seq1 = pF1KE0904.tfa, 1071 bp
seq2 = pF1KE0904/gi568815584r_72571139.tfa (gi568815584r:72571139_72871893), 300755 bp

>pF1KE0904 1071
>gi568815584r:72571139_72871893 (Chr14)

(complement)

25-193  (99994-100161)   98% ->
194-301  (118523-118630)   99% ->
302-429  (139960-140087)   100% ->
430-525  (148166-148261)   100% ->
526-604  (157393-157471)   98% ->
605-742  (178681-178818)   100% ->
743-871  (197526-197654)   100% ->
872-1071  (200556-200755)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     25 CTGAAAGCGCTCGGGGACCAGTTCTACAAGGAAGCCATTGAGCACTGCCG
        |||  ||-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99994 CTGGCAG GCTCGGGGACCAGTTCTACAAGGAAGCCATTGAGCACTGCCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     75 GAGTTACAACTCACGGCTGTGTGCAGAGCGCAGCGTGCGTCTTCCCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100043 GAGTTACAACTCACGGCTGTGTGCAGAGCGCAGCGTGCGTCTTCCCTTCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    125 TGGACTCACAGACTGGGGTGGCCCAGAACAACTGCTACATCTGGATGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100093 TGGACTCACAGACTGGGGTGGCCCAGAACAACTGCTACATCTGGATGGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    175 AAGAGGCACCGAGGCCCAG         GCCTTGCCCCGGGCCAGCTGTA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 100143 AAGAGGCACCGAGGCCCAGGTG...CAGGCCTTGCCCCGGGCCAGCTGTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    216 TACATACCCTGCCCGCTGCTGGCGCAAGAAGAGACGACTGCACCCACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
 118545 TACATACCCTGCCCGCTGCTGGCGCAAGAAGAGACGATTGCACCCACCTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    266 AAGATCCAAAACTGCGGCTGCTGGAGATAAAACCTG         AAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 118595 AAGATCCAAAACTGCGGCTGCTGGAGATAAAACCTGGTC...CAGAAGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    307 GAGCTTCCCCTGAAGAAGGATGGGTTCACCTCAGAGAGCACCACGCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139965 GAGCTTCCCCTGAAGAAGGATGGGTTCACCTCAGAGAGCACCACGCTGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    357 AGCCTTGCTCCGTGGCGAGGGGGTTGAGAAGAAGGTGGATGCCAGGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140015 AGCCTTGCTCCGTGGCGAGGGGGTTGAGAAGAAGGTGGATGCCAGGGAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    407 AGGAAAGCATCCAGGAAATACAG         AGGGTTTTGGAAAATGAT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 140065 AGGAAAGCATCCAGGAAATACAGGTA...CAGAGGGTTTTGGAAAATGAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    448 GAAAATGTAGAAGAAGGGAATGAAGAAGAGGATTTGGAAGAGGATATTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148184 GAAAATGTAGAAGAAGGGAATGAAGAAGAGGATTTGGAAGAGGATATTCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    498 CAAGCGAAAGAACAGGACTAGAGGACGG         GCTCACGGCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||| ||||||||
 148234 CAAGCGAAAGAACAGGACTAGAGGACGGGTA...CAGGCTCGCGGCTCTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    539 CAGGGGGCAGGAGGAGGCACGACGCCGCCTCTCAGGAAGACCACGACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157406 CAGGGGGCAGGAGGAGGCACGACGCCGCCTCTCAGGAAGACCACGACAAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    589 CCTTACGTCTGTGACA         TCTGTGGCAAGCGCTACAAGAACCG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 157456 CCTTACGTCTGTGACAGTA...TAGTCTGTGGCAAGCGCTACAAGAACCG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    630 ACCGGGGCTCAGCTACCACTATGCTCACACTCACCTGGCCAGCGAGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178706 ACCGGGGCTCAGCTACCACTATGCTCACACTCACCTGGCCAGCGAGGAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    680 GGGATGAAGCTCAAGACCAGGAGACTCGGTCCCCACCCAACCACAGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178756 GGGATGAAGCTCAAGACCAGGAGACTCGGTCCCCACCCAACCACAGAAAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    730 GAGAACCACAGGC         CCCAGAAAGGACCGGATGGAACAGTCAT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 178806 GAGAACCACAGGCGTG...CAGCCCAGAAAGGACCGGATGGAACAGTCAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    771 TCCCAATAACTACTGTGACTTCTGCTTGGGGGGCTCCAACATGAACAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 197554 TCCCAATAACTACTGTGACTTCTGCTTGGGGGGCTCCAACATGAACAAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    821 AGAGTGGGCGGCCTGAAGAGCTGGTGTCCTGCGCAGACTGTGGACGCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 197604 AGAGTGGGCGGCCTGAAGAGCTGGTGTCCTGCGCAGACTGTGGACGCTCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    871 G         CTCATTTGGGAGGAGAAGGCAGGAAGGAGAAGGAGGCAGC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 197654 GGTG...CAGCTCATTTGGGAGGAGAAGGCAGGAAGGAGAAGGAGGCAGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    912 GGCCGCAGCACGTACCACGGAGGACTTATTCGGTTCCACGTCAGAAAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200596 GGCCGCAGCACGTACCACGGAGGACTTATTCGGTTCCACGTCAGAAAGTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    962 ACACGTCAACTTTCCGCGGCTTTGATGAGGACGATTTGGAAGAGCCTCGC
        ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200646 ACACGTCAACTTTCCACGGCTTTGATGAGGACGATTTGGAAGAGCCTCGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1012 TCCTGTCGAGGACGCCGCAGTGGCCGGGGTTCGCCCACAGCAGATAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200696 TCCTGTCGAGGACGCCGCAGTGGCCGGGGTTCGCCCACAGCAGATAAAAA

   1100     .    :
   1062 GGGCAGTTGC
        ||||||||||
 200746 GGGCAGTTGC