seq1 = pF1KE0930.tfa, 1155 bp
seq2 = pF1KE0930/gi568815595r_141852516.tfa (gi568815595r:141852516_142095142), 242627 bp

>pF1KE0930 1155
>gi568815595r:141852516_142095142 (Chr3)

(complement)

1-125  (100000-100123)   99% ->
126-173  (101558-101605)   100% ->
174-336  (116461-116623)   100% ->
337-480  (120952-121095)   100% ->
481-549  (125002-125070)   100% ->
550-701  (131180-131331)   100% ->
702-868  (135303-135469)   100% ->
869-974  (142127-142232)   100% ->
975-1155  (142447-142627)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATTATAAGCACACCACAGAGACTAACCAGTTCAGGAAGTGTTCTGAT
        |-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100000 A GATTATAAGCACACCACAGAGACTAACCAGTTCAGGAAGTGTTCTGAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGGGAGTCCATATACCCCTGCACCAGCAATGGTTACTCAGACACACATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100049 TGGGAGTCCATATACCCCTGCACCAGCAATGGTTACTCAGACACACATAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CAGAAGCTACTGGCTGGGTCCCTGG         TGATAGAAAACGGGCT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 100099 CAGAAGCTACTGGCTGGGTCCCTGGGTA...TAGTGATAGAAAACGGGCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGAAAATTTATAGACTCTGATTTTTCAGAAAG         TAAACGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 101574 AGAAAATTTATAGACTCTGATTTTTCAGAAAGGTG...TAGTAAACGAAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CAAAAAAGGAGATAAAAATGGGAAAGGCTTGAGACACTTTTCAATGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116470 CAAAAAAGGAGATAAAAATGGGAAAGGCTTGAGACACTTTTCAATGAAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGTGTGAGAAAGTTCAACGAAAAGGTACAACATCGTACAATGAAGTCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116520 TGTGTGAGAAAGTTCAACGAAAAGGTACAACATCGTACAATGAAGTCGCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GATGAGCTGGTGTCAGAGTTCACCAATTCAAATAACCATTTGGCTGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116570 GATGAGCTGGTGTCAGAGTTCACCAATTCAAATAACCATTTGGCTGCTGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TTCG         GCTTATGATCAGAAGAACATTAGGCGAAGAGTTTATG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116620 TTCGGTA...CAGGCTTATGATCAGAAGAACATTAGGCGAAGAGTTTATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ATGCTTTAAATGTGCTAATGGCAATGAACATAATTTCAAAGGAAAAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120989 ATGCTTTAAATGTGCTAATGGCAATGAACATAATTTCAAAGGAAAAAAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GAAATCAAGTGGATTGGCCTGCCTACCAATTCTGCTCAGGAATGTCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121039 GAAATCAAGTGGATTGGCCTGCCTACCAATTCTGCTCAGGAATGTCAGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TCTGGAG         ATAGAGAAGCAGAGGCGGATAGAACGGATAAAGC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121089 TCTGGAGGTA...AAGATAGAGAAGCAGAGGCGGATAGAACGGATAAAGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AGAAGCGGGCCCAGCTGCAAGAACTTCTCCTACAG         CAAATC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 125036 AGAAGCGGGCCCAGCTGCAAGAACTTCTCCTACAGGTA...CAGCAAATC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GCTTTCAAAAACCTGGTACAGAGAAATCGACAAAATGAGCAGCAAAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131186 GCTTTCAAAAACCTGGTACAGAGAAATCGACAAAATGAGCAGCAAAACCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GGGCCCGCCGGCTCTGAACTCTACCATTCAGCTGCCATTCATAATCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131236 GGGCCCGCCGGCTCTGAACTCTACCATTCAGCTGCCATTCATAATCATCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 ATACAAGCAGAAAAACAGTCATAGATTGCAGCATCTCCAGTGACAA    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 131286 ATACAAGCAGAAAAACAGTCATAGATTGCAGCATCTCCAGTGACAAGTG.

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    702      GTTTGAGTATCTTTTCAATTTTGACAACACCTTTGAGATCCATGA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131336 ..CAGGTTTGAGTATCTTTTCAATTTTGACAACACCTTTGAGATCCATGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TGACATAGAAGTACTAAAGCGGATGGGAATGTCGTTTGGCCTGGAGTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135348 TGACATAGAAGTACTAAAGCGGATGGGAATGTCGTTTGGCCTGGAGTCAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 GCAAATGCTCTCTGGAGGATCTGAAACTTGCGAAATCCCTGGTGCCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135398 GCAAATGCTCTCTGGAGGATCTGAAACTTGCGAAATCCCTGGTGCCAAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GCTTTAGAAGGTTATATCACAG         ATATCTCCACAGGACCTTC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 135448 GCTTTAGAAGGTTATATCACAGGTA...TAGATATCTCCACAGGACCTTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TTGGTTAAATCAGGGACTACTTCTGAACTCTACCCAATCAGTTTCAAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142146 TTGGTTAAATCAGGGACTACTTCTGAACTCTACCCAATCAGTTTCAAATT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TAGACCTGACCACTGGTGCCACCTTACCCCAGTCAAG         TGTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 142196 TAGACCTGACCACTGGTGCCACCTTACCCCAGTCAAGGTA...TAGTGTA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 AACCAAGGGTTATGCTTGGATGCAGAAGTGGCCTTAGCAACTGGGCAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142451 AACCAAGGGTTATGCTTGGATGCAGAAGTGGCCTTAGCAACTGGGCAGTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CCTGGCCCCAAACAGTCACCAGTCCAGCAGTGCGGCCTCTCACTGCTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142501 CCTGGCCCCAAACAGTCACCAGTCCAGCAGTGCGGCCTCTCACTGCTCCG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 AGTCCCGAGGCGAGACCCCCTGTTCGTTCAATGATGAAGATGAGGAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142551 AGTCCCGAGGCGAGACCCCCTGTTCGTTCAATGATGAAGATGAGGAAGAT

   1200     .    :    .    :    .
   1129 GATGAGGAGGATTCCTCCTCCCCAGAA
        |||||||||||||||||||||||||||
 142601 GATGAGGAGGATTCCTCCTCCCCAGAA