seq1 = pF1KE0903.tfa, 504 bp
seq2 = pF1KE0903/gi568815590r_98622817.tfa (gi568815590r:98622817_98874821), 252005 bp

>pF1KE0903 504
>gi568815590r:98622817_98874821 (Chr8)

(complement)

1-26  (49282-49307)   100% ->
27-107  (100003-100083)   100% ->
108-236  (107451-107579)   100% ->
237-351  (125432-125546)   100% ->
352-504  (151853-152005)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGCAGCCGCCGGCGCCTAAGAG         TAAACTAAAAAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
  49282 ATGGAGCAGCCGCCGGCGCCTAAGAGGTA...CAGTAAACTAAAAAAGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GAGTGAAGACAGTTTGACTAAGCAGCCTGAAGAAGTTTTTGATGTATTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100018 GAGTGAAGACAGTTTGACTAAGCAGCCTGAAGAAGTTTTTGATGTATTAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGAAGCTTGGAGAAGG         GTCTTATGGAAGTGTATTTAAAGCA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 100068 AGAAGCTTGGAGAAGGGTA...TAGGTCTTATGGAAGTGTATTTAAAGCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 ATACACAAGGAATCCGGTCAAGTTGTCGCAATTAAACAAGTACCTGTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107476 ATACACAAGGAATCCGGTCAAGTTGTCGCAATTAAACAAGTACCTGTTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 ATCAGATCTTCAGGAAATAATCAAAGAAATTTCCATAATGCAGCAATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107526 ATCAGATCTTCAGGAAATAATCAAAGAAATTTCCATAATGCAGCAATGTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ACAG         CCCATATGTTGTAAAGTACTATGGCAGTTATTTTAAG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107576 ACAGGTA...TAGCCCATATGTTGTAAAGTACTATGGCAGTTATTTTAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 AATACAGACCTCTGGATTGTTATGGAGTACTGTGGCGCTGGCTCTGTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125469 AATACAGACCTCTGGATTGTTATGGAGTACTGTGGCGCTGGCTCTGTCTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AGACATAATTAGATTACGAAACAAGACA         GGATTCTTAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 125519 AGACATAATTAGATTACGAAACAAGACAGTA...AAGGGATTCTTAACAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 ATACCACTGAAGGAAGTGCTAGCTGTGATTTGAGAATGGATCTAACGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151866 ATACCACTGAAGGAAGTGCTAGCTGTGATTTGAGAATGGATCTAACGCTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TTCCATCTTGGAGCTGAATTCTTACATTACCTTCTTCTATATGAAGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151916 TTCCATCTTGGAGCTGAATTCTTACATTACCTTCTTCTATATGAAGCAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TCCTCTCTCATGTGTTTTCTCCCTCTTGGTGTTTTCAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151966 TCCTCTCTCATGTGTTTTCTCCCTCTTGGTGTTTTCAGTA