seq1 = pF1KE0959.tfa, 1497 bp
seq2 = pF1KE0959/gi568815582r_2872956.tfa (gi568815582r:2872956_3077031), 204076 bp

>pF1KE0959 1497
>gi568815582r:2872956_3077031 (Chr16)

(complement)

11-378  (100001-100368)   100% ->
379-872  (101220-101713)   100% ->
873-979  (102376-102482)   100% ->
980-1152  (102615-102787)   100% ->
1153-1310  (102875-103032)   100% ->
1311-1388  (103817-103894)   100% ->
1389-1497  (103968-104076)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     11 GGCCTCCTGCACTGGCCATGCCCATGCCCACGGAGGGCACCCCGCCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 GGCCTCCTGCACTGGCCATGCCCATGCCCACGGAGGGCACCCCGCCACCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     61 CTGAGTGGCACCCCCATCCCAGTCCCAGCCTACTTCCGCCACGCAGAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTGAGTGGCACCCCCATCCCAGTCCCAGCCTACTTCCGCCACGCAGAACC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    111 TGGATTCTCCCTCAAGAGGCCCAGGGGGCTCAGCCGGAGCCTCCCACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGGATTCTCCCTCAAGAGGCCCAGGGGGCTCAGCCGGAGCCTCCCACCTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    161 CGCCCCCTGCCAAGGGCAGCATTCCCATCAGCCGCCTCTTCCCTCCTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CGCCCCCTGCCAAGGGCAGCATTCCCATCAGCCGCCTCTTCCCTCCTCGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    211 ACCCCAGGCTGGCACCAGCTGCAGCCCCGGCGGGTGTCATTCCGGGGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 ACCCCAGGCTGGCACCAGCTGCAGCCCCGGCGGGTGTCATTCCGGGGCGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    261 GGCCTCAGAGACTCTGCAGAGCCCTGGGTATGACCCAAGCCGGCCAGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GGCCTCAGAGACTCTGCAGAGCCCTGGGTATGACCCAAGCCGGCCAGAGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    311 CCTTCTTCCAGCAGAGCTTCCAGAGGCTCAGCCGCCTGGGCCATGGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CCTTCTTCCAGCAGAGCTTCCAGAGGCTCAGCCGCCTGGGCCATGGCTCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    361 TACGGAGAGGTCTTCAAG         GTGCGCTCCAAGGAGGACGGCCG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 100351 TACGGAGAGGTCTTCAAGGTG...CAGGTGCGCTCCAAGGAGGACGGCCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    402 GCTCTATGCGGTAAAGCGTTCCATGTCACCATTCCGGGGCCCCAAGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101243 GCTCTATGCGGTAAAGCGTTCCATGTCACCATTCCGGGGCCCCAAGGACC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    452 GGGCCCGCAAGTTGGCCGAGGTGGGCAGCCACGAGAAGGTGGGGCAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101293 GGGCCCGCAAGTTGGCCGAGGTGGGCAGCCACGAGAAGGTGGGGCAGCAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    502 CCATGCTGCGTGCGGCTGGAGCAGGCCTGGGAGGAGGGCGGCATCCTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101343 CCATGCTGCGTGCGGCTGGAGCAGGCCTGGGAGGAGGGCGGCATCCTGTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    552 CCTGCAGACGGAGCTGTGCGGGCCCAGCCTGCAGCAACACTGTGAGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101393 CCTGCAGACGGAGCTGTGCGGGCCCAGCCTGCAGCAACACTGTGAGGCCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    602 GGGGTGCCAGCCTGCCTGAGGCCCAGGTCTGGGGCTACCTGCGGGACACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101443 GGGGTGCCAGCCTGCCTGAGGCCCAGGTCTGGGGCTACCTGCGGGACACG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    652 CTGCTTGCCCTGGCCCATCTGCACAGCCAGGGCCTGGTGCACCTTGATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101493 CTGCTTGCCCTGGCCCATCTGCACAGCCAGGGCCTGGTGCACCTTGATGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    702 CAAGCCTGCCAACATCTTCCTGGGGCCCCGGGGCCGCTGCAAGCTGGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101543 CAAGCCTGCCAACATCTTCCTGGGGCCCCGGGGCCGCTGCAAGCTGGGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    752 ACTTCGGACTGCTGGTGGAGCTGGGTACAGCAGGAGCTGGTGAGGTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101593 ACTTCGGACTGCTGGTGGAGCTGGGTACAGCAGGAGCTGGTGAGGTCCAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    802 GAGGGAGACCCCCGCTACATGGCCCCCGAGCTGCTGCAGGGCTCCTATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101643 GAGGGAGACCCCCGCTACATGGCCCCCGAGCTGCTGCAGGGCTCCTATGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    852 GACAGCAGCGGATGTGTTCAG         TCTGGGCCTCACCATCCTGG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 101693 GACAGCAGCGGATGTGTTCAGGTG...CAGTCTGGGCCTCACCATCCTGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    893 AAGTGGCATGCAACATGGAGCTGCCCCACGGTGGGGAGGGCTGGCAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102396 AAGTGGCATGCAACATGGAGCTGCCCCACGGTGGGGAGGGCTGGCAGCAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    943 CTGCGCCAGGGCTACCTGCCCCCTGAGTTCACTGCCG         GTCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 102446 CTGCGCCAGGGCTACCTGCCCCCTGAGTTCACTGCCGGTG...CAGGTCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    984 GTCTTCCGAGCTGCGTTCTGTCCTTGTCATGATGCTGGAGCCAGACCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102619 GTCTTCCGAGCTGCGTTCTGTCCTTGTCATGATGCTGGAGCCAGACCCCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1034 AGCTGCGGGCCACGGCCGAGGCCCTGCTGGCACTGCCTGTGTTGAGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102669 AGCTGCGGGCCACGGCCGAGGCCCTGCTGGCACTGCCTGTGTTGAGGCAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1084 CCGCGGGCCTGGGGTGTGCTGTGGTGCATGGCAGCGGAGGCCCTGAGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102719 CCGCGGGCCTGGGGTGTGCTGTGGTGCATGGCAGCGGAGGCCCTGAGCCG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1134 AGGGTGGGCCCTGTGGCAG         GCCCTGCTTGCCCTGCTCTGCT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 102769 AGGGTGGGCCCTGTGGCAGGTA...CAGGCCCTGCTTGCCCTGCTCTGCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1175 GGCTCTGGCATGGGCTGGCTCACCCTGCCAGCTGGCTACAGCCCCTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102897 GGCTCTGGCATGGGCTGGCTCACCCTGCCAGCTGGCTACAGCCCCTGGGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1225 CCGCCAGCCACCCCGCCTGGCTCACCACCCTGCAGTTTGCTCCTGGACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102947 CCGCCAGCCACCCCGCCTGGCTCACCACCCTGCAGTTTGCTCCTGGACAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1275 CAGCCTCTCCAGCAACTGGGATGACGACAGCCTAGG         GCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 102997 CAGCCTCTCCAGCAACTGGGATGACGACAGCCTAGGGTG...CAGGCCTT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1316 CACTCTCCCCTGAGGCTGTCCTGGCCCGGACTGTGGGGAGCACCTCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103822 CACTCTCCCCTGAGGCTGTCCTGGCCCGGACTGTGGGGAGCACCTCCACC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1366 CCCCGGAGCAGGTGCACACCCAG         GGATGCCCTGGACCTAAG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 103872 CCCCGGAGCAGGTGCACACCCAGGTA...CAGGGATGCCCTGGACCTAAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1407 TGACATCAACTCAGAGCCTCCTCGGGGCTCCTTCCCCTCCTTTGAGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103986 TGACATCAACTCAGAGCCTCCTCGGGGCTCCTTCCCCTCCTTTGAGCCTC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :
   1457 GGAACCTCCTCAGCCTGTTTGAGGACACCCTAGACCCAACC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104036 GGAACCTCCTCAGCCTGTTTGAGGACACCCTAGACCCAACC