seq1 = pF1KE0949.tfa, 1293 bp
seq2 = pF1KE0949/gi568815581r_63603602.tfa (gi568815581r:63603602_63826696), 223095 bp

>pF1KE0949 1293
>gi568815581r:63603602_63826696 (Chr17)

(complement)

1-36  (98328-98363)   100% ->
37-94  (100002-100059)   100% ->
95-123  (103371-103399)   100% ->
124-226  (112589-112691)   100% ->
227-348  (113170-113291)   100% ->
349-457  (115861-115969)   100% ->
458-581  (116083-116206)   100% ->
582-753  (119279-119450)   100% ->
754-858  (119958-120062)   100% ->
859-1100  (122115-122356)   100% ->
1101-1143  (122650-122692)   100% ->
1144-1293  (122946-123095)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCATTTCTTGTAAGTAAACCAGAGCGAATCAGG         CGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
  98328 ATGTCATTTCTTGTAAGTAAACCAGAGCGAATCAGGGTG...TAGCGGTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GGTCTCGGAAAAGTTCATTGTTGAGGGCTTAAGAGATTTGGAACTATTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100007 GGTCTCGGAAAAGTTCATTGTTGAGGGCTTAAGAGATTTGGAACTATTTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GAG         AGCAGCCTCCGGGTGACACTCGGAGAAAA         
        |||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 100057 GAGGTA...CAGAGCAGCCTCCGGGTGACACTCGGAGAAAAGTA...TAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    124 ACCAATGATGCGAGCTCAGAGTCAATAGCATCCTTCTCTAAACAGGAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112589 ACCAATGATGCGAGCTCAGAGTCAATAGCATCCTTCTCTAAACAGGAGGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    174 CATGAGTAGCTTTCTGCCAGAGGGAGGGTGTTACGAGCTGCTCACTGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112639 CATGAGTAGCTTTCTGCCAGAGGGAGGGTGTTACGAGCTGCTCACTGTGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 TAG         GCAAAGGATTTGAGGACCTGATGACTGTGAATCTAGCA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112689 TAGGTA...TAGGCAAAGGATTTGAGGACCTGATGACTGTGAATCTAGCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    265 AGGTACAAACCAACAGGAGAGTACGTGACTGTACGGAGGATTAACCTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113208 AGGTACAAACCAACAGGAGAGTACGTGACTGTACGGAGGATTAACCTAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 AGCTTGTTCCAATGAGATGGTAACATTCTTGCAG         GGCGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 113258 AGCTTGTTCCAATGAGATGGTAACATTCTTGCAGGTA...CAGGGCGAGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    356 TGCATGTCTCCAAACTCTTCAACCATCCCAATATCGTGCCATATCGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115868 TGCATGTCTCCAAACTCTTCAACCATCCCAATATCGTGCCATATCGAGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 ACTTTTATTGCAGACAATGAGCTGTGGGTTGTCACATCATTCATGGCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115918 ACTTTTATTGCAGACAATGAGCTGTGGGTTGTCACATCATTCATGGCATA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 CG         GTTCTGCAAAAGATCTCATCTGTACACACTTCATGGATG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115968 CGGTG...CAGGTTCTGCAAAAGATCTCATCTGTACACACTTCATGGATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 GCATGAATGAGCTGGCGATTGCTTACATCCTGCAGGGGGTGCTGAAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116122 GCATGAATGAGCTGGCGATTGCTTACATCCTGCAGGGGGTGCTGAAGGCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 CTCGACTACATCCACCACATGGGATATGTACACAG         GAGTGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 116172 CTCGACTACATCCACCACATGGGATATGTACACAGGTG...CAGGAGTGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 CAAAGCCAGCCACATCCTGATCTCTGTGGATGGGAAGGTCTACCTGTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119285 CAAAGCCAGCCACATCCTGATCTCTGTGGATGGGAAGGTCTACCTGTCTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 GTTTGCGCAGCAACCTCAGCATGATAAGCCATGGGCAGCGGCAGCGAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119335 GTTTGCGCAGCAACCTCAGCATGATAAGCCATGGGCAGCGGCAGCGAGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 GTCCACGATTTTCCCAAGTACAGTGTCAAGGTTCTGCCGTGGCTCAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119385 GTCCACGATTTTCCCAAGTACAGTGTCAAGGTTCTGCCGTGGCTCAGCCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 CGAGGTCCTCCAGCAG         AATCTCCAGGGTTATGATGCCAAGT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 119435 CGAGGTCCTCCAGCAGGTC...TAGAATCTCCAGGGTTATGATGCCAAGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 CTGACATCTACAGTGTGGGAATCACAGCCTGTGAACTGGCCAACGGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119983 CTGACATCTACAGTGTGGGAATCACAGCCTGTGAACTGGCCAACGGCCAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 GTCCCCTTTAAGGATATGCCTGCCACCCAG         ATGCTGCTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 120033 GTCCCCTTTAAGGATATGCCTGCCACCCAGGTA...CAGATGCTGCTAGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 GAAACTGAACGGCACAGTGCCCTGCCTGTTGGATACCAGCACCATCCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122126 GAAACTGAACGGCACAGTGCCCTGCCTGTTGGATACCAGCACCATCCCCG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 CTGAGGAGCTGACCATGAGCCCTTCGCGCTCAGTGGCCAACTCTGGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122176 CTGAGGAGCTGACCATGAGCCCTTCGCGCTCAGTGGCCAACTCTGGCCTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 AGTGACAGCCTGACCACCAGCACCCCCCGGCCCTCCAACGGTGACTCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122226 AGTGACAGCCTGACCACCAGCACCCCCCGGCCCTCCAACGGTGACTCGCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 CTCCCACCCCTACCACCGAACCTTCTCCCCCCACTTCCACCACTTTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122276 CTCCCACCCCTACCACCGAACCTTCTCCCCCCACTTCCACCACTTTGTGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 AGCAGTGCCTTCAGCGCAACCCGGATGCCAG         GCCCAGTGCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 122326 AGCAGTGCCTTCAGCGCAACCCGGATGCCAGGTA...CAGGCCCAGTGCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 AGCACCCTCCTGAACCACTCTTTCTTCAAGCAG         ATCAAGCG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 122660 AGCACCCTCCTGAACCACTCTTTCTTCAAGCAGGTA...CAGATCAAGCG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 ACGTGCCTCAGAGGCTTTGCCCGAATTGCTTCGTCCTGTCACCCCCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122954 ACGTGCCTCAGAGGCTTTGCCCGAATTGCTTCGTCCTGTCACCCCCATCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 CCAATTTTGAGGGCAGCCAGTCTCAGGACCACAGTGGAATCTTTGGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123004 CCAATTTTGAGGGCAGCCAGTCTCAGGACCACAGTGGAATCTTTGGCCTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 GTAACAAACCTGGAAGAGCTGGAGGTGGACGATTGGGAGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123054 GTAACAAACCTGGAAGAGCTGGAGGTGGACGATTGGGAGTTC