seq1 = pF1KE0967.tfa, 1539 bp
seq2 = pF1KE0967/gi568815596f_147745153.tfa (gi568815596f:147745153_148027271), 282119 bp

>pF1KE0967 1539
>gi568815596f:147745153_148027271 (Chr2)

1-55  (100001-100055)   100% ->
56-263  (151149-151356)   100% ->
264-373  (154306-154415)   100% ->
374-528  (154592-154746)   100% ->
529-672  (170039-170182)   100% ->
673-816  (172131-172274)   100% ->
817-962  (173295-173440)   100% ->
963-1077  (175078-175192)   100% ->
1078-1216  (177821-177959)   100% ->
1217-1347  (180879-181009)   100% ->
1348-1539  (181928-182119)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGAGCTGCTGCAAAGTTGGCGTTTGCCGTCTTTCTTATCTCCTGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGAGCTGCTGCAAAGTTGGCGTTTGCCGTCTTTCTTATCTCCTGTTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTCAG         GTGCTATACTTGGTAGATCAGAAACTCAGGAGTGTC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TTCAGGTA...TAGGTGCTATACTTGGTAGATCAGAAACTCAGGAGTGTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TTTTCTTTAATGCTAATTGGGAAAAAGACAGAACCAATCAAACTGGTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151185 TTTTCTTTAATGCTAATTGGGAAAAAGACAGAACCAATCAAACTGGTGTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAACCGTGTTATGGTGACAAAGATAAACGGCGGCATTGTTTTGCTACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151235 GAACCGTGTTATGGTGACAAAGATAAACGGCGGCATTGTTTTGCTACCTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GAAGAATATTTCTGGTTCCATTGAAATAGTGAAACAAGGTTGTTGGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151285 GAAGAATATTTCTGGTTCCATTGAAATAGTGAAACAAGGTTGTTGGCTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ATGATATCAACTGCTATGACAG         GACTGATTGTGTAGAAAAA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 151335 ATGATATCAACTGCTATGACAGGTA...TAGGACTGATTGTGTAGAAAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AAAGACAGCCCTGAAGTATATTTTTGTTGCTGTGAGGGCAATATGTGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154325 AAAGACAGCCCTGAAGTATATTTTTGTTGCTGTGAGGGCAATATGTGTAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGAAAAGTTTTCTTATTTTCCGGAGATGGAAGTCACACAGC         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 154375 TGAAAAGTTTTCTTATTTTCCGGAGATGGAAGTCACACAGCGTA...CAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CCACTTCAAATCCAGTTACACCTAAGCCACCCTATTACAACATCCTGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154592 CCACTTCAAATCCAGTTACACCTAAGCCACCCTATTACAACATCCTGCTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TATTCCTTGGTGCCACTTATGTTAATTGCGGGGATTGTCATTTGTGCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154642 TATTCCTTGGTGCCACTTATGTTAATTGCGGGGATTGTCATTTGTGCATT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TTGGGTGTACAGGCATCACAAGATGGCCTACCCTCCTGTACTTGTTCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154692 TTGGGTGTACAGGCATCACAAGATGGCCTACCCTCCTGTACTTGTTCCAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CTCAA         GACCCAGGACCACCCCCACCTTCTCCATTACTAGGT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154742 CTCAAGTA...TAGGACCCAGGACCACCCCCACCTTCTCCATTACTAGGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TTGAAACCACTGCAGTTATTAGAAGTGAAAGCAAGGGGAAGATTTGGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170075 TTGAAACCACTGCAGTTATTAGAAGTGAAAGCAAGGGGAAGATTTGGTTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TGTCTGGAAAGCCCAGTTGCTTAACGAATATGTGGCTGTCAAAATATTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170125 TGTCTGGAAAGCCCAGTTGCTTAACGAATATGTGGCTGTCAAAATATTTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CAATACAG         GACAAACAGTCATGGCAAAATGAATACGAAGTC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 170175 CAATACAGGTA...TAGGACAAACAGTCATGGCAAAATGAATACGAAGTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TACAGTTTGCCTGGAATGAAGCATGAGAACATATTACAGTTCATTGGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172164 TACAGTTTGCCTGGAATGAAGCATGAGAACATATTACAGTTCATTGGTGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 AGAAAAACGAGGCACCAGTGTTGATGTGGATCTTTGGCTGATCACAGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172214 AGAAAAACGAGGCACCAGTGTTGATGTGGATCTTTGGCTGATCACAGCAT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TTCATGAAAAG         GGTTCACTATCAGACTTTCTTAAGGCTAAT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 172264 TTCATGAAAAGGTA...TAGGGTTCACTATCAGACTTTCTTAAGGCTAAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GTGGTCTCTTGGAATGAACTGTGTCATATTGCAGAAACCATGGCTAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173325 GTGGTCTCTTGGAATGAACTGTGTCATATTGCAGAAACCATGGCTAGAGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 ATTGGCATATTTACATGAGGATATACCTGGCCTAAAAGATGGCCACAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173375 ATTGGCATATTTACATGAGGATATACCTGGCCTAAAAGATGGCCACAAAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 CTGCCATATCTCACAG         GGACATCAAAAGTAAAAATGTGCTG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 173425 CTGCCATATCTCACAGGTA...AAGGGACATCAAAAGTAAAAATGTGCTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 TTGAAAAACAACCTGACAGCTTGCATTGCTGACTTTGGGTTGGCCTTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175103 TTGAAAAACAACCTGACAGCTTGCATTGCTGACTTTGGGTTGGCCTTAAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 ATTTGAGGCTGGCAAGTCTGCAGGCGATACCCATGGACAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 175153 ATTTGAGGCTGGCAAGTCTGCAGGCGATACCCATGGACAGGTA...CAGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 TTGGTACCCGGAGGTACATGGCTCCAGAGGTATTAGAGGGTGCTATAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177822 TTGGTACCCGGAGGTACATGGCTCCAGAGGTATTAGAGGGTGCTATAAAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 TTCCAAAGGGATGCATTTTTGAGGATAGATATGTATGCCATGGGATTAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177872 TTCCAAAGGGATGCATTTTTGAGGATAGATATGTATGCCATGGGATTAGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 CCTATGGGAACTGGCTTCTCGCTGTACTGCTGCAGATG         GAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 177922 CCTATGGGAACTGGCTTCTCGCTGTACTGCTGCAGATGGTA...CAGGAC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 CTGTAGATGAATACATGTTGCCATTTGAGGAGGAAATTGGCCAGCATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180882 CTGTAGATGAATACATGTTGCCATTTGAGGAGGAAATTGGCCAGCATCCA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 TCTCTTGAAGACATGCAGGAAGTTGTTGTGCATAAAAAAAAGAGGCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180932 TCTCTTGAAGACATGCAGGAAGTTGTTGTGCATAAAAAAAAGAGGCCTGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 TTTAAGAGATTATTGGCAGAAACATGCT         GGAATGGCAATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 180982 TTTAAGAGATTATTGGCAGAAACATGCTGTA...TAGGGAATGGCAATGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 TCTGTGAAACCATTGAAGAATGTTGGGATCACGACGCAGAAGCCAGGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181941 TCTGTGAAACCATTGAAGAATGTTGGGATCACGACGCAGAAGCCAGGTTA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 TCAGCTGGATGTGTAGGTGAAAGAATTACCCAGATGCAGAGACTAACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181991 TCAGCTGGATGTGTAGGTGAAAGAATTACCCAGATGCAGAGACTAACAAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 TATTATTACCACAGAGGACATTGTAACAGTGGTCACAATGGTGACAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182041 TATTATTACCACAGAGGACATTGTAACAGTGGTCACAATGGTGACAAATG

   1600     .    :    .    :    .
   1511 TTGACTTTCCTCCCAAAGAATCTAGTCTA
        |||||||||||||||||||||||||||||
 182091 TTGACTTTCCTCCCAAAGAATCTAGTCTA