seq1 = pF1KE0932.tfa, 1233 bp
seq2 = pF1KE0932/gi568815587f_12664278.tfa (gi568815587f:12664278_13037219), 372942 bp

>pF1KE0932 1233
>gi568815587f:12664278_13037219 (Chr11)

1-157  (100001-100157)   100% ->
158-222  (197973-198037)   100% ->
223-285  (200561-200623)   100% ->
286-420  (215431-215565)   100% ->
421-467  (216728-216774)   100% ->
468-529  (217619-217680)   98% ->
530-654  (218724-218848)   100% ->
655-828  (237663-237836)   100% ->
829-969  (260635-260775)   100% ->
970-1122  (265897-266049)   100% ->
1123-1233  (272832-272942)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAAAGGATGAGTGACTCTGCAGATAAGCCAATTGACAATGATGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAAAGGATGAGTGACTCTGCAGATAAGCCAATTGACAATGATGCAGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGGGGTCTGGAGCCCCGACATCGAGCAAAGCTTTCAGGAGGCCCTGGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGGGGTCTGGAGCCCCGACATCGAGCAAAGCTTTCAGGAGGCCCTGGCTA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCTATCCACCATGTGGGAGGAGGAAAATCATCTTATCAGACGAAGGCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCTATCCACCATGTGGGAGGAGGAAAATCATCTTATCAGACGAAGGCAAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATGTATG         GTAGGAATGAATTGATAGCCAGATACATCAAACT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ATGTATGGTA...CAGGTAGGAATGAATTGATAGCCAGATACATCAAACT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CAGGACAGGCAAGACGAGGACCAGAAAACAG         GTGTCTAGTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 198007 CAGGACAGGCAAGACGAGGACCAGAAAACAGGTA...CAGGTGTCTAGTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ACATTCAGGTTCTTGCCAGAAGGAAATCTCGTGATTTTCATTCCAAGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200571 ACATTCAGGTTCTTGCCAGAAGGAAATCTCGTGATTTTCATTCCAAGCTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AAG         GATCAGACTGCAAAGGATAAGGCCCTGCAGCACATGGC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200621 AAGGTA...AAGGATCAGACTGCAAAGGATAAGGCCCTGCAGCACATGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GGCCATGTCCTCAGCCCAGATCGTCTCGGCCACTGCCATTCATAACAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 215469 GGCCATGTCCTCAGCCCAGATCGTCTCGGCCACTGCCATTCATAACAAGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TGGGGCTGCCTGGGATTCCACGCCCGACCTTCCCAGGGGCGCCGGGG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 215519 TGGGGCTGCCTGGGATTCCACGCCCGACCTTCCCAGGGGCGCCGGGGGTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    421       TTCTGGCCGGGAATGATTCAAACAGGGCAGCCAGGATCCTCACA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 215569 ...CAGTTCTGGCCGGGAATGATTCAAACAGGGCAGCCAGGATCCTCACA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AGA         TGTCAAGCCTTTTGTGCAGCAGGCCTACCCCATCCAGC
        |||>>>...>>> |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 216772 AGAGTA...CAGCGTCAAGCCTTTTGTGCAGCAGGCCTACCCCATCCAGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 CAGCGGTCACAGCCCCCATTCCAG         GGTTTGAGCCTGCATCG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 217657 CAGCGGTCACAGCCCCCATTCCAGGTG...CAGGGTTTGAGCCTGCATCG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 GCCCCAGCTCCCTCAGTCCCTGCCTGGCAAGGTCGCTCCATTGGCACAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 218741 GCCCCAGCTCCCTCAGTCCCTGCCTGGCAAGGTCGCTCCATTGGCACAAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 CAAGCTTCGCCTGGTGGAATTTTCAGCTTTTCTCGAGCAGCAGCGAGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 218791 CAAGCTTCGCCTGGTGGAATTTTCAGCTTTTCTCGAGCAGCAGCGAGACC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 CAGACTCG         TACAACAAACACCTCTTCGTGCACATTGGGCAT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 218841 CAGACTCGGTG...CAGTACAACAAACACCTCTTCGTGCACATTGGGCAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 GCCAACCATTCTTACAGTGACCCATTGCTTGAATCAGTGGACATTCGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 237696 GCCAACCATTCTTACAGTGACCCATTGCTTGAATCAGTGGACATTCGTCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 GATTTATGACAAATTTCCTGAAAAGAAAGGTGGCTTAAAGGAACTGTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 237746 GATTTATGACAAATTTCCTGAAAAGAAAGGTGGCTTAAAGGAACTGTTTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 GAAAGGGCCCTCAAAATGCCTTCTTCCTCGTAAAATTCTGG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 237796 GAAAGGGCCCTCAAAATGCCTTCTTCCTCGTAAAATTCTGGGTG...CAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 GCTGATTTAAACTGCAATATTCAAGATGATGCTGGGGCTTTTTATGGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 260635 GCTGATTTAAACTGCAATATTCAAGATGATGCTGGGGCTTTTTATGGTGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 AACCAGTCAGTACGAGAGTTCTGAAAATATGACAGTCACCTGTTCCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 260685 AACCAGTCAGTACGAGAGTTCTGAAAATATGACAGTCACCTGTTCCACCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 AAGTTTGCTCCTTTGGGAAGCAAGTAGTAGAAAAAGTAGAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 260735 AAGTTTGCTCCTTTGGGAAGCAAGTAGTAGAAAAAGTAGAGGTA...CAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 ACGGAGTATGCAAGGTTTGAGAATGGCCGATTTGTATACCGAATAAACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 265897 ACGGAGTATGCAAGGTTTGAGAATGGCCGATTTGTATACCGAATAAACCG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 CTCCCCAATGTGTGAATATATGATCAACTTCATCCACAAGCTCAAACACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 265947 CTCCCCAATGTGTGAATATATGATCAACTTCATCCACAAGCTCAAACACT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 TACCAGAGAAATATATGATGAACAGTGTTTTGGAAAACTTCACAATTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 265997 TACCAGAGAAATATATGATGAACAGTGTTTTGGAAAACTTCACAATTTTA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 TTG         GTGGTAACAAACAGGGATACACAAGAAACTCTACTCTG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 266047 TTGGTA...CAGGTGGTAACAAACAGGGATACACAAGAAACTCTACTCTG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 CATGGCCTGTGTGTTTGAAGTTTCAAATAGTGAACACGGAGCACAACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 272870 CATGGCCTGTGTGTTTGAAGTTTCAAATAGTGAACACGGAGCACAACATC

   1300     .    :    .    :
   1211 ATATTTACAGGCTTGTAAAGGAC
        |||||||||||||||||||||||
 272920 ATATTTACAGGCTTGTAAAGGAC