seq1 = pF1KE0927.tfa, 1089 bp
seq2 = pF1KE0927/gi568815578r_44520298.tfa (gi568815578r:44520298_44736285), 215988 bp

>pF1KE0927 1089
>gi568815578r:44520298_44736285 (Chr20)

(complement)

34-95  (99998-100059)   98% ->
96-218  (107117-107239)   100% ->
219-362  (109687-109830)   100% ->
363-478  (110602-110717)   99% ->
479-606  (111957-112084)   100% ->
607-678  (113208-113279)   100% ->
679-780  (113356-113457)   100% ->
781-845  (113634-113698)   100% ->
846-975  (115139-115268)   100% ->
976-1083  (115885-115991)   98%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     34 GTAGAACTGCATGTCCACCTAGACGGATCCATCAAGCCTGAAACCATCTT
        || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99998 GTGGAACTGCATGTCCACCTAGACGGATCCATCAAGCCTGAAACCATCTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     84 ATACTATGGCAG         GAGGAGAGGGATCGCCCTCCCAGCTAACA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100048 ATACTATGGCAGGTA...CAGGAGGAGAGGGATCGCCCTCCCAGCTAACA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    125 CAGCAGAGGGGCTGCTGAACGTCATTGGCATGGACAAGCCGCTCACCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107146 CAGCAGAGGGGCTGCTGAACGTCATTGGCATGGACAAGCCGCTCACCCTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    175 CCAGACTTCCTGGCCAAGTTTGACTACTACATGCCTGCTATCGC      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 107196 CCAGACTTCCTGGCCAAGTTTGACTACTACATGCCTGCTATCGCGTG...

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    219    GGGCTGCCGGGAGGCTATCAAAAGGATCGCCTATGAGTTTGTAGAGA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109684 CAGGGGCTGCCGGGAGGCTATCAAAAGGATCGCCTATGAGTTTGTAGAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    266 TGAAGGCCAAAGAGGGCGTGGTGTATGTGGAGGTGCGGTACAGTCCGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109734 TGAAGGCCAAAGAGGGCGTGGTGTATGTGGAGGTGCGGTACAGTCCGCAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    316 CTGCTGGCCAACTCCAAAGTGGAGCCAATCCCCTGGAACCAGGCTGA   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 109784 CTGCTGGCCAACTCCAAAGTGGAGCCAATCCCCTGGAACCAGGCTGAGTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    363       AGGGGACCTCACACCAGACGAGGTGGTGGCCCTAGTGGGCCAGG
        ...>>>|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
 109834 ...CAGAGGGGACCTCACCCCAGACGAGGTGGTGGCCCTAGTGGGCCAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    407 GCCTGCAGGAGGGGGAGCGAGACTTCGGGGTCAAGGCCCGGTCCATCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110646 GCCTGCAGGAGGGGGAGCGAGACTTCGGGGTCAAGGCCCGGTCCATCCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    457 TGCTGCATGCGCCACCAGCCCA         ACTGGTCCCCCAAGGTGGT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 110696 TGCTGCATGCGCCACCAGCCCAGTG...CAGACTGGTCCCCCAAGGTGGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    498 GGAGCTGTGTAAGAAGTACCAGCAGCAGACCGTGGTAGCCATTGACCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111976 GGAGCTGTGTAAGAAGTACCAGCAGCAGACCGTGGTAGCCATTGACCTGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    548 CTGGAGATGAGACCATCCCAGGAAGCAGCCTCTTGCCTGGACATGTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112026 CTGGAGATGAGACCATCCCAGGAAGCAGCCTCTTGCCTGGACATGTCCAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    598 GCCTACCAG         GAGGCTGTGAAGAGCGGCATTCACCGTACTGT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 112076 GCCTACCAGGTG...CAGGAGGCTGTGAAGAGCGGCATTCACCGTACTGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    639 CCACGCCGGGGAGGTGGGCTCGGCCGAAGTAGTAAAAGAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 113240 CCACGCCGGGGAGGTGGGCTCGGCCGAAGTAGTAAAAGAGGTG...CAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    680 CTGTGGACATACTCAAGACAGAGCGGCTGGGACACGGCTACCACACCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113357 CTGTGGACATACTCAAGACAGAGCGGCTGGGACACGGCTACCACACCCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    730 GAAGACCAGGCCCTTTATAACAGGCTGCGGCAGGAAAACATGCACTTCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113407 GAAGACCAGGCCCTTTATAACAGGCTGCGGCAGGAAAACATGCACTTCGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    780 G         ATCTGCCCCTGGTCCAGCTACCTCACTGGTGCCTGGAAGC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113457 GGTA...CAGATCTGCCCCTGGTCCAGCTACCTCACTGGTGCCTGGAAGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    821 CGGACACGGAGCATGCAGTCATTCG         GCTCAAAAATGACCAG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 113674 CGGACACGGAGCATGCAGTCATTCGGTG...CAGGCTCAAAAATGACCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    862 GCTAACTACTCGCTCAACACAGATGACCCGCTCATCTTCAAGTCCACCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115155 GCTAACTACTCGCTCAACACAGATGACCCGCTCATCTTCAAGTCCACCCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    912 GGACACTGATTACCAGATGACCAAACGGGACATGGGCTTTACTGAAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115205 GGACACTGATTACCAGATGACCAAACGGGACATGGGCTTTACTGAAGAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    962 AGTTTAAAAGGCTG         AACATCAATGCGGCCAAATCTAGTTTC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 115255 AGTTTAAAAGGCTGGTG...CAGAACATCAATGCGGCCAAATCTAGTTTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1003 CTCCCAGAAGATGAAAAGAGGGAGCTTCTCGACCTGCTCTATAAAGCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115912 CTCCCAGAAGATGAAAAGAGGGAGCTTCTCGACCTGCTCTATAAAGCCTA

   1100     .    :    .    :    .    :
   1053 TGGGATGCCACCTTCAGCCTCTGCAGGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||| -||
 115962 TGGGATGCCACCTTCAGCCTCTGCAGGT AG