seq1 = pF1KE0966.tfa, 1536 bp
seq2 = pF1KE0966/gi568815595f_38354323.tfa (gi568815595f:38354323_38583329), 229007 bp

>pF1KE0966 1536
>gi568815595f:38354323_38583329 (Chr3)

1-52  (100001-100052)   100% ->
53-260  (122965-123172)   100% ->
261-370  (123539-123648)   100% ->
371-522  (123819-123970)   100% ->
523-666  (124053-124196)   100% ->
667-810  (124806-124949)   100% ->
811-959  (125356-125504)   100% ->
960-1074  (127029-127143)   100% ->
1075-1213  (127876-128014)   100% ->
1214-1344  (128108-128238)   100% ->
1345-1536  (128816-129007)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACGGCGCCCTGGGTGGCCCTCGCCCTCCTCTGGGGATCGCTGTGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACGGCGCCCTGGGTGGCCCTCGCCCTCCTCTGGGGATCGCTGTGCGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CG         GCTCTGGGCGTGGGGAGGCTGAGACACGGGAGTGCATCT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGGTA...CAGGCTCTGGGCGTGGGGAGGCTGAGACACGGGAGTGCATCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ACTACAACGCCAACTGGGAGCTGGAGCGCACCAACCAGAGCGGCCTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123004 ACTACAACGCCAACTGGGAGCTGGAGCGCACCAACCAGAGCGGCCTGGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CGCTGCGAAGGCGAGCAGGACAAGCGGCTGCACTGCTACGCCTCCTGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123054 CGCTGCGAAGGCGAGCAGGACAAGCGGCTGCACTGCTACGCCTCCTGGCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CAACAGCTCTGGCACCATCGAGCTCGTGAAGAAGGGCTGCTGGCTAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123104 CAACAGCTCTGGCACCATCGAGCTCGTGAAGAAGGGCTGCTGGCTAGATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACTTCAACTGCTACGATAG         GCAGGAGTGTGTGGCCACTGAG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 123154 ACTTCAACTGCTACGATAGGTA...CAGGCAGGAGTGTGTGGCCACTGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GAGAACCCCCAGGTGTACTTCTGCTGCTGTGAAGGCAACTTCTGCAACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123561 GAGAACCCCCAGGTGTACTTCTGCTGCTGTGAAGGCAACTTCTGCAACGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 ACGCTTCACTCATTTGCCAGAGGCTGGGGGCCCGGAAG         TCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 123611 ACGCTTCACTCATTTGCCAGAGGCTGGGGGCCCGGAAGGTA...CAGTCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CGTACGAGCCACCCCCGACAGCCCCCACCCTGCTCACGGTGCTGGCCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123822 CGTACGAGCCACCCCCGACAGCCCCCACCCTGCTCACGGTGCTGGCCTAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TCACTGCTGCCCATCGGGGGCCTTTCCCTCATCGTCCTGCTGGCCTTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123872 TCACTGCTGCCCATCGGGGGCCTTTCCCTCATCGTCCTGCTGGCCTTTTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GATGTACCGGCATCGCAAGCCCCCCTACGGTCATGTGGACATCCATGAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 123922 GATGTACCGGCATCGCAAGCCCCCCTACGGTCATGTGGACATCCATGAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    523         GACCCTGGGCCTCCACCACCATCCCCTCTGGTGGGCCTGAAG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123972 TG...CAGGACCCTGGGCCTCCACCACCATCCCCTCTGGTGGGCCTGAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CCACTGCAGCTGCTGGAGATCAAGGCTCGGGGGCGCTTTGGCTGTGTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124095 CCACTGCAGCTGCTGGAGATCAAGGCTCGGGGGCGCTTTGGCTGTGTCTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GAAGGCCCAGCTCATGAATGACTTTGTAGCTGTCAAGATCTTCCCACTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124145 GAAGGCCCAGCTCATGAATGACTTTGTAGCTGTCAAGATCTTCCCACTCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 AG         GACAAGCAGTCGTGGCAGAGTGAACGGGAGATCTTCAGC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124195 AGGTG...CAGGACAAGCAGTCGTGGCAGAGTGAACGGGAGATCTTCAGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 ACACCTGGCATGAAGCACGAGAACCTGCTACAGTTCATTGCTGCCGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124845 ACACCTGGCATGAAGCACGAGAACCTGCTACAGTTCATTGCTGCCGAGAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GCGAGGCTCCAACCTCGAAGTAGAGCTGTGGCTCATCACGGCCTTCCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124895 GCGAGGCTCCAACCTCGAAGTAGAGCTGTGGCTCATCACGGCCTTCCATG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 ACAAG         GGCTCCCTCACGGATTACCTCAAGGGGAACATCATC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124945 ACAAGGTG...CAGGGCTCCCTCACGGATTACCTCAAGGGGAACATCATC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 ACATGGAACGAACTGTGTCATGTAGCAGAGACGATGTCACGAGGCCTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125392 ACATGGAACGAACTGTGTCATGTAGCAGAGACGATGTCACGAGGCCTCTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 ATACCTGCATGAGGATGTGCCCTGGTGCCGTGGCGAGGGCCACAAGCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125442 ATACCTGCATGAGGATGTGCCCTGGTGCCGTGGCGAGGGCCACAAGCCGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 CTATTGCCCACAG         GGACTTTAAAAGTAAGAATGTATTGCTG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 125492 CTATTGCCCACAGGTA...CAGGGACTTTAAAAGTAAGAATGTATTGCTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 AAGAGCGACCTCACAGCCGTGCTGGCTGACTTTGGCTTGGCTGTTCGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127057 AAGAGCGACCTCACAGCCGTGCTGGCTGACTTTGGCTTGGCTGTTCGATT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 TGAGCCAGGGAAACCTCCAGGGGACACCCACGGACAG         GTAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 127107 TGAGCCAGGGAAACCTCCAGGGGACACCCACGGACAGGTA...TAGGTAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 GCACGAGACGGTACATGGCTCCTGAGGTGCTCGAGGGAGCCATCAACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127880 GCACGAGACGGTACATGGCTCCTGAGGTGCTCGAGGGAGCCATCAACTTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 CAGAGAGATGCCTTCCTGCGCATTGACATGTATGCCATGGGGTTGGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127930 CAGAGAGATGCCTTCCTGCGCATTGACATGTATGCCATGGGGTTGGTGCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 GTGGGAGCTTGTGTCTCGCTGCAAGGCTGCAGACG         GACCCG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 127980 GTGGGAGCTTGTGTCTCGCTGCAAGGCTGCAGACGGTA...TAGGACCCG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 TGGATGAGTACATGCTGCCCTTTGAGGAAGAGATTGGCCAGCACCCTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128114 TGGATGAGTACATGCTGCCCTTTGAGGAAGAGATTGGCCAGCACCCTTCG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 TTGGAGGAGCTGCAGGAGGTGGTGGTGCACAAGAAGATGAGGCCCACCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128164 TTGGAGGAGCTGCAGGAGGTGGTGGTGCACAAGAAGATGAGGCCCACCAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 TAAAGATCACTGGTTGAAACACCCG         GGCCTGGCCCAGCTTT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 128214 TAAAGATCACTGGTTGAAACACCCGGTA...TAGGGCCTGGCCCAGCTTT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 GTGTGACCATCGAGGAGTGCTGGGACCATGATGCAGAGGCTCGCTTGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128832 GTGTGACCATCGAGGAGTGCTGGGACCATGATGCAGAGGCTCGCTTGTCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 GCGGGCTGTGTGGAGGAGCGGGTGTCCCTGATTCGGAGGTCGGTCAACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128882 GCGGGCTGTGTGGAGGAGCGGGTGTCCCTGATTCGGAGGTCGGTCAACGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 CACTACCTCGGACTGTCTCGTTTCCCTGGTGACCTCTGTCACCAATGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128932 CACTACCTCGGACTGTCTCGTTTCCCTGGTGACCTCTGTCACCAATGTGG

   1600     .    :    .    :    .
   1511 ACCTGCCCCCTAAAGAGTCAAGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||
 128982 ACCTGCCCCCTAAAGAGTCAAGCATC