seq1 = pF1KE0891.tfa, 948 bp
seq2 = pF1KE0891/gi568815589f_122700123.tfa (gi568815589f:122700123_122901070), 200948 bp

>pF1KE0891 948
>gi568815589f:122700123_122901070 (Chr9)

1-948  (100001-100948)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGGCTGCCAATGAGTCTTCAGAGGGAATCTCATTCGTTTTATTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGGCTGCCAATGAGTCTTCAGAGGGAATCTCATTCGTTTTATTGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ACTGACAACAAGTCCTGGACAGCAGCGGCCTCTCTTTGTGCTGTTCTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ACTGACAACAAGTCCTGGACAGCAGCGGCCTCTCTTTGTGCTGTTCTTGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCTTGTATGTGGCCAGCCTCCTGGGTAATGGACTCATTGTGGCTGCCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCTTGTATGTGGCCAGCCTCCTGGGTAATGGACTCATTGTGGCTGCCATC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CAGGCCAGTCCAGCCCTTCATGCACCCATGTACTTCCTGCTGGCCCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CAGGCCAGTCCAGCCCTTCATGCACCCATGTACTTCCTGCTGGCCCACCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GTCCTTTGCTGACCTCTGCTTCGCCTCCGTCACTGTGCCCAAGATGTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GTCCTTTGCTGACCTCTGCTTCGCCTCCGTCACTGTGCCCAAGATGTTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCAACTTGTTGGCCCATGACCACTCCATCTCGCTGGCTGGCTGCCTGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CCAACTTGTTGGCCCATGACCACTCCATCTCGCTGGCTGGCTGCCTGACC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CAAATGTACTTCTTCTTTGCCCTGGGGGTAACTGATAGCTGTCTTCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CAAATGTACTTCTTCTTTGCCCTGGGGGTAACTGATAGCTGTCTTCTGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GGCCATGGCCTATGACTGCTACGTGGCCATCCGGCACCCCCTCCCCTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GGCCATGGCCTATGACTGCTACGTGGCCATCCGGCACCCCCTCCCCTATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CCACGAGGATGTCCCGGGCCATGTGCGCAGCCCTGGTGGGAATGGCATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CCACGAGGATGTCCCGGGCCATGTGCGCAGCCCTGGTGGGAATGGCATGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CTGGTGTCCCACGTCCACTCCCTCCTGTATATCCTGCTCATGGCTCGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CTGGTGTCCCACGTCCACTCCCTCCTGTATATCCTGCTCATGGCTCGCTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GTCCTTCTGTGCTTCCCACCAAGTGCCCCACTTCTTCTGTGACCACCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GTCCTTCTGTGCTTCCCACCAAGTGCCCCACTTCTTCTGTGACCACCAGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CTCTCTTAAGGCTCTCGTGCTCTGACACCCACCACATCCAGCTGCTCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CTCTCTTAAGGCTCTCGTGCTCTGACACCCACCACATCCAGCTGCTCATC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 TTCACCGAGGGCGCCGCAGTGGTGGTCACTCCCTTCCTGCTCATCCTCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 TTCACCGAGGGCGCCGCAGTGGTGGTCACTCCCTTCCTGCTCATCCTCGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CTCCTATGGGGCCATCGCAGCTGCCGTGCTCCAGCTGCCCTCAGCCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CTCCTATGGGGCCATCGCAGCTGCCGTGCTCCAGCTGCCCTCAGCCTCTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 GGAGGCTCCGGGCTGTGTCCACCTGTGGCTCCCACCTGGCTGTGGTGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 GGAGGCTCCGGGCTGTGTCCACCTGTGGCTCCCACCTGGCTGTGGTGAGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CTCTTCTATGGGACAGTCATTGCAGTCTACTTCCAGGCCACATCCCGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 CTCTTCTATGGGACAGTCATTGCAGTCTACTTCCAGGCCACATCCCGACG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CGAGGCAGAGTGGGGCCGTGTGGCCACTGTCATGTACACTGTAGTCACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CGAGGCAGAGTGGGGCCGTGTGGCCACTGTCATGTACACTGTAGTCACCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 CCATGCTGAACCCCATCATCTACAGCCTCTGGAATCGCGATGTACAGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 CCATGCTGAACCCCATCATCTACAGCCTCTGGAATCGCGATGTACAGGGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    901 GCACTCCGAGCCCTTCTCATTGGGCGAAGGATCTCAGCTAGTGACTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 GCACTCCGAGCCCTTCTCATTGGGCGAAGGATCTCAGCTAGTGACTCC