seq1 = pF1KE0962.tfa, 1509 bp
seq2 = pF1KE0962/gi568815586f_51812475.tfa (gi568815586f:51812475_52020890), 208416 bp

>pF1KE0962 1509
>gi568815586f:51812475_52020890 (Chr12)

1-61  (100001-100061)   100% ->
62-313  (100625-100876)   100% ->
314-525  (101085-101296)   100% ->
526-625  (101500-101599)   100% ->
626-772  (101965-102111)   100% ->
773-1048  (102751-103026)   100% ->
1049-1246  (103562-103759)   100% ->
1247-1377  (106511-106641)   100% ->
1378-1509  (108285-108416)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACCTTGGGCTCCCCCAGGAAAGGCCTTCTGATGCTGCTGATGGCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACCTTGGGCTCCCCCAGGAAAGGCCTTCTGATGCTGCTGATGGCCTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGTGACCCAGG         GAGACCCTGTGAAGCCGTCTCGGGGCCCGC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGTGACCCAGGGTG...CAGGAGACCCTGTGAAGCCGTCTCGGGGCCCGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGGTGACCTGCACGTGTGAGAGCCCACATTGCAAGGGGCCTACCTGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100655 TGGTGACCTGCACGTGTGAGAGCCCACATTGCAAGGGGCCTACCTGCCGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGGGCCTGGTGCACAGTAGTGCTGGTGCGGGAGGAGGGGAGGCACCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100705 GGGGCCTGGTGCACAGTAGTGCTGGTGCGGGAGGAGGGGAGGCACCCCCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGAACATCGGGGCTGCGGGAACTTGCACAGGGAGCTCTGCAGGGGGCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100755 GGAACATCGGGGCTGCGGGAACTTGCACAGGGAGCTCTGCAGGGGGCGCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCACCGAGTTCGTCAACCACTACTGCTGCGACAGCCACCTCTGCAACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100805 CCACCGAGTTCGTCAACCACTACTGCTGCGACAGCCACCTCTGCAACCAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AACGTGTCCCTGGTGCTGGAGG         CCACCCAACCTCCTTCGGA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 100855 AACGTGTCCCTGGTGCTGGAGGGTA...CAGCCACCCAACCTCCTTCGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GCAGCCGGGAACAGATGGCCAGCTGGCCCTGATCCTGGGCCCCGTGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101104 GCAGCCGGGAACAGATGGCCAGCTGGCCCTGATCCTGGGCCCCGTGCTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CCTTGCTGGCCCTGGTGGCCCTGGGTGTCCTGGGCCTGTGGCATGTCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101154 CCTTGCTGGCCCTGGTGGCCCTGGGTGTCCTGGGCCTGTGGCATGTCCGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CGGAGGCAGGAGAAGCAGCGTGGCCTGCACAGCGAGCTGGGAGAGTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101204 CGGAGGCAGGAGAAGCAGCGTGGCCTGCACAGCGAGCTGGGAGAGTCCAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TCTCATCCTGAAAGCATCTGAGCAGGGCGACAGCATGTTGGGG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 101254 TCTCATCCTGAAAGCATCTGAGCAGGGCGACAGCATGTTGGGGGTA...C

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    526   GACCTCCTGGACAGTGACTGCACCACAGGGAGTGGCTCAGGGCTCCCC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101498 AGGACCTCCTGGACAGTGACTGCACCACAGGGAGTGGCTCAGGGCTCCCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TTCCTGGTGCAGAGGACAGTGGCACGGCAGGTTGCCTTGGTGGAGTGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101548 TTCCTGGTGCAGAGGACAGTGGCACGGCAGGTTGCCTTGGTGGAGTGTGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GG         GAAAAGGCCGCTATGGCGAAGTGTGGCGGGGCTTGTGGC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101598 GGGTG...CAGGAAAAGGCCGCTATGGCGAAGTGTGGCGGGGCTTGTGGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 ACGGTGAGAGTGTGGCCGTCAAGATCTTCTCCTCGAGGGATGAACAGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102004 ACGGTGAGAGTGTGGCCGTCAAGATCTTCTCCTCGAGGGATGAACAGTCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 TGGTTCCGGGAGACTGAGATCTATAACACAGTGTTGCTCAGACACGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102054 TGGTTCCGGGAGACTGAGATCTATAACACAGTGTTGCTCAGACACGACAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CATCCTAG         GCTTCATCGCCTCAGACATGACCTCCCGCAACT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 102104 CATCCTAGGCA...CAGGCTTCATCGCCTCAGACATGACCTCCCGCAACT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CGAGCACGCAGCTGTGGCTCATCACGCACTACCACGAGCACGGCTCCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102784 CGAGCACGCAGCTGTGGCTCATCACGCACTACCACGAGCACGGCTCCCTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 TACGACTTTCTGCAGAGACAGACGCTGGAGCCCCATCTGGCTCTGAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102834 TACGACTTTCTGCAGAGACAGACGCTGGAGCCCCATCTGGCTCTGAGGCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 AGCTGTGTCCGCGGCATGCGGCCTGGCGCACCTGCACGTGGAGATCTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102884 AGCTGTGTCCGCGGCATGCGGCCTGGCGCACCTGCACGTGGAGATCTTCG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 GTACACAGGGCAAACCAGCCATTGCCCACCGCGACTTCAAGAGCCGCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102934 GTACACAGGGCAAACCAGCCATTGCCCACCGCGACTTCAAGAGCCGCAAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 GTGCTGGTCAAGAGCAACCTGCAGTGTTGCATCGCCGACCTGG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 102984 GTGCTGGTCAAGAGCAACCTGCAGTGTTGCATCGCCGACCTGGGTG...C

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1049   GCCTGGCTGTGATGCACTCACAGGGCAGCGATTACCTGGACATCGGCA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103560 AGGCCTGGCTGTGATGCACTCACAGGGCAGCGATTACCTGGACATCGGCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 ACAACCCGAGAGTGGGCACCAAGCGGTACATGGCACCCGAGGTGCTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103610 ACAACCCGAGAGTGGGCACCAAGCGGTACATGGCACCCGAGGTGCTGGAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 GAGCAGATCCGCACGGACTGCTTTGAGTCCTACAAGTGGACTGACATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103660 GAGCAGATCCGCACGGACTGCTTTGAGTCCTACAAGTGGACTGACATCTG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 GGCCTTTGGCCTGGTGCTGTGGGAGATTGCCCGCCGGACCATCGTGAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103710 GGCCTTTGGCCTGGTGCTGTGGGAGATTGCCCGCCGGACCATCGTGAATG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247          GCATCGTGGAGGACTATAGACCACCCTTCTATGATGTGGTG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103760 GTG...CAGGCATCGTGGAGGACTATAGACCACCCTTCTATGATGTGGTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 CCCAATGACCCCAGCTTTGAGGACATGAAGAAGGTGGTGTGTGTGGATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106552 CCCAATGACCCCAGCTTTGAGGACATGAAGAAGGTGGTGTGTGTGGATCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 GCAGACCCCCACCATCCCTAACCGGCTGGCTGCAGACCCG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 106602 GCAGACCCCCACCATCCCTAACCGGCTGGCTGCAGACCCGGTG...CAGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 TCCTCTCAGGCCTAGCTCAGATGATGCGGGAGTGCTGGTACCCAAACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108286 TCCTCTCAGGCCTAGCTCAGATGATGCGGGAGTGCTGGTACCCAAACCCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 TCTGCCCGACTCACCGCGCTGCGGATCAAGAAGACACTACAAAAAATTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108336 TCTGCCCGACTCACCGCGCTGCGGATCAAGAAGACACTACAAAAAATTAG

   1550     .    :    .    :    .    :
   1479 CAACAGTCCAGAGAAGCCTAAAGTGATTCAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||
 108386 CAACAGTCCAGAGAAGCCTAAAGTGATTCAA