seq1 = pF1KE0877.tfa, 957 bp
seq2 = pF1KE0877/gi568815589f_104404263.tfa (gi568815589f:104404263_104605219), 200957 bp

>pF1KE0877 957
>gi568815589f:104404263_104605219 (Chr9)

1-957  (100001-100957)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTTCCCGGCAAATTGGACATCTGTAAAAGTATTTTTCTTCCTGGGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTTCCCGGCAAATTGGACATCTGTAAAAGTATTTTTCTTCCTGGGATT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTCTCACTACCCCAAAGTTCAGGTCATCATATTTGCGGTGTGCTTGCTGA
        || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TTTTCACTACCCCAAAGTTCAGGTCATCATATTTGCGGTGTGCTTGCTGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGTACCTGATCACCTTGCTGGGCAACATTTTTCTGATCTCCATCACCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGTACCTGATCACCTTGCTGGGCAACATTTTTCTGATCTCCATCACCATT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTAGATTCCCACCTGCACACCCCTATGTACCTCTTCCTCAGCAATCTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTAGATTCCCACCTGCACACCCCTATGTACCTCTTCCTCAGCAATCTCTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CTTTCTGGACATCTGGTACTCCTCTTCTGCGCTCTCTCCAATGCTGGCAA
        |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
 100201 CTTTCTGGACATCTGGTACTCCTCTTCTGCCCTCTCTCCAATGCTGGCAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ACTTTGTTTCAGGGAGAAACACTATTTCATTCTCAGGGTGCGCCACTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ACTTTGTTTCAGGGAGAAACACTATTTCATTCTCAGGGTGCGCCACTCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GTGTACCTCTCCCTTGCCATGGGCTCCACTGAGTGTGTGCTCCTGCCCAT
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 ATGTACCTCTCCCTTGCCATGGGCTCCACTGAGTGTGTGCTCCTGCCCAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GATGGCATATGACCGGTATGTGGCCATCTGCAACCCCCTGAGATACCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
 100351 GATGGCATATGACCGGTATGTGGCCATCTGCAACCCCCTGAGATACCCTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TCATCATGAATAGGAGAACCTGTGTGCAGATTGCAGCTGGCTCCTGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TCATCATGAATAGGAGAACCTGTGTGCAGATTGCAGCTGGCTCCTGGATG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 ACAGGCTGTCTCACTGCCATGGTGGAAATGATGTCTGTGCTGCCACTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 ACAGGCTGTCTCACTGCCATGGTGGAAATGATGTCTGTGCTGCCACTGTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TCTCTGTGGTAATAGCATCATCAATCATTTCACTTGTGAAATTCTGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TCTCTGTGGTAATAGCATCATCAATCATTTCACTTGTGAAATTCTGGCCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TCTTGAAATTGGTTTGTGTGGACACCTCCCTGGTGCAGTTAATCATGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TCTTGAAATTGGTTTGTGTGGACACCTCCCTGGTGCAGTTAATCATGCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GTGATCAGTGTACTTCTTCTCCCCATGCCAATGCTACTCATTTGTATCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GTGATCAGTGTACTTCTTCTCCCCATGCCAATGCTACTCATTTGTATCTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TTATGCATTTATCCTCGCCAGTATCCTGAGAATCAGCTCAGTGGAAGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 TTATGCATTTATCCTCGCCAGTATCCTGAGAATCAGCTCAGTGGAAGGTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 GAAGTAAAGCCTTTTCAACGTGCACAGCCCACCTGATGGTGGTAGTTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 GAAGTAAAGCCTTTTCAACGTGCACAGCCCACCTGATGGTGGTAGTTTTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TTCTATGGGATGGCTCTCTCCATGCACCTGAAGCCCTCCGCTGTAGATTC
        |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 TTCTATGGGACGGCTCTCTCCATGCACCTGAAGCCCTCCGCTGTAGATTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 ACAGGAAATAGACAAATTTATGGCTTTGGTGTATGCCGGACAAACCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 ACAGGAAATAGACAAATTTATGGCTTTGGTGTATGCCGGACAAACCCCCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TGTTGAATCCTATCATCTATAGTCTACGGAACAAAGAGGTGAAAGTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TGTTGAATCCTATCATCTATAGTCTACGGAACAAAGAGGTGAAAGTGGCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 TTGAAAAAATTGCTGATTAGAAATCATTTTAATACTGCCTTCATTTCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 TTGAAAAAATTGCTGATTAGAAATCATTTTAATACTGCCTTCATTTCCAT

    950     .
    951 CCTCAAA
        |||||||
 100951 CCTCAAA