seq1 = pF1KE0926.tfa, 1077 bp
seq2 = pF1KE0926/gi568815575f_56150230.tfa (gi568815575f:56150230_56384491), 234262 bp

>pF1KE0926 1077
>gi568815575f:56150230_56384491 (ChrX)

7-81  (100001-100075)   100% ->
82-646  (114951-115515)   100% ->
647-758  (119149-119260)   100% ->
759-898  (119953-120092)   100% ->
899-1077  (134084-134262)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      7 GATATGGATAAACTCATAAACAACTTGGAGGTCCAACTTAATTCAGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 GATATGGATAAACTCATAAACAACTTGGAGGTCCAACTTAATTCAGAAGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     57 TGGCTCAATGCAGGTATTCAAGCAG         GTCACTGCTTCTGTTC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 100051 TGGCTCAATGCAGGTATTCAAGCAGGTC...AAGGTCACTGCTTCTGTTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     98 GGAACAGAGATCCCCCTGAGATAGAATACAGAAGTAATATGACTTCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114967 GGAACAGAGATCCCCCTGAGATAGAATACAGAAGTAATATGACTTCTCCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    148 ACACTCCTGGATGCCAACCCCATGGAGAACCCAGCACTGTTTAATGACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115017 ACACTCCTGGATGCCAACCCCATGGAGAACCCAGCACTGTTTAATGACAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    198 CAAGATTGAGCCCCCAGAAGAACTTTTGGCTAGTGATTTCAGCCTGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115067 CAAGATTGAGCCCCCAGAAGAACTTTTGGCTAGTGATTTCAGCCTGCCCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    248 AAGTGGAACCAGTTGACCTCTCCTTTCACAAGCCCAAGGCTCCTCTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115117 AAGTGGAACCAGTTGACCTCTCCTTTCACAAGCCCAAGGCTCCTCTCCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    298 CCTGCTAGCATGCTACAAGCTCCAATACGTCCCCCCAAGCCACAGTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115167 CCTGCTAGCATGCTACAAGCTCCAATACGTCCCCCCAAGCCACAGTCTTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    348 TCCCCAGACCCTTGTGGTGTCCACGTCAACATCTGACATGAGCACTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115217 TCCCCAGACCCTTGTGGTGTCCACGTCAACATCTGACATGAGCACTTCAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    398 CAAACATTCCTACTGTTCTGACCCCAGGCTCTGTCCTGACCTCCTCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115267 CAAACATTCCTACTGTTCTGACCCCAGGCTCTGTCCTGACCTCCTCTCAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    448 AGCACTGGTAGCCAGCAGATCTTACATGTCATTCACACTATCCCCTCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115317 AGCACTGGTAGCCAGCAGATCTTACATGTCATTCACACTATCCCCTCAGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    498 CAGTCTGCCAAATAAGATGGGTGGCCTGAAGACCATCCCAGTGGTAGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115367 CAGTCTGCCAAATAAGATGGGTGGCCTGAAGACCATCCCAGTGGTAGTGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    548 AGTCTCTGCCCATGGTGTATACTACTTTGCCTGCAGATGGGGGCCCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115417 AGTCTCTGCCCATGGTGTATACTACTTTGCCTGCAGATGGGGGCCCTGCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    598 GCCATTACAGTCCCACTCATTGGAGGAGATGGTAAAAATGCTGGATCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 115467 GCCATTACAGTCCCACTCATTGGAGGAGATGGTAAAAATGCTGGATCAGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647         TGAAAGTTGACCCCACCTCCATGTCTCCACTGGAAATTCCAA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115517 TA...TAGTGAAAGTTGACCCCACCTCCATGTCTCCACTGGAAATTCCAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    689 GTGACAGTGAGGAGAGTACAATTGAGAGTGGATCCTCAGCCTTGCAGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119191 GTGACAGTGAGGAGAGTACAATTGAGAGTGGATCCTCAGCCTTGCAGAGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    739 CTGCAGGGACTACAGCAAGA         ACCAGCAGCAATGGCCCAAAT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 119241 CTGCAGGGACTACAGCAAGAGTG...CAGACCAGCAGCAATGGCCCAAAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    780 GCAGGGAGAAGAGTCGCTTGACTTGAAGAGAAGACGGATTCACCAATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119974 GCAGGGAGAAGAGTCGCTTGACTTGAAGAGAAGACGGATTCACCAATGTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    830 ACTTTGCAGGATGCAGCAAAGTGTACACCAAAAGCTCTCACCTGAAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120024 ACTTTGCAGGATGCAGCAAAGTGTACACCAAAAGCTCTCACCTGAAAGCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    880 CACCGCAGAATCCATACAG         GAGAGAAGCCTTATAAATGCAC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 120074 CACCGCAGAATCCATACAGGTC...TAGGAGAGAAGCCTTATAAATGCAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    921 CTGGGATGGCTGCTCCTGGAAATTTGCTCGCTCAGATGAGCTCACTCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134106 CTGGGATGGCTGCTCCTGGAAATTTGCTCGCTCAGATGAGCTCACTCGCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    971 ATTTCCGCAAGCACACAGGCATCAAGCCTTTTCGGTGCACAGACTGCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134156 ATTTCCGCAAGCACACAGGCATCAAGCCTTTTCGGTGCACAGACTGCAAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1021 CGCAGCTTTTCTCGTTCTGACCACCTGTCCCTGCATCGCCGTCGCCATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134206 CGCAGCTTTTCTCGTTCTGACCACCTGTCCCTGCATCGCCGTCGCCATGA

   1100     .
   1071 CACCATG
        |||||||
 134256 CACCATG