seq1 = pF1KE0913.tfa, 762 bp
seq2 = pF1KE0913/gi568815592f_32339951.tfa (gi568815592f:32339951_32543907), 203957 bp

>pF1KE0913 762
>gi568815592f:32339951_32543907 (Chr6)

1-82  (100001-100082)   100% ->
83-328  (102498-102743)   100% ->
329-610  (103235-103516)   99% ->
611-762  (103806-103957)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCATAAGTGGAGTCCCTGTGCTAGGATTTTTCATCATAGCTGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCATAAGTGGAGTCCCTGTGCTAGGATTTTTCATCATAGCTGTGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GATGAGCGCTCAGGAATCATGGGCTATCAAAG         AAGAACATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 100051 GATGAGCGCTCAGGAATCATGGGCTATCAAAGGTA...CAGAAGAACATG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGATCATCCAGGCCGAGTTCTATCTGAATCCTGACCAATCAGGCGAGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102507 TGATCATCCAGGCCGAGTTCTATCTGAATCCTGACCAATCAGGCGAGTTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATGTTTGACTTTGATGGTGATGAGATTTTCCATGTGGATATGGCAAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102557 ATGTTTGACTTTGATGGTGATGAGATTTTCCATGTGGATATGGCAAAGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGAGACGGTCTGGCGGCTTGAAGAATTTGGACGATTTGCCAGCTTTGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102607 GGAGACGGTCTGGCGGCTTGAAGAATTTGGACGATTTGCCAGCTTTGAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CTCAAGGTGCATTGGCCAACATAGCTGTGGACAAAGCCAACCTGGAAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102657 CTCAAGGTGCATTGGCCAACATAGCTGTGGACAAAGCCAACCTGGAAATC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ATGACAAAGCGCTCCAACTATACTCCGATCACCAATG         TACC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 102707 ATGACAAAGCGCTCCAACTATACTCCGATCACCAATGGTA...CAGTACC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TCCAGAGGTAACTGTGCTCACGAACAGCCCTGTGGAACTGAGAGAGCCCA
        ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
 103239 TCCAGAGGTAACTGTGCTCACAAACAGCCCTGTGGAACTGAGAGAGCCCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ACGTCCTCATCTGTTTCATCGACAAGTTCACCCCACCAGTGGTCAATGTC
        ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
 103289 ACGTCCTCATCTGTTTCATAGACAAGTTCACCCCACCAGTGGTCAATGTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 ACGTGGCTTCGAAATGGAAAACCTGTCACCACAGGAGTGTCAGAGACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103339 ACGTGGCTTCGAAATGGAAAACCTGTCACCACAGGAGTGTCAGAGACAGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CTTCCTGCCCAGGGAAGACCACCTTTTCCGCAAGTTCCACTATCTCCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103389 CTTCCTGCCCAGGGAAGACCACCTTTTCCGCAAGTTCCACTATCTCCCCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TCCTGCCCTCAACTGAGGACGTTTACGACTGCAGGGTGGAGCACTGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103439 TCCTGCCCTCAACTGAGGACGTTTACGACTGCAGGGTGGAGCACTGGGGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 TTGGATGAGCCTCTTCTCAAGCACTGGG         AGTTTGATGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 103489 TTGGATGAGCCTCTTCTCAAGCACTGGGGTA...CAGAGTTTGATGCTCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 AAGCCCTCTCCCAGAGACTACAGAGAACGTGGTGTGTGCCCTGGGCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103819 AAGCCCTCTCCCAGAGACTACAGAGAACGTGGTGTGTGCCCTGGGCCTGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 CTGTGGGTCTGGTGGGCATCATTATTGGGACCATCTTCATCATCAAGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103869 CTGTGGGTCTGGTGGGCATCATTATTGGGACCATCTTCATCATCAAGGGA

    750     .    :    .    :    .    :    .
    724 TTGCGCAAAAGCAATGCAGCAGAACGCAGGGGGCCTCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103919 TTGCGCAAAAGCAATGCAGCAGAACGCAGGGGGCCTCTG