seq1 = pF1KE0916.tfa, 861 bp
seq2 = pF1KE0916/gi568815578r_57552056.tfa (gi568815578r:57552056_57809536), 257481 bp

>pF1KE0916 861
>gi568815578r:57552056_57809536 (Chr20)

(complement)

1-109  (99955-100063)   100% ->
110-264  (149840-149994)   100% ->
265-318  (156451-156504)   100% ->
319-861  (156939-157481)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCACCGCTTGATGGGGGTCAACAGCACCGCCGCCGCCGCCGCCGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99955 ATGCACCGCTTGATGGGGGTCAACAGCACCGCCGCCGCCGCCGCCGGGCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCCCAATGTCTCCTGCACGTGCAACTGCAAACGCTCTTTGTTCCAGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100005 GCCCAATGTCTCCTGCACGTGCAACTGCAAACGCTCTTTGTTCCAGAGCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGAGATCA         CGGAGCTGGAGTTTGTTCAGATCATCATCATC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 100055 TGGAGATCAGTG...CAGCGGAGCTGGAGTTTGTTCAGATCATCATCATC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GTGGTGGTGATGATGGTGATGGTGGTGGTGATCACGTGCCTGCTGAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149872 GTGGTGGTGATGATGGTGATGGTGGTGGTGATCACGTGCCTGCTGAGCCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTACAAGCTGTCTGCACGGTCCTTCATCAGCCGGCACAGCCAGGGGCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149922 CTACAAGCTGTCTGCACGGTCCTTCATCAGCCGGCACAGCCAGGGGCGGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GGAGAGAAGATGCCCTGTCCTCA         GAAGGATGCCTGTGGCCC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 149972 GGAGAGAAGATGCCCTGTCCTCAGTA...CAGGAAGGATGCCTGTGGCCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TCGGAGAGCACAGTGTCAGGCAACGGAATCCCAGAG         CCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 156469 TCGGAGAGCACAGTGTCAGGCAACGGAATCCCAGAGGTG...CAGCCGCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GGTCTACGCCCCGCCTCGGCCCACCGACCGCCTGGCCGTGCCGCCCTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156944 GGTCTACGCCCCGCCTCGGCCCACCGACCGCCTGGCCGTGCCGCCCTTCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CCCAGCGGGAGCGCTTCCACCGCTTCCAGCCCACCTATCCGTACCTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156994 CCCAGCGGGAGCGCTTCCACCGCTTCCAGCCCACCTATCCGTACCTGCAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CACGAGATCGACCTGCCGCCCACCATCTCGCTGTCAGACGGGGAGGAGCC
        ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
 157044 CACGAGATCGACCTGCCACCCACCATCTCGCTGTCAGACGGGGAGGAGCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CCCACCCTACCAGGGCCCCTGCACCCTCCAGCTTCGGGACCCCGAGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157094 CCCACCCTACCAGGGCCCCTGCACCCTCCAGCTTCGGGACCCCGAGCAGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AGCTGGAACTGAACCGGGAGTCGGTGCGCGCACCCCCAAACAGAACCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157144 AGCTGGAACTGAACCGGGAGTCGGTGCGCGCACCCCCAAACAGAACCATC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TTCGACAGTGACCTGATGGATAGTGCCAGGCTGGGCGGCCCCTGCCCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157194 TTCGACAGTGACCTGATGGATAGTGCCAGGCTGGGCGGCCCCTGCCCCCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CAGCAGTAACTCGGGCATCAGCGCCACGTGCTACGGCAGCGGCGGGCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157244 CAGCAGTAACTCGGGCATCAGCGCCACGTGCTACGGCAGCGGCGGGCGCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TGGAGGGGCCGCCGCCCACCTACAGCGAGGTCATCGGCCACTACCCGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157294 TGGAGGGGCCGCCGCCCACCTACAGCGAGGTCATCGGCCACTACCCGGGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 TCCTCCTTCCAGCACCAGCAGAGCAGTGGGCCGCCCTCCTTGCTGGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157344 TCCTCCTTCCAGCACCAGCAGAGCAGTGGGCCGCCCTCCTTGCTGGAGGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 GACCCGGCTCCACCACACACACATCGCGCCCCTAGAGAGCGCAGCCATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157394 GACCCGGCTCCACCACACACACATCGCGCCCCTAGAGAGCGCAGCCATCT

    850     .    :    .    :    .    :    .
    824 GGAGCAAAGAGAAGGATAAACAGAAAGGACACCCTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157444 GGAGCAAAGAGAAGGATAAACAGAAAGGACACCCTCTC