seq1 = pF1KE0906.tfa, 636 bp
seq2 = pF1KE0906/gi568815597r_43284453.tfa (gi568815597r:43284453_43486999), 202547 bp

>pF1KE0906 636
>gi568815597r:43284453_43486999 (Chr1)

(complement)

1-144  (100000-100142)   99% ->
145-226  (100330-100411)   100% ->
227-475  (100774-101022)   100% ->
476-536  (101894-101954)   100% ->
537-636  (102448-102547)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCGGCAGACTGAAGGACGGGTGCCTGTTTTCAGCCATGAGGTAGTCCC
        |-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100000 A GCGGCAGACTGAAGGACGGGTGCCTGTTTTCAGCCATGAGGTAGTCCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGACCATCTGAGAACCAAGCCTGACCCTGAAGTGGAAGAACAGGAGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100049 TGACCATCTGAGAACCAAGCCTGACCCTGAAGTGGAAGAACAGGAGAAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AACTGACGACAGATGCTGCCCGCATTGGTGCAGATGCAGCCCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 100099 AACTGACGACAGATGCTGCCCGCATTGGTGCAGATGCAGCCCAGGTT...

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    145    AAGCAGATCCAGAGCTTGAATAAAATGTGTTCAAACCTTCTGGAGAA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100327 CAGAAGCAGATCCAGAGCTTGAATAAAATGTGTTCAAACCTTCTGGAGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AATCAGCAAAGAGGAGCGAGAATCAGAGAGTGGAG         GTCTCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100377 AATCAGCAAAGAGGAGCGAGAATCAGAGAGTGGAGGTA...CAGGTCTCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GGCCGAACAAGCAGACCTTTAACCCTACAGACACTAATGCCTTGGTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100780 GGCCGAACAAGCAGACCTTTAACCCTACAGACACTAATGCCTTGGTGGCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GCTGTTGCCTTTGGGAAAGGACTATCTAATTGGAGACCTTCAGGCAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100830 GCTGTTGCCTTTGGGAAAGGACTATCTAATTGGAGACCTTCAGGCAGCAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGGTCCTGGCCAGGCAGGCCAGCCAGGAGCTGGGACGATCCTTGCAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100880 TGGTCCTGGCCAGGCAGGCCAGCCAGGAGCTGGGACGATCCTTGCAGGAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CCTCAGGATTACAGCAGGTGCAGATGGCAGGAGCTCCAAGCCAGCAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100930 CCTCAGGATTACAGCAGGTGCAGATGGCAGGAGCTCCAAGCCAGCAGCAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CCAATGCTCAGTGGGGTACAAATGGCTCAGGCAGGTCAACCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 100980 CCAATGCTCAGTGGGGTACAAATGGCTCAGGCAGGTCAACCAGGTA...C

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    476   GGAAAATGCCAAGTGGAATAAAAACCAACATCAAGTCGGCTTCCATGC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101892 AGGGAAAATGCCAAGTGGAATAAAAACCAACATCAAGTCGGCTTCCATGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ATCCCTACCAGCG         GCCCTCCTGCCTGGGTTTCATTCTGGCT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 101942 ATCCCTACCAGCGGTG...CAGGCCCTCCTGCCTGGGTTTCATTCTGGCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ATCCCTCTAAGGCGCAAGGTGAAGAAGCTTCTGGGCCAGGAAGGAAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102476 ATCCCTCTAAGGCGCAAGGTGAAGAAGCTTCTGGGCCAGGAAGGAAAAAA

    650     .    :    .    :
    615 AAATGCCCACCTGCAGCTCTGG
        ||||||||||||||||||||||
 102526 AAATGCCCACCTGCAGCTCTGG