seq1 = pF1KE0963.tfa, 1467 bp
seq2 = pF1KE0963/gi568815585r_52033145.tfa (gi568815585r:52033145_52256191), 223047 bp

>pF1KE0963 1467
>gi568815585r:52033145_52256191 (Chr13)

(complement)

1-117  (100001-100117)   100% ->
118-211  (102019-102112)   100% ->
212-309  (102200-102297)   100% ->
310-393  (103500-103583)   100% ->
394-461  (104800-104867)   100% ->
462-548  (104960-105046)   100% ->
549-603  (107723-107777)   100% ->
604-804  (111301-111501)   100% ->
805-876  (112205-112277)   98% ->
877-979  (119290-119392)   100% ->
980-1123  (119933-120076)   100% ->
1124-1258  (120329-120463)   100% ->
1259-1385  (122377-122503)   100% ->
1386-1467  (122966-123047)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATGACTACATGGTCCTGAGAATGATTGGGGAGGGCTCCTTCGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATGACTACATGGTCCTGAGAATGATTGGGGAGGGCTCCTTCGGCAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGCTCTTTTGGTTCAGCATGAAAGCAGTAATCAGATGTTTGCCATGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGCTCTTTTGGTTCAGCATGAAAGCAGTAATCAGATGTTTGCCATGAAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AAATAAGGCTTCCCAAG         TCTTTCTCTAATACACAGAATTCT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100101 AAATAAGGCTTCCCAAGGTC...TAGTCTTTCTCTAATACACAGAATTCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGGAAGGAGGCTGTTCTTTTAGCCAAAATGAAACACCCTAATATTGTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102043 AGGAAGGAGGCTGTTCTTTTAGCCAAAATGAAACACCCTAATATTGTTGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTTCAAAGAATCATTTGAAG         CTGAAGGACACTTGTATATTG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 102093 CTTCAAAGAATCATTTGAAGGTA...TAGCTGAAGGACACTTGTATATTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGATGGAATACTGTGATGGAGGGGATCTAATGCAAAAGATTAAACAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102221 TGATGGAATACTGTGATGGAGGGGATCTAATGCAAAAGATTAAACAGCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AAAGGAAAGTTATTTCCTGAAGACATG         ATACTTAATTGGTT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 102271 AAAGGAAAGTTATTTCCTGAAGACATGGTA...CAGATACTTAATTGGTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TACCCAAATGTGCCTTGGAGTAAATCACATTCACAAGAAACGTGTGCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103514 TACCCAAATGTGCCTTGGAGTAAATCACATTCACAAGAAACGTGTGCTAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ACAGAGATATCAAGTCCAAG         AATATCTTCCTCACTCAGAAT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 103564 ACAGAGATATCAAGTCCAAGGTG...CAGAATATCTTCCTCACTCAGAAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GGAAAAGTGAAATTGGGAGACTTTGGATCTGCCCGTCTTCTCTCCAA   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 104821 GGAAAAGTGAAATTGGGAGACTTTGGATCTGCCCGTCTTCTCTCCAAGTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    462       TCCGATGGCATTTGCTTGTACCTATGTGGGAACTCCTTATTATG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104871 ...TAGTCCGATGGCATTTGCTTGTACCTATGTGGGAACTCCTTATTATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TGCCTCCAGAAATTTGGGAAAACCTGCCTTATAACAATAAAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 105004 TGCCTCCAGAAATTTGGGAAAACCTGCCTTATAACAATAAAAGGTG...C

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    549   TGACATCTGGTCCTTGGGTTGCATCCTGTATGAACTCTGTACCCTTAA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107721 AGTGACATCTGGTCCTTGGGTTGCATCCTGTATGAACTCTGTACCCTTAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 GCATCCA         TTTCAGGCAAATAGTTGGAAAAATCTTATCCTCA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107771 GCATCCAGTA...CAGTTTCAGGCAAATAGTTGGAAAAATCTTATCCTCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 AAGTATGTCAAGGGTGCATCAGTCCACTGCCGTCTCATTACTCCTATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111335 AAGTATGTCAAGGGTGCATCAGTCCACTGCCGTCTCATTACTCCTATGAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 CTTCAGTTCCTAGTCAAGCAGATGTTTAAAAGGAATCCCTCACATCGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111385 CTTCAGTTCCTAGTCAAGCAGATGTTTAAAAGGAATCCCTCACATCGCCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 CTCGGCTACAACGCTTCTCTCTCGAGGCATCGTAGCTCGGCTTGTCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111435 CTCGGCTACAACGCTTCTCTCTCGAGGCATCGTAGCTCGGCTTGTCCAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 AGTGCTTACCCCCCGAG         ATCATCATGGAATATGGTGAGGAA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 111485 AGTGCTTACCCCCCGAGGTA...CAGATCATCATGGAATATGGTGAGGAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 GTATTAGAAGAAATAAAAAATTCGAAGCATAACACACCAAGAAAAAAA  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||->
 112229 GTATTAGAAGAAATAAAAAATTCGAAGCATAACACACCAAGAAAAAAAAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    877         CAAGAGGAAGAACAAGATAGAAAGGGTAGCCATACTGATTTG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112279 TA...AAGCAAGAGGAAGAACAAGATAGAAAGGGTAGCCATACTGATTTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    919 GAAAGCATTAATGAAAATTTAGTTGAAAGTGCATTGAGAAGAGTAAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119332 GAAAGCATTAATGAAAATTTAGTTGAAAGTGCATTGAGAAGAGTAAACAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    969 AGAAGAAAAAG         GTAATAAGTCAGTCCATCTGAGGAAAGCCA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 119382 AGAAGAAAAAGGTA...CAGGTAATAAGTCAGTCCATCTGAGGAAAGCCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1010 GTTCACCAAATCTTCATAGACGACAGTGGGAGAAAAATGTACCCAATACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119963 GTTCACCAAATCTTCATAGACGACAGTGGGAGAAAAATGTACCCAATACA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1060 GCTCTTACAGCTTTGGAAAATGCATCCATACTCACCTCCAGTTTAACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120013 GCTCTTACAGCTTTGGAAAATGCATCCATACTCACCTCCAGTTTAACAGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1110 AGAGGACGATAGAG         GTGGTTCTGTAATAAAGTACAGCAAAA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 120063 AGAGGACGATAGAGGTT...TAGGTGGTTCTGTAATAAAGTACAGCAAAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 ATACTACTCGTAAGCAGTGGCTCAAAGAGACCCCTGACACTTTGTTGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120356 ATACTACTCGTAAGCAGTGGCTCAAAGAGACCCCTGACACTTTGTTGAAC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 ATCCTTAAGAATGCTGATCTCAGCTTGGCTTTTCAAACATACACAATATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120406 ATCCTTAAGAATGCTGATCTCAGCTTGGCTTTTCAAACATACACAATATA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251 TAGACCAG         GTTCAGAAGGGTTCTTGAAAGGCCCCCTGTCTG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 120456 TAGACCAGGTA...AAGGTTCAGAAGGGTTCTTGAAAGGCCCCCTGTCTG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1292 AAGAAACAGAAGCATCGGACAGTGTTGATGGAGGTCACGATTCTGTCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122410 AAGAAACAGAAGCATCGGACAGTGTTGATGGAGGTCACGATTCTGTCATT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1342 TTGGATCCAGAGCGACTTGAGCCTGGGCTAGATGAGGAGGACAC      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 122460 TTGGATCCAGAGCGACTTGAGCCTGGGCTAGATGAGGAGGACACGTA...

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1386    GGACTTTGAGGAGGAAGATGACAACCCCGACTGGGTGTCAGAGCTGA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122963 CAGGGACTTTGAGGAGGAAGATGACAACCCCGACTGGGTGTCAGAGCTGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .
   1433 AGAAGCGAGCTGGATGGCAAGGCCTGTGCGACAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123013 AGAAGCGAGCTGGATGGCAAGGCCTGTGCGACAGA