seq1 = pF1KE0909.tfa, 675 bp
seq2 = pF1KE0909/gi568815582f_180681.tfa (gi568815582f:180681_382811), 202131 bp

>pF1KE0909 675
>gi568815582f:180681_382811 (Chr16)

1-73  (100001-100073)   100% ->
74-253  (101066-101245)   100% ->
254-337  (101345-101428)   100% ->
338-414  (101617-101693)   100% ->
415-478  (101787-101850)   100% ->
479-675  (101935-102131)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGGGCCTGGACGCGTGCGAGCTGGGGGCGCAGCTGCTGGAGCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTGGGCCTGGACGCGTGCGAGCTGGGGGCGCAGCTGCTGGAGCTGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCGGCTGGCGCTGTGCGCCCGAG         TCCTCCTGGCTGACAAGG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 100051 CCGGCTGGCGCTGTGCGCCCGAGGTG...CAGTCCTCCTGGCTGACAAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGGGTGGGCCGCCGGCAGTGGACGAGGTGTTGGATGAGGCTGTGCCCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101084 AGGGTGGGCCGCCGGCAGTGGACGAGGTGTTGGATGAGGCTGTGCCCGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TACCGGGCGCCGGGGAGGAAGAGCCTCTTGGAGATCCGGCAGCTGGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101134 TACCGGGCGCCGGGGAGGAAGAGCCTCTTGGAGATCCGGCAGCTGGACCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGACGACAGGAGCCTGGCCAAGTACAAGCGGGTGCTGCTGGGGCCCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101184 GGACGACAGGAGCCTGGCCAAGTACAAGCGGGTGCTGCTGGGGCCCCTGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CACCGGCCGTGG         ACCCAAGCCTGCCCAATGTGCAGGTGACC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 101234 CACCGGCCGTGGGTA...CAGACCCAAGCCTGCCCAATGTGCAGGTGACC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AGGCTGACACTCCTGTCGGAACAGGCTCCGGGGCCCGTCGTCATGGATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101374 AGGCTGACACTCCTGTCGGAACAGGCTCCGGGGCCCGTCGTCATGGATCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CACAG         GGGACCTGGCTGTTCTGAAGGACCAGGTGTTTGTCC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101424 CACAGGTA...TAGGGGACCTGGCTGTTCTGAAGGACCAGGTGTTTGTCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TGAAGGAAGGTGTTGATTACAGAGTGAAGATCTCCTTCAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 101653 TGAAGGAAGGTGTTGATTACAGAGTGAAGATCTCCTTCAAGGTG...CAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GTCCACAGGGAGATTGTCAGCGGCCTCAAGTGTCTGCACCACACCTACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101787 GTCCACAGGGAGATTGTCAGCGGCCTCAAGTGTCTGCACCACACCTACCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CCGGGGCCTGCGCG         TGGACAAGACCGTCTACATGGTGGGCA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 101837 CCGGGGCCTGCGCGGTG...TAGTGGACAAGACCGTCTACATGGTGGGCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 GCTATGGCCCGAGCGCCCAGGAGTATGAGTTTGTGACTCCGGTGGAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101962 GCTATGGCCCGAGCGCCCAGGAGTATGAGTTTGTGACTCCGGTGGAGGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GCGCCGAGGGGTGCGCTGGTGCGGGGCCCCTATCTGGTGGTGTCCCTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102012 GCGCCGAGGGGTGCGCTGGTGCGGGGCCCCTATCTGGTGGTGTCCCTCTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CACCGACGATGACAGGACGCACCACCTGTCCTGGGAGTGGGGTCTCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102062 CACCGACGATGACAGGACGCACCACCTGTCCTGGGAGTGGGGTCTCTGCA

    700     .    :    .    :
    656 TCTGCCAGGACTGGAAGGAC
        ||||||||||||||||||||
 102112 TCTGCCAGGACTGGAAGGAC