAGGTTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CACCAGCAGGCCCTGATGGAGCTGAAGATCCTGGAAGCTCTCAGAAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105413 CACCAGCAGGCCCTGATGGAGCTGAAGATCCTGGAAGCTCTCAGAAAGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GGACAAAGACAACACCTACAATGTGGTGCATATGAAGGACTTTTTCTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105463 GGACAAAGACAACACCTACAATGTGGTGCATATGAAGGACTTTTTCTACT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TTCGCAATCACTTCTGCATCACCTTTGAGCTCCTGGG         AATC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 105513 TTCGCAATCACTTCTGCATCACCTTTGAGCTCCTGGGGTC...CAGAATC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AACTTGTATGAGTTGATGAAGAATAACAACTTTCAAGGCTTCAGTCTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107852 AACTTGTATGAGTTGATGAAGAATAACAACTTTCAAGGCTTCAGTCTGTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CATAGTTCGGCGCTTCACTCTCTCTGTTTTGAAGTGCTTGCAGATGCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107902 CATAGTTCGGCGCTTCACTCTCTCTGTTTTGAAGTGCTTGCAGATGCTTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CGGTAGAGAAAATCATTCACTGTGATCTCAAGCCC         GAAAAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 107952 CGGTAGAGAAAATCATTCACTGTGATCTCAAGCCCGTG...TAGGAAAAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 ATAGTGCTATACCAAAAGGGCCAAGCCTCTGTTAAAGTCATTGACTTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108533 ATAGTGCTATACCAAAAGGGCCAAGCCTCTGTTAAAGTCATTGACTTTGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 ATCAAGCTGTTATGAACACCAGAAAG         TATACACGTACATCC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 108583 ATCAAGCTGTTATGAACACCAGAAAGGTG...CAGTATACACGTACATCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AAAGCCGGTTCTACCGATCCCCAGAAGTGATCCTGGGCCACCCCTACGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113749 AAAGCCGGTTCTACCGATCCCCAGAAGTGATCCTGGGCCACCCCTACGAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GTGGCCATTGACATGTGGAGCCTGGGCTGCATCACGGCGGAGTTGTACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113799 GTGGCCATTGACATGTGGAGCCTGGGCTGCATCACGGCGGAGTTGTACAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 GGGCTACCCCCTGTTCCCCGGGGAGAATGAGGTGGAGCAGCTGGCCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113849 GGGCTACCCCCTGTTCCCCGGGGAGAATGAGGTGGAGCAGCTGGCCTGCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 TCATGGAG         GTGCTGGGTCTGCCGCCAGCCGGCTTCATTCAG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 113899 TCATGGAGGTA...AAGGTGCTGGGTCTGCCGCCAGCCGGCTTCATTCAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 ACAGCCTCCAGGAGACAGACATTCTTTG         ATTCCAAAGGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 116180 ACAGCCTCCAGGAGACAGACATTCTTTGGTA...CAGATTCCAAAGGTTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 TCCTAAAAATATAACCAACAACAGGGGGAAAAAAAGATACCCAGATTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118988 TCCTAAAAATATAACCAACAACAGGGGGAAAAAAAGATACCCAGATTCCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 AGGACCTCACGATGGTGCTGAAAACCTATGACACCAGCTTCCTGGACTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119038 AGGACCTCACGATGGTGCTGAAAACCTATGACACCAGCTTCCTGGACTTT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 CTCAGAAGGTGTTTGGT         ATGGGAACCTTCTCTTCGCATGAC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 119088 CTCAGAAGGTGTTTGGTGTG...CAGATGGGAACCTTCTCTTCGCATGAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 CCCGGACCAGGCCCTCAAGCATGCTTGGATTCATCAGTCTCGGAACCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121387 CCCGGACCAGGCCCTCAAGCATGCTTGGATTCATCAGTCTCGGAACCTCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 AGCCACAGCCCAGGCCCCAGACCCTGAGGAAATCCAATTCCTTTTTCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121437 AGCCACAGCCCAGGCCCCAGACCCTGAGGAAATCCAATTCCTTTTTCCCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 TCTGAGACAAGGAAGGACAAGGTTCAAGGCTGTCATCACTCGAGCAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121487 TCTGAGACAAGGAAGGACAAGGTTCAAGGCTGTCATCACTCGAGCAGAAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 AG         CAGATGAGATCACCAAAGAGACTACAGAGAAAACAAAAG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121537 AGGTA...TAGCAGATGAGATCACCAAAGAGACTACAGAGAAAACAAAAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 ATAGCCCCACGAAGCATGTTCAGCATTCAGGTGATCAGCAGGACTGTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122371 ATAGCCCCACGAAGCATGTTCAGCATTCAGGTGATCAGCAGGACTGTCTC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 CAGCACGGAGCTGACACTGTTCAGCTGCCTCAACTGGTAGACGCTCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122421 CAGCACGGAGCTGACACTGTTCAGCTGCCTCAACTGGTAGACGCTCCCAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 GAAGTCAGAGGCAGCTGTCGGGGCGGAGGTGTCCATGACCTCCCCAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122471 GAAGTCAGAGGCAGCTGTCGGGGCGGAGGTGTCCATGACCTCCCCAGGAC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 AGAGCAAAAACTTCTCCCTCAAGAACACAAACGTTTTACCCCCTATTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122521 AGAGCAAAAACTTCTCCCTCAAGAACACAAACGTTTTACCCCCTATTGTA