seq1 = pF1KE0943.tfa, 1008 bp
seq2 = pF1KE0943/gi568815579f_1427936.tfa (gi568815579f:1427936_1635247), 207312 bp

>pF1KE0943 1008
>gi568815579f:1427936_1635247 (Chr19)

1-201  (99999-100199)   99% ->
202-328  (100367-100493)   100% ->
329-405  (100963-101039)   100% ->
406-490  (101471-101555)   100% ->
491-568  (101812-101889)   100% ->
569-714  (103803-103948)   100% ->
715-825  (105996-106106)   100% ->
826-1008  (107130-107312)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTACACGGTGCTGACTGGCACCCCACCCTTCATGGCCTCACCCCTGTC
        | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99999 AGGTACACGGTGCTGACTGGCACCCCACCCTTCATGGCCTCACCCCTGTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGAGATGTACCAAAACATCCGTGAGGGCCACTACCCCGAACCCGCTCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100049 GGAGATGTACCAAAACATCCGTGAGGGCCACTACCCCGAACCCGCTCACC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGTCTGCCAATGCGCGCCGCCTCATCGTGCACCTCCTAGCACCCAACCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100099 TGTCTGCCAATGCGCGCCGCCTCATCGTGCACCTCCTAGCACCCAACCCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCCGAGCGGCCCAGCCTGGACCACCTGCTGCAGGACGACTTCTTCACACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100149 GCCGAGCGGCCCAGCCTGGACCACCTGCTGCAGGACGACTTCTTCACACA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 G         GGTTTCACTCCAGACCGGCTGCCGGCCCACTCCTGCCACA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100199 GGTG...AAGGGTTTCACTCCAGACCGGCTGCCGGCCCACTCCTGCCACA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GTCCCCCCATCTTCGCCATACCCCCGCCTCTGGGCAGGATCTTCCGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100407 GTCCCCCCATCTTCGCCATACCCCCGCCTCTGGGCAGGATCTTCCGGAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GTGGGCCAGCGGCTGCTCACCCAGTGCCGGCCACCCT         GCCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 100457 GTGGGCCAGCGGCTGCTCACCCAGTGCCGGCCACCCTGTA...CAGGCCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CTTCACGCCTAAAGAGGCCTCGGGTCCAGGAGAAGGTGGGCCAGACCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100967 CTTCACGCCTAAAGAGGCCTCGGGTCCAGGAGAAGGTGGGCCAGACCCTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ACTCCATGGAGTGGGACGGCGAG         AGCTCCCTGTCTGCGAAA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 101017 ACTCCATGGAGTGGGACGGCGAGGTG...CAGAGCTCCCTGTCTGCGAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GAGGTTCCCTGCCTGGAAGGCCCCATCCACCTGGTCGCACAAGGGACCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101489 GAGGTTCCCTGCCTGGAAGGCCCCATCCACCTGGTCGCACAAGGGACCCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GCAGAGTGACCTGGCCG         GGCCCGAGGGGAGCCGGCGGCCAG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 101539 GCAGAGTGACCTGGCCGGTG...CAGGGCCCGAGGGGAGCCGGCGGCCAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AGGTGGAGGCGGCCCTCAGACACCTGCAGCTGTGCCTGGATGTAGGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101836 AGGTGGAGGCGGCCCTCAGACACCTGCAGCTGTGCCTGGATGTAGGCCCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CCGG         CCACACAGGACCCCCTGGGAGAGCAGCAGCCCATCCT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101886 CCGGGTA...CAGCCACACAGGACCCCCTGGGAGAGCAGCAGCCCATCCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CTGGGCCCCCAAATGGGTGGATTATTCCAGCAAATACGGCTTTGGCTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103840 CTGGGCCCCCAAATGGGTGGATTATTCCAGCAAATACGGCTTTGGCTACC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AGCTCTTGGACGGGGGGCGCACGGGACGGCACCCACATGGCCCTGCGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103890 AGCTCTTGGACGGGGGGCGCACGGGACGGCACCCACATGGCCCTGCGACC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CCCCGGAGG         GAGGGGACCCTCCCCACACCTGTGCCACCTGC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 103940 CCCCGGAGGGTA...CAGGAGGGGACCCTCCCCACACCTGTGCCACCTGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TGGACCCGGCCTCTGCCTCCTGCGCTTCCTGGCCTCTGAGCACGCCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106028 TGGACCCGGCCTCTGCCTCCTGCGCTTCCTGGCCTCTGAGCACGCCCTGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TGCTGCTGTTCAGCAATGGGATGGTGCAG         GTGAGCTTCAGT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 106078 TGCTGCTGTTCAGCAATGGGATGGTGCAGGTG...CAGGTGAGCTTCAGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GGAGTCCCGGCCCAACTGGTGCTGAGTGGCGAGGGTGAGGGTTTGCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107142 GGAGTCCCGGCCCAACTGGTGCTGAGTGGCGAGGGTGAGGGTTTGCAGCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CACCCTCTGGGAGCAGGGGTCCCCTGGCACCTCCTACTCCCTGGACGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107192 CACCCTCTGGGAGCAGGGGTCCCCTGGCACCTCCTACTCCCTGGACGTCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 CGCAGAGCCACGGCTGCGCCCCCACCACCGGACAGCACCTTCACCACGCC
        ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107242 CGCGGAGCCACGGCTGCGCCCCCACCACCGGACAGCACCTTCACCACGCC

   1050     .    :    .    :
    988 CTCCGCATGCTGCAGAGTATC
        |||||||||||||||||||||
 107292 CTCCGCATGCTGCAGAGTATC