seq1 = pF1KE0910.tfa, 693 bp
seq2 = pF1KE0910/gi568815592f_2910023.tfa (gi568815592f:2910023_3119652), 209630 bp

>pF1KE0910 693
>gi568815592f:2910023_3119652 (Chr6)

1-172  (99997-100167)   97% ->
173-303  (102522-102652)   100% ->
304-417  (105508-105621)   100% ->
418-519  (106862-106963)   100% ->
520-693  (109457-109630)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAGGTAAGAAAGTACTCATTGTCTATGCACACCAGGAACCCAAGTC
        ||  -|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99997 ATTT AGGTAAGAAAGTACTCATTGTCTATGCACACCAGGAACCCAAGTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTTCAACGGATCCTTGAAGAATGTGGCTGTAGATGAACTGAGCAGGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100046 TTTCAACGGATCCTTGAAGAATGTGGCTGTAGATGAACTGAGCAGGCAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCTGCACCGTCACAGTGTCTGATTTGTATGCCATGAACTTTGAGCCGAGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
 100096 GCTGCACCGTCACAGTGTCTGATTTGTATGCCATGAACCTTGAGCCGAGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCCACAGACAAAGATATCACTG         GTACTCTTTCTAATCCTGA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 100146 GCCACAGACAAAGATATCACTGGTG...CAGGTACTCTTTCTAATCCTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGTTTTCAATTATGGAGTGGAAACCCACGAAGCCTACAAGCAAAGGTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102541 GGTTTTCAATTATGGAGTGGAAACCCACGAAGCCTACAAGCAAAGGTCTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGGCTAGCGACATCACTGATGAGCAGAAAAAGGTTCGGGAGGCTGACCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102591 TGGCTAGCGACATCACTGATGAGCAGAAAAAGGTTCGGGAGGCTGACCTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GTGATATTTCAG         TTCCCGCTGTACTGGTTCAGCGTGCCAGC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 102641 GTGATATTTCAGGTT...CAGTTCCCGCTGTACTGGTTCAGCGTGCCAGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CATCCTGAAGGGCTGGATGGATAGGGTGCTGTGCCAGGGCTTTGCCTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105537 CATCCTGAAGGGCTGGATGGATAGGGTGCTGTGCCAGGGCTTTGCCTTTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ACATCCCAGGATTCTACGATTCCGGTTTGCTCCAG         GGTAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 105587 ACATCCCAGGATTCTACGATTCCGGTTTGCTCCAGGTA...CAGGGTAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CTAGCGCTCCTTTCCGTAACCACGGGAGGCACGGCCGAGATGTACACGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106868 CTAGCGCTCCTTTCCGTAACCACGGGAGGCACGGCCGAGATGTACACGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GACAGGAGTCAATGGAGATTCTCGATACTTCCTGTGGCCACTCCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 106918 GACAGGAGTCAATGGAGATTCTCGATACTTCCTGTGGCCACTCCAGGTA.

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    520      CATGGCACATTACACTTCTGTGGATTTAAAGTCCTTGCCCCTCAG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106968 ..TAGCATGGCACATTACACTTCTGTGGATTTAAAGTCCTTGCCCCTCAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ATCAGCTTTGCTCCTGAAATTGCATCCGAAGAAGAAAGAAAGGGGATGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109502 ATCAGCTTTGCTCCTGAAATTGCATCCGAAGAAGAAAGAAAGGGGATGGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GGCTGCGTGGTCCCAGAGGCTGCAGACCATCTGGAAGGAAGAGCCCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109552 GGCTGCGTGGTCCCAGAGGCTGCAGACCATCTGGAAGGAAGAGCCCATCC

    700     .    :    .    :    .
    665 CCTGCACAGCCCACTGGCACTTCGGGCAA
        |||||||||||||||||||||||||||||
 109602 CCTGCACAGCCCACTGGCACTTCGGGCAA