seq1 = pF1KE0925.tfa, 984 bp
seq2 = pF1KE0925/gi568815597r_192916354.tfa (gi568815597r:192916354_193159260), 242907 bp

>pF1KE0925 984
>gi568815597r:192916354_193159260 (Chr1)

(complement)

1-76  (100001-100076)   100% ->
77-140  (107444-107507)   100% ->
141-246  (109410-109515)   100% ->
247-372  (129604-129729)   100% ->
373-434  (129812-129873)   100% ->
435-565  (129952-130082)   100% ->
566-629  (131113-131176)   100% ->
630-732  (135315-135417)   100% ->
733-843  (136225-136335)   100% ->
844-942  (138066-138164)   100% ->
943-984  (142866-142907)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACGGGCAATGCCGGGGAGTGGTGCCTCATGGAAAGCGACCCCGGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACGGGCAATGCCGGGGAGTGGTGCCTCATGGAAAGCGACCCCGGGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTTCACCGAGCTCATTAAAGGATTCG         GTTGCCGAGGAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100051 CTTCACCGAGCTCATTAAAGGATTCGGTG...CAGGTTGCCGAGGAGCCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AAGTAGAAGAAATATGGAGTTTAGAGCCTGAGAATTTTGAAAAATTAAA 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 107459 AAGTAGAAGAAATATGGAGTTTAGAGCCTGAGAATTTTGAAAAATTAAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    141         GCCAGTTCATGGGTTAATTTTTCTTTTCAAGTGGCAGCCAGG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107509 TA...TAGGCCAGTTCATGGGTTAATTTTTCTTTTCAAGTGGCAGCCAGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AGAAGAACCAGCAGGCTCTGTGGTTCAGGACTCCCGACTTGACACGATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109452 AGAAGAACCAGCAGGCTCTGTGGTTCAGGACTCCCGACTTGACACGATAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TTTTTGCTAAGCAG         GTAATTAATAATGCTTGTGCTACTCAA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 109502 TTTTTGCTAAGCAGGTA...TAGGTAATTAATAATGCTTGTGCTACTCAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GCCATAGTGAGTGTGTTACTGAACTGTACCCACCAGGATGTCCATTTAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129631 GCCATAGTGAGTGTGTTACTGAACTGTACCCACCAGGATGTCCATTTAGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CGAGACATTATCAGAGTTTAAAGAATTTTCACAAAGTTTTGATGCAGCT 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 129681 CGAGACATTATCAGAGTTTAAAGAATTTTCACAAAGTTTTGATGCAGCTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    373         ATGAAAGGCTTGGCACTGAGCAATTCAGATGTGATTCGACAA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129731 TG...TAGATGAAAGGCTTGGCACTGAGCAATTCAGATGTGATTCGACAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GTACACAACAGTTTCGCCAG         ACAGCAAATGTTTGAATTTGA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 129854 GTACACAACAGTTTCGCCAGGTA...TAGACAGCAAATGTTTGAATTTGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 TACGAAGACATCAGCAAAAGAAGAAGATGCTTTTCACTTTGTCAGTTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129973 TACGAAGACATCAGCAAAAGAAGAAGATGCTTTTCACTTTGTCAGTTATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TTCCTGTTAATGGGAGACTGTATGAATTAGATGGATTAAGAGAAGGACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130023 TTCCTGTTAATGGGAGACTGTATGAATTAGATGGATTAAGAGAAGGACCG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 ATTGATTTAG         GTGCATGCAATCAAGATGATTGGATCAGTGC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 130073 ATTGATTTAGGTA...TAGGTGCATGCAATCAAGATGATTGGATCAGTGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 AGTAAGGCCTGTCATAGAAAAAAGGATACAAAA         GTACAGTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 131144 AGTAAGGCCTGTCATAGAAAAAAGGATACAAAAGTA...TAGGTACAGTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 AAGGTGAAATTCGATTTAATTTAATGGCCATTGTGTCTGACAGAAAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135323 AAGGTGAAATTCGATTTAATTTAATGGCCATTGTGTCTGACAGAAAAATG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 ATATATGAGCAGAAGATAGCAGAGTTACAAAGACAACTTGCAGAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 135373 ATATATGAGCAGAAGATAGCAGAGTTACAAAGACAACTTGCAGAGGTT..

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733     GAACCCATGGATACAGATCAAGGTAATAGTATGTTAAGTGCTATTC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135423 .GAGGAACCCATGGATACAGATCAAGGTAATAGTATGTTAAGTGCTATTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 AGTCAGAAGTTGCCAAAAATCAGATGCTTATTGAAGAAGAAGTACAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136271 AGTCAGAAGTTGCCAAAAATCAGATGCTTATTGAAGAAGAAGTACAGAAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 TTAAAAAGATACAAG         ATTGAGAATATCAGAAGGAAGCATAA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 136321 TTAAAAAGATACAAGGTA...CAGATTGAGAATATCAGAAGGAAGCATAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 TTATCTGCCTTTCATTATGGAATTGTTAAAGACTTTAGCAGAACACCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138092 TTATCTGCCTTTCATTATGGAATTGTTAAAGACTTTAGCAGAACACCAGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 AGTTAATACCACTAGTAGAAAAG         GCAAAAGAAAAACAGAAC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 138142 AGTTAATACCACTAGTAGAAAAGGTA...TAGGCAAAAGAAAAACAGAAC

   1050     .    :    .    :
    961 GCAAAGAAAGCTCAGGAAACCAAA
        ||||||||||||||||||||||||
 142884 GCAAAGAAAGCTCAGGAAACCAAA