seq1 = pF1KE0940.tfa, 1377 bp
seq2 = pF1KE0940/gi568815589f_74530280.tfa (gi568815589f:74530280_74785615), 255336 bp

>pF1KE0940 1377
>gi568815589f:74530280_74785615 (Chr9)

1-93  (99997-100088)   96% ->
94-235  (104352-104493)   100% ->
236-637  (112135-112536)   99% ->
638-759  (130338-130459)   100% ->
760-892  (132195-132327)   100% ->
893-1000  (135209-135316)   100% ->
1001-1111  (137512-137622)   100% ->
1112-1224  (141510-141622)   100% ->
1225-1377  (155184-155336)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCGAGCACAAATTGAAGTGATACCATGCAAAATTTGTGGCGATAAGTC
         | |-|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99997 TTTC AGCACAAATTGAAGTGATACCATGCAAAATTTGTGGCGATAAGTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTCTGGGATCCACTACGGAGTCATCACATGTGAAGGCTGCAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 100046 CTCTGGGATCCACTACGGAGTCATCACATGTGAAGGCTGCAAGGTA...A

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     94   GGATTCTTTAGGAGGAGCCAGCAGAACAATGCTTCTTATTCCTGCCCA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104350 AGGGATTCTTTAGGAGGAGCCAGCAGAACAATGCTTCTTATTCCTGCCCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGGCAGAGAAACTGTTTAATTGACAGAACGAACAGAAACCGTTGCCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104400 AGGCAGAGAAACTGTTTAATTGACAGAACGAACAGAAACCGTTGCCAACA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTGCCGACTGCAGAAGTGTCTTGCCCTAGGAATGTCAAGAGATG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 104450 CTGCCGACTGCAGAAGTGTCTTGCCCTAGGAATGTCAAGAGATGGTA...

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    236    CTGTGAAGTTTGGGAGAATGTCCAAGAAGCAAAGGGACAGCCTGTAT
        >>>|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
 112132 CAGCTGTGAAGTTTGGGAGGATGTCCAAGAAGCAAAGGGACAGCCTGTAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GCTGAGGTGCAGAAGCACCAGCAGCGGCTGCAGGAACAGCGGCAGCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112182 GCTGAGGTGCAGAAGCACCAGCAGCGGCTGCAGGAACAGCGGCAGCAGCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GAGTGGGGAGGCAGAAGCCCTTGCCAGGGTGTACAGCAGCAGCATTAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112232 GAGTGGGGAGGCAGAAGCCCTTGCCAGGGTGTACAGCAGCAGCATTAGCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ACGGCCTGAGCAACCTGAACAACGAGACCAGCGGCACTTATGCCAACGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112282 ACGGCCTGAGCAACCTGAACAACGAGACCAGCGGCACTTATGCCAACGGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CACGTCATTGACCTGCCCAAGTCTGAGGGTTATTACAACGTCGATTCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112332 CACGTCATTGACCTGCCCAAGTCTGAGGGTTATTACAACGTCGATTCCGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TCAGCCGTCCCCTGATCAGTCAGGACTTGACATGACTGGAATCAAACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112382 TCAGCCGTCCCCTGATCAGTCAGGACTTGACATGACTGGAATCAAACAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TAAAGCAAGAACCTATCTATGACCTCACATCCGTACCCAACTTGTTTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112432 TAAAGCAAGAACCTATCTATGACCTCACATCCGTACCCAACTTGTTTACC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 TATAGCTCTTTCAACAATGGGCAGTTAGCACCAGGGATAACCATGACTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112482 TATAGCTCTTTCAACAATGGGCAGTTAGCACCAGGGATAACCATGACTGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 AATCG         ACCGAATTGCACAGAACATCATTAAGTCCCATTTGG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112532 AATCGGTA...CAGACCGAATTGCACAGAACATCATTAAGTCCCATTTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 AGACATGTCAATACACCATGGAAGAGCTGCACCAGCTGGCGTGGCAGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130374 AGACATGTCAATACACCATGGAAGAGCTGCACCAGCTGGCGTGGCAGACC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 CACACCTATGAAGAAATTAAAGCATATCAAAGCAAG         TCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 130424 CACACCTATGAAGAAATTAAAGCATATCAAAGCAAGGTA...AAGTCCAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GGAAGCACTGTGGCAACAATGTGCCATCCAGATCACTCACGCCATCCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132200 GGAAGCACTGTGGCAACAATGTGCCATCCAGATCACTCACGCCATCCAAT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 ACGTGGTGGAGTTTGCAAAGCGGATAACAGGCTTCATGGAGCTCTGTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132250 ACGTGGTGGAGTTTGCAAAGCGGATAACAGGCTTCATGGAGCTCTGTCAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 AATGATCAAATTCTACTTCTGAAGTCAG         GTTGCTTGGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 132300 AATGATCAAATTCTACTTCTGAAGTCAGGTA...TAGGTTGCTTGGAAGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 GGTTTTAGTGAGAATGTGCCGTGCCTTCAACCCATTAAACAACACTGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135222 GGTTTTAGTGAGAATGTGCCGTGCCTTCAACCCATTAAACAACACTGTTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 TGTTTGAAGGAAAATATGGAGGAATGCAAATGTTCAAAGCCTTAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 135272 TGTTTGAAGGAAAATATGGAGGAATGCAAATGTTCAAAGCCTTAGGTA..

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001     GTTCTGATGACCTAGTGAATGAAGCATTTGACTTTGCAAAGAATTT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135322 .TAGGTTCTGATGACCTAGTGAATGAAGCATTTGACTTTGCAAAGAATTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 GTGTTCCTTGCAGCTGACCGAGGAGGAGATCGCTTTGTTCTCATCTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137558 GTGTTCCTTGCAGCTGACCGAGGAGGAGATCGCTTTGTTCTCATCTGCTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 TTCTGATATCTCCAG         ACCGAGCCTGGCTTATAGAACCAAGG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 137608 TTCTGATATCTCCAGGTA...CAGACCGAGCCTGGCTTATAGAACCAAGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 AAAGTCCAGAAGCTTCAGGAAAAAATTTATTTTGCACTTCAACATGTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141536 AAAGTCCAGAAGCTTCAGGAAAAAATTTATTTTGCACTTCAACATGTGAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 TCAGAAGAATCACCTGGATGATGAGACCTTGGCAAAG         TTAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 141586 TCAGAAGAATCACCTGGATGATGAGACCTTGGCAAAGGTA...CAGTTAA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 TAGCCAAGATACCAACCATCACGGCAGTTTGCAACTTGCACGGGGAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155188 TAGCCAAGATACCAACCATCACGGCAGTTTGCAACTTGCACGGGGAGAAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 CTGCAGGTATTTAAGCAATCTCATCCAGAGATAGTGAATACACTGTTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155238 CTGCAGGTATTTAAGCAATCTCATCCAGAGATAGTGAATACACTGTTTCC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1329 TCCGTTATACAAGGAGCTCTTTAATCCTGACTGTGCCACCGGCTGCAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155288 TCCGTTATACAAGGAGCTCTTTAATCCTGACTGTGCCACCGGCTGCAAA