seq1 = pF1KE0964.tfa, 1524 bp
seq2 = pF1KE0964/gi568815596f_57948832.tfa (gi568815596f:57948832_58259690), 310859 bp

>pF1KE0964 1524
>gi568815596f:57948832_58259690 (Chr2)

1-136  (100001-100136)   100% ->
137-186  (135258-135307)   100% ->
187-256  (136050-136119)   100% ->
257-344  (137508-137595)   100% ->
345-450  (139510-139615)   100% ->
451-543  (140800-140892)   98% ->
544-676  (174270-174402)   100% ->
677-797  (182977-183097)   100% ->
798-856  (186310-186368)   100% ->
857-1023  (190835-191001)   100% ->
1024-1182  (197485-197643)   100% ->
1183-1524  (210518-210859)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCACCAAAAAGAAATGAAAAATACAAACTTCCTATTCCATTTCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCACCAAAAAGAAATGAAAAATACAAACTTCCTATTCCATTTCCAGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGGCAAGGTTCTGGATGATATGGAAGGCAATCAGTGGGTACTGGGCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGGCAAGGTTCTGGATGATATGGAAGGCAATCAGTGGGTACTGGGCAAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGATTGGCTCTGGAGGATTTGGATTGATATATTTAG         CTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 100101 AGATTGGCTCTGGAGGATTTGGATTGATATATTTAGGTA...CAGCTTTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CCCACAAATAAACCAGAGAAAGATGCAAGACATGTAGTAAAAGTG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 135263 CCCACAAATAAACCAGAGAAAGATGCAAGACATGTAGTAAAAGTGGTA..

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    187     GAATATCAAGAAAATGGCCCGTTATTTTCAGAACTTAAATTTTATC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135313 .TAGGAATATCAAGAAAATGGCCCGTTATTTTCAGAACTTAAATTTTATC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGAGAGTTGCAAAAAAAGACTGTA         TCAAAAAGTGGATAGAA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 136096 AGAGAGTTGCAAAAAAAGACTGTAGTA...TAGTCAAAAAGTGGATAGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CGCAAACAACTTGATTATTTAGGAATTCCTCTGTTTTATGGATCTGGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137525 CGCAAACAACTTGATTATTTAGGAATTCCTCTGTTTTATGGATCTGGTCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GACTGAATTCAAGGGAAGAAG         TTACAGATTTATGGTAATGG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 137575 GACTGAATTCAAGGGAAGAAGGTA...CAGTTACAGATTTATGGTAATGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 AAAGACTAGGAATAGATTTACAGAAGATCTCAGGCCAGAATGGTACCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139530 AAAGACTAGGAATAGATTTACAGAAGATCTCAGGCCAGAATGGTACCTTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 AAAAAGTCAACTGTCCTGCAATTAGGTATCCGAATG         TTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 139580 AAAAAGTCAACTGTCCTGCAATTAGGTATCCGAATGGTA...CAGTTGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 TGTACTGGAATATATACATGAAAATGAATATGTTCATGGTGATGTAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
 140805 TGTACTGGAATATATACATGAAAATGAATATGTTCATGGTGATATAAAAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 CAGCAAATCTACTTTTGGGTTACAAAAATCCAGACCAG         GTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 140855 CAGCAAATCTACTTTTGGGTTACAAAAATCCAGACCAGGTA...CAGGTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 TATCTTGCAGATTATGGACTTTCCTACAGATATTGTCCCAATGGGAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174273 TATCTTGCAGATTATGGACTTTCCTACAGATATTGTCCCAATGGGAACCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 CAAACAGTATCAGGAAAATCCTAGAAAAGGCCATAATGGGACAATAGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174323 CAAACAGTATCAGGAAAATCCTAGAAAAGGCCATAATGGGACAATAGAGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TTACCAGCTTGGATGCCCACAAGGGAGTAG         CCTTGTCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 174373 TTACCAGCTTGGATGCCCACAAGGGAGTAGGTG...TAGCCTTGTCCAGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 CGAAGTGACGTTGAGATCCTCGGCTACTGCATGCTGCGGTGGTTGTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182988 CGAAGTGACGTTGAGATCCTCGGCTACTGCATGCTGCGGTGGTTGTGTGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 GAAACTTCCCTGGGAACAGAACCTGAAGGACCCTGTGGCTGTGCAGACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183038 GAAACTTCCCTGGGAACAGAACCTGAAGGACCCTGTGGCTGTGCAGACTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CTAAAACAAA         TCTGTTGGACGAGCTCCCCCAGTCAGTGCTT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 183088 CTAAAACAAAGTA...TAGTCTGTTGGACGAGCTCCCCCAGTCAGTGCTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 AAATGGGCTCCTTCTGGAAGCAGTTGCT         GTGAAATAGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 186341 AAATGGGCTCCTTCTGGAAGCAGTTGCTGTA...CAGGTGAAATAGCCCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 ATTTTTGGTATGTGCTCATAGTTTAGCATATGATGAAAAGCCAAACTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190848 ATTTTTGGTATGTGCTCATAGTTTAGCATATGATGAAAAGCCAAACTATC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 AAGCCCTCAAGAAAATTTTGAACCCTCATGGAATACCTTTAGGACCACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190898 AAGCCCTCAAGAAAATTTTGAACCCTCATGGAATACCTTTAGGACCACTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 GACTTTTCCACAAAAGGACAGAGTATAAATGTCCATACTCCAAACAGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190948 GACTTTTCCACAAAAGGACAGAGTATAAATGTCCATACTCCAAACAGTCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 AAAA         GTTGATTCACAAAAGGCTGCAACAAAGCAAGTCAACA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190998 AAAAGTA...CAGGTTGATTCACAAAAGGCTGCAACAAAGCAAGTCAACA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 AGGCACACAATAGGTTAATCGAAAAAAAAGTCCACAGTGAGAGAAGCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 197522 AGGCACACAATAGGTTAATCGAAAAAAAAGTCCACAGTGAGAGAAGCGCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 GAGTCCTGTGCAACATGGAAAGTGCAGAAAGAGGAGAAACTGATTGGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 197572 GAGTCCTGTGCAACATGGAAAGTGCAGAAAGAGGAGAAACTGATTGGATT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 GATGAACAATGAAGCAGCTCAG         GAAAGCACAAGGAGAAGAC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 197622 GATGAACAATGAAGCAGCTCAGGTG...TAGGAAAGCACAAGGAGAAGAC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 AGAAATATCAAGAGTCTCAAGAACCTTTGAATGAAGTAAACAGTTTCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 210537 AGAAATATCAAGAGTCTCAAGAACCTTTGAATGAAGTAAACAGTTTCCCA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 CAAAAAATCAGCTATACACAATTCCCAAACTCATTTTATGAGCCTCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 210587 CAAAAAATCAGCTATACACAATTCCCAAACTCATTTTATGAGCCTCATCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 AGATTTTACCAGTCCAGATATATTCAAGAAGTCAAGATCTCCATCTTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 210637 AGATTTTACCAGTCCAGATATATTCAAGAAGTCAAGATCTCCATCTTGGT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 ATAAATACACTTCCACAGTCAGCACGGGGATCACAGACTTAGAAAGTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 210687 ATAAATACACTTCCACAGTCAGCACGGGGATCACAGACTTAGAAAGTTCA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 ACTGGACTTTGGCCTACAATTTCCCAGTTTACTCTTAGTGAAGAGACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 210737 ACTGGACTTTGGCCTACAATTTCCCAGTTTACTCTTAGTGAAGAGACAAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 CGCAGATGTTTATTATTATCGCATCATCATACCTGTCCTTTTGATGTTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 210787 CGCAGATGTTTATTATTATCGCATCATCATACCTGTCCTTTTGATGTTAG

   1600     .    :    .    :
   1502 TATTTCTTGCTTTATTTTTTCTC
        |||||||||||||||||||||||
 210837 TATTTCTTGCTTTATTTTTTCTC