seq1 = pF1KE0934.tfa, 1248 bp
seq2 = pF1KE0934/gi568815575f_131923618.tfa (gi568815575f:131923618_132173095), 249478 bp

>pF1KE0934 1248
>gi568815575f:131923618_132173095 (ChrX)

1-42  (100001-100042)   100% ->
43-273  (131014-131244)   100% ->
274-330  (139816-139872)   100% ->
331-439  (144598-144706)   100% ->
440-597  (144795-144952)   100% ->
598-783  (145861-146046)   100% ->
784-932  (147452-147600)   100% ->
933-1026  (148651-148744)   100% ->
1027-1089  (149196-149258)   100% ->
1090-1226  (149340-149476)   100% ->
1227-1248  (150518-150539)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCCACTCGCCGGTGGCTGTCCAAGTGCCTGGGATGCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 100001 ATGGCCCACTCGCCGGTGGCTGTCCAAGTGCCTGGGATGCAGGTG...CA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     43  AATAACATAGCTGATCCAGAAGAACTGTTCACAAAATTAGAGCGCATTG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131013 GAATAACATAGCTGATCCAGAAGAACTGTTCACAAAATTAGAGCGCATTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GGAAAGGCTCATTTGGGGAAGTTTTCAAAGGAATTGATAACCGTACCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131063 GGAAAGGCTCATTTGGGGAAGTTTTCAAAGGAATTGATAACCGTACCCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CAAGTCGTTGCTATTAAAATCATAGACCTTGAGGAAGCCGAAGATGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131113 CAAGTCGTTGCTATTAAAATCATAGACCTTGAGGAAGCCGAAGATGAAAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGAAGACATTCAGCAAGAAATAACTGTCTTGAGTCAATGTGACAGCTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131163 AGAAGACATTCAGCAAGAAATAACTGTCTTGAGTCAATGTGACAGCTCAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ATGTAACAAAATACTATGGGTCATATTTAAAG         GGGTCTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 131213 ATGTAACAAAATACTATGGGTCATATTTAAAGGTA...CAGGGGTCTAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TTATGGATAATAATGGAATACCTGGGCGGTGGTTCAGCACTGGATCTT  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 139825 TTATGGATAATAATGGAATACCTGGGCGGTGGTTCAGCACTGGATCTTGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    331        CTTCGAGCTGGTCCATTTGATGAGTTCCAGATTGCTACCATGC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139875 A...AAGCTTCGAGCTGGTCCATTTGATGAGTTCCAGATTGCTACCATGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TAAAGGAAATTTTAAAAGGTCTGGACTATCTGCATTCAGAAAAGAAAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144641 TAAAGGAAATTTTAAAAGGTCTGGACTATCTGCATTCAGAAAAGAAAATT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CACCGAGACATAAAAG         CTGCCAATGTCTTGCTCTCAGAACA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 144691 CACCGAGACATAAAAGGTA...TAGCTGCCAATGTCTTGCTCTCAGAACA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AGGAGATGTTAAACTTGCTGATTTTGGAGTTGCTGGTCAGCTGACAGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144820 AGGAGATGTTAAACTTGCTGATTTTGGAGTTGCTGGTCAGCTGACAGATA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CACAGATTAAAAGAAATACCTTTGTGGGAACTCCATTTTGGATGGCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144870 CACAGATTAAAAGAAATACCTTTGTGGGAACTCCATTTTGGATGGCTCCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GAAGTTATTCAACAGTCAGCTTATGACTCAAAA         GCTGACAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 144920 GAAGTTATTCAACAGTCAGCTTATGACTCAAAAGTA...TAGGCTGACAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TTGGTCATTGGGAATTACTGCTATTGAACTAGCCAAGGGAGAGCCACCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145869 TTGGTCATTGGGAATTACTGCTATTGAACTAGCCAAGGGAGAGCCACCTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 ACTCCGATATGCATCCAATGAGAGTTCTGTTTCTTATTCCCAAAAACAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145919 ACTCCGATATGCATCCAATGAGAGTTCTGTTTCTTATTCCCAAAAACAAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CCTCCAACTCTTGTTGGAGACTTTACTAAGTCTTTTAAGGAGTTTATTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145969 CCTCCAACTCTTGTTGGAGACTTTACTAAGTCTTTTAAGGAGTTTATTGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TGCTTGCCTGAACAAAGATCCATCATTT         CGTCCTACAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 146019 TGCTTGCCTGAACAAAGATCCATCATTTGTG...TAGCGTCCTACAGCAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AAGAACTTCTGAAACACAAATTCATTGTAAAAAATTCAAAGAAGACTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147465 AAGAACTTCTGAAACACAAATTCATTGTAAAAAATTCAAAGAAGACTTCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 TATCTGACTGAACTGATAGATCGTTTTAAGAGATGGAAGGCAGAAGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147515 TATCTGACTGAACTGATAGATCGTTTTAAGAGATGGAAGGCAGAAGGACA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CAGTGATGATGAATCTGATTCCGAGGGCTCTGATTC         GGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 147565 CAGTGATGATGAATCTGATTCCGAGGGCTCTGATTCGTA...TAGGGAAT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 CTACCAGCAGGGAAAACAATACTCATCCTGAATGGAGCTTTACCACCGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148656 CTACCAGCAGGGAAAACAATACTCATCCTGAATGGAGCTTTACCACCGTA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CGAAAGAAGCCTGATCCAAAGAAAGTACAGAATGGGGCA         GA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 148706 CGAAAGAAGCCTGATCCAAAGAAAGTACAGAATGGGGCAGTA...AAGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GCAAGATCTTGTGCAAACCCTGAGTTGTTTGTCTATGATAATCACACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149198 GCAAGATCTTGTGCAAACCCTGAGTTGTTTGTCTATGATAATCACACCTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 CATTTGCTGAA         CTTAAACAGCAGGACGAGAATAACGCTAGC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 149248 CATTTGCTGAAGTA...CAGCTTAAACAGCAGGACGAGAATAACGCTAGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 AGGAATCAGGCGATTGAAGAACTCGAGAAAAGTATTGCTGTGGCTGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149370 AGGAATCAGGCGATTGAAGAACTCGAGAAAAGTATTGCTGTGGCTGAAGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 CGCCTGTCCCGGCATCACAGATAAAATGGTGAAGAAACTAATTGAAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149420 CGCCTGTCCCGGCATCACAGATAAAATGGTGAAGAAACTAATTGAAAAAT

   1300     .    :    .    :    .    :    .
   1220 TTCAAAA         GTGTTCAGCAGACGAATCCCCC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 149470 TTCAAAAGTA...TAGGTGTTCAGCAGACGAATCCCCC