seq1 = pF1KE0941.tfa, 804 bp
seq2 = pF1KE0941/gi568815597f_32262702.tfa (gi568815597f:32262702_32464253), 201552 bp

>pF1KE0941 804
>gi568815597f:32262702_32464253 (Chr1)

1-145  (100001-100145)   100% ->
146-804  (100894-101552)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGGACTTTCTGCTCTCCAATGGGTACCAGCTGGGCAAGACCATTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGGACTTTCTGCTCTCCAATGGGTACCAGCTGGGCAAGACCATTGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGAAGGGACCTACTCAAAAGTCAAAGAAGCATTTTCCAAAAAACACCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGAAGGGACCTACTCAAAAGTCAAAGAAGCATTTTCCAAAAAACACCAAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GAAAAGTGGCAATTAAAGTTATAGACAAGATGGGAGGGCCAGAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100101 GAAAAGTGGCAATTAAAGTTATAGACAAGATGGGAGGGCCAGAAGGTG..

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    146     AGTTTATCCAGAGATTCCTCCCTCGGGAGCTCCAAATCGTCCGTAC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 .CAGAGTTTATCCAGAGATTCCTCCCTCGGGAGCTCCAAATCGTCCGTAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCTGGACCACAAGAACATCATCCAGGTGTATGAGATGCTGGAGTCTGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100940 CCTGGACCACAAGAACATCATCCAGGTGTATGAGATGCTGGAGTCTGCCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACGGGAAAATCTGCCTGGTGATGGAGCTCGCTGAGGGAGGGGATGTCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100990 ACGGGAAAATCTGCCTGGTGATGGAGCTCGCTGAGGGAGGGGATGTCTTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GACTGCGTGCTGAATGGGGGGCCACTGCCTGAAAGCCGGGCCAAGGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101040 GACTGCGTGCTGAATGGGGGGCCACTGCCTGAAAGCCGGGCCAAGGCCCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CTTCCGTCAGATGGTTGAGGCCATCCGCTACTGCCATGGCTGTGGTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101090 CTTCCGTCAGATGGTTGAGGCCATCCGCTACTGCCATGGCTGTGGTGTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CCCACCGGGACCTCAAATGTGAGAACGCCTTGTTGCAGGGCTTCAACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101140 CCCACCGGGACCTCAAATGTGAGAACGCCTTGTTGCAGGGCTTCAACCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 AAGCTGACTGACTTTGGCTTTGCCAAGGTGTTGCCCAAGTCACACCGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101190 AAGCTGACTGACTTTGGCTTTGCCAAGGTGTTGCCCAAGTCACACCGGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GCTGAGCCAGACCTTCTGCGGCAGTACAGCCTATGCTGCCCCCGAGGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101240 GCTGAGCCAGACCTTCTGCGGCAGTACAGCCTATGCTGCCCCCGAGGTGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 TGCAGGGCATTCCCCACGATAGCAAAAAAGGTGATGTCTGGAGCATGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101290 TGCAGGGCATTCCCCACGATAGCAAAAAAGGTGATGTCTGGAGCATGGGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 GTGGTCCTGTATGTCATGCTCTGTGCCAGCCTACCTTTTGACGACACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101340 GTGGTCCTGTATGTCATGCTCTGTGCCAGCCTACCTTTTGACGACACAGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 CATCCCCAAGATGCTGTGGCAGCAGCAGAAGGGGGTGTCCTTCCCCACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101390 CATCCCCAAGATGCTGTGGCAGCAGCAGAAGGGGGTGTCCTTCCCCACTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 ATCTGAGCATCTCGGCCGATTGCCAGGACCTGCTCAAGAGGCTCCTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101440 ATCTGAGCATCTCGGCCGATTGCCAGGACCTGCTCAAGAGGCTCCTGGAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 CCCGATATGATCCTCCGGCCTTCAATTGAAGAAGTTAGTTGGCATCCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101490 CCCGATATGATCCTCCGGCCTTCAATTGAAGAAGTTAGTTGGCATCCATG

    800     .    :
    792 GCTAGCAAGCACT
        |||||||||||||
 101540 GCTAGCAAGCACT