seq1 = pF1KE0951.tfa, 1419 bp
seq2 = pF1KE0951/gi568815593f_111124484.tfa (gi568815593f:111124484_111584463), 459980 bp

>pF1KE0951 1419
>gi568815593f:111124484_111584463 (Chr5)

1-161  (100001-100161)   100% ->
162-240  (219541-219619)   100% ->
241-303  (250367-250429)   100% ->
304-386  (252377-252459)   100% ->
387-459  (270227-270299)   100% ->
460-550  (322203-322293)   100% ->
551-625  (324646-324720)   100% ->
626-701  (348828-348903)   100% ->
702-828  (353898-354024)   100% ->
829-981  (358302-358454)   100% ->
982-1419  (359543-359980)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTCAAAGTCACGGTGCCCTCCTGCTCCGCCTCGTCCTGCTCTTCGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTCAAAGTCACGGTGCCCTCCTGCTCCGCCTCGTCCTGCTCTTCGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CACCGCCAGTGCGGCCCCGGGGACCGCGAGCCTCGTCCCGGATTACTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CACCGCCAGTGCGGCCCCGGGGACCGCGAGCCTCGTCCCGGATTACTGGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCGACGGCTCCAACAGGGATGCGCTGAGCGATTTCTTCGAGGTGGAGTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCGACGGCTCCAACAGGGATGCGCTGAGCGATTTCTTCGAGGTGGAGTCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GAGCTGGGACG         GGGTGCTACATCCATTGTGTACAGATGCAA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GAGCTGGGACGGTA...AAGGGGTGCTACATCCATTGTGTACAGATGCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ACAGAAGGGGACCCAGAAGCCTTATGCTCTCAAAGTGTTAAAGAAAACA 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 219571 ACAGAAGGGGACCCAGAAGCCTTATGCTCTCAAAGTGTTAAAGAAAACAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    241         GTGGACAAAAAAATCGTAAGAACTGAGATAGGAGTTCTTCTT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 219621 TA...TAGGTGGACAAAAAAATCGTAAGAACTGAGATAGGAGTTCTTCTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CGCCTCTCACATCCAAACATT         ATAAAACTTAAAGAGATATT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 250409 CGCCTCTCACATCCAAACATTGTA...TAGATAAAACTTAAAGAGATATT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TGAAACCCCTACAGAAATCAGTCTGGTCCTAGAACTCGTCACAGGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 252397 TGAAACCCCTACAGAAATCAGTCTGGTCCTAGAACTCGTCACAGGAGGAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AACTGTTTGATAG         GATTGTGGAAAAGGGATATTACAGTGAG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 252447 AACTGTTTGATAGGTG...CAGGATTGTGGAAAAGGGATATTACAGTGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CGAGATGCTGCAGATGCCGTTAAACAAATCCTGGAGGCAGTTGCT     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 270255 CGAGATGCTGCAGATGCCGTTAAACAAATCCTGGAGGCAGTTGCTGTA..

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    460     TATCTACATGAAAATGGGATTGTCCATCGTGATCTCAAACCAGAGA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 270305 .TAGTATCTACATGAAAATGGGATTGTCCATCGTGATCTCAAACCAGAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 ATCTTCTTTATGCAACTCCAGCCCCAGATGCACCACTCAAAATCG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 322249 ATCTTCTTTATGCAACTCCAGCCCCAGATGCACCACTCAAAATCGGTG..

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551     CTGATTTTGGACTCTCTAAAATTGTGGAACATCAAGTGCTCATGAA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 322299 .TAGCTGATTTTGGACTCTCTAAAATTGTGGAACATCAAGTGCTCATGAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 GACAGTATGTGGAACCCCAGGGTACTGCG         CACCTGAAATTC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 324692 GACAGTATGTGGAACCCCAGGGTACTGCGGTA...CAGCACCTGAAATTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 TTAGAGGTTGTGCCTATGGACCTGAGGTGGACATGTGGTCTGTAGGAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 348840 TTAGAGGTTGTGCCTATGGACCTGAGGTGGACATGTGGTCTGTAGGAATA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 ATCACCTACATCTT         ACTTTGTGGATTTGAACCATTCTATGA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 348890 ATCACCTACATCTTGTA...TAGACTTTGTGGATTTGAACCATTCTATGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 TGAAAGAGGCGATCAGTTCATGTTCAGGAGAATTCTGAATTGTGAATATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 353925 TGAAAGAGGCGATCAGTTCATGTTCAGGAGAATTCTGAATTGTGAATATT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 ACTTTATCTCCCCCTGGTGGGATGAAGTATCTCTAAATGCCAAGGACTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 353975 ACTTTATCTCCCCCTGGTGGGATGAAGTATCTCTAAATGCCAAGGACTTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829          GTCAGAAAATTAATTGTTTTGGATCCAAAGAAACGGCTGAC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 354025 GTA...CAGGTCAGAAAATTAATTGTTTTGGATCCAAAGAAACGGCTGAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 TACATTTCAAGCTCTCCAGCATCCGTGGGTCACAGGTAAAGCAGCCAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 358343 TACATTTCAAGCTCTCCAGCATCCGTGGGTCACAGGTAAAGCAGCCAATT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 TTGTACACATGGATACCGCTCAAAAGAAGCTCCAAGAATTCAATGCCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 358393 TTGTACACATGGATACCGCTCAAAAGAAGCTCCAAGAATTCAATGCCCGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 CGTAAGCTTAAG         GCAGCGGTGAAGGCTGTGGTGGCCTCTTC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 358443 CGTAAGCTTAAGGTA...CAGGCAGCGGTGAAGGCTGTGGTGGCCTCTTC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 CCGCCTGGGAAGTGCCAGCAGCAGCCATGGCAGCATCCAGGAGAGCCACA
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 359572 GCGCCTGGGAAGTGCCAGCAGCAGCCATGGCAGCATCCAGGAGAGCCACA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 AGGCTAGCCGAGACCCTTCTCCAATCCAAGATGGCAACGAGGACATGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 359622 AGGCTAGCCGAGACCCTTCTCCAATCCAAGATGGCAACGAGGACATGAAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 GCTATTCCAGAAGGAGAGAAAATTCAAGGCGATGGGGCCCAAGCCGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 359672 GCTATTCCAGAAGGAGAGAAAATTCAAGGCGATGGGGCCCAAGCCGCAGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 TAAGGGGGCACAGGCTGAGCTGATGAAGGTGCAAGCCTTAGAGAAAGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 359722 TAAGGGGGCACAGGCTGAGCTGATGAAGGTGCAAGCCTTAGAGAAAGTTA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 AAGGTGCAGATATAAATGCTGAAGAGGCCCCCAAAATGGTGCCCAAGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 359772 AAGGTGCAGATATAAATGCTGAAGAGGCCCCCAAAATGGTGCCCAAGGCA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 GTGGAGGATGGGATAAAGGTGGCTGACCTGGAACTAGAGGAGGGCCTAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 359822 GTGGAGGATGGGATAAAGGTGGCTGACCTGGAACTAGAGGAGGGCCTAGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 AGAGGAGAAGCTGAAGACTGTGGAGGAGGCAGCAGCTCCCAGAGAAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 359872 AGAGGAGAAGCTGAAGACTGTGGAGGAGGCAGCAGCTCCCAGAGAAGGGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 AAGGAAGCTCTGCTGTGGGTTTTGAAGTTCCACAGCAAGATGTGATCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 359922 AAGGAAGCTCTGCTGTGGGTTTTGAAGTTCCACAGCAAGATGTGATCCTG

   1500     .
   1411 CCAGAGTAC
        |||||||||
 359972 CCAGAGTAC