seq1 = pF1KE0870.tfa, 939 bp
seq2 = pF1KE0870/gi568815597f_158506439.tfa (gi568815597f:158506439_158707377), 200939 bp

>pF1KE0870 939
>gi568815597f:158506439_158707377 (Chr1)

1-939  (100001-100939)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGCAGACCAACGTAACCTCCTGGAGGGATTTTGTCTTCCTGGGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGGCAGACCAACGTAACCTCCTGGAGGGATTTTGTCTTCCTGGGCTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTCCAGTTCTGGGGAGTTGCAGCTCCTTCTCTTTGCCTTGTTCCTCTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTCCAGTTCTGGGGAGTTGCAGCTCCTTCTCTTTGCCTTGTTCCTCTCTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGTATCTAGTCACTCTGACCAGCAATGTCTTCATTATCATAGCCATCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGTATCTAGTCACTCTGACCAGCAATGTCTTCATTATCATAGCCATCAGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTGGATAGCCATCTGCACACCCCCATGTACCTCTTCCTTTCCTTCCTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTGGATAGCCATCTGCACACCCCCATGTACCTCTTCCTTTCCTTCCTATC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CTTCTCTGAGACCTGCTACACTTTGGGCATCATCCCTAGAATGCTCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CTTCTCTGAGACCTGCTACACTTTGGGCATCATCCCTAGAATGCTCTCTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GCCTGGCTGGGGGGGACCAGGCTATCTCCTATGTGGGCTGTGCTGCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GCCTGGCTGGGGGGGACCAGGCTATCTCCTATGTGGGCTGTGCTGCCCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ATGTTCTTTTCTGCCTCATGGGCCTGTACTAACTGCTTCCTTCTGGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 ATGTTCTTTTCTGCCTCATGGGCCTGTACTAACTGCTTCCTTCTGGCTGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CATGGGCTTTGACAGATATGTGGCCATCTGTGCTCCACTCCACTATGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CATGGGCTTTGACAGATATGTGGCCATCTGTGCTCCACTCCACTATGCCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GCCACATGAATCCTACCCTCTGTGCCCAGCTGGTCATTACTTCCTTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GCCACATGAATCCTACCCTCTGTGCCCAGCTGGTCATTACTTCCTTCCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 ACTGGATACCTCTTTGGACTGGGAATGACACTAGTTATTTTCCACCTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 ACTGGATACCTCTTTGGACTGGGAATGACACTAGTTATTTTCCACCTCTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 ATTCTGCAGCTCCCATGAAATCCAGCACTTTTTTTGTGACACGCCACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 ATTCTGCAGCTCCCATGAAATCCAGCACTTTTTTTGTGACACGCCACCTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TGCTGAGCCTAGCCTGTGGAGATACAGGCCCGAGTGAGCTGAGGATCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TGCTGAGCCTAGCCTGTGGAGATACAGGCCCGAGTGAGCTGAGGATCTTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 ATCCTCAGTCTTTTGGTCCTCTTGGTCTCCTTCTTCTTCATCACCATCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 ATCCTCAGTCTTTTGGTCCTCTTGGTCTCCTTCTTCTTCATCACCATCTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CTACGCCTACATCTTGGCAGCAATACTGAGGATCCCCTCTGCTGAGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CTACGCCTACATCTTGGCAGCAATACTGAGGATCCCCTCTGCTGAGGGGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 AGAAGAAGGCCTTCTCCACTTGTGCCTCGCACCTTACAGTGGTCATTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 AGAAGAAGGCCTTCTCCACTTGTGCCTCGCACCTTACAGTGGTCATTATT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CATTATGGCTGTGCTTCCTTCGTGTACCTGAGGCCCAAAGCCAGCTACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 CATTATGGCTGTGCTTCCTTCGTGTACCTGAGGCCCAAAGCCAGCTACTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 TCTTGAGAGAGATCAGCTTATTGCCATGACCTATACTGTAGTGACCCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 TCTTGAGAGAGATCAGCTTATTGCCATGACCTATACTGTAGTGACCCCCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TCCTTAATCCCATTGTTTATAGTCTAAGGACTAGGGCTATACAGACAGCT
        |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
 100851 TCCTTAATCCCATTGTTTATAGTCTAAGGAATAGGGCTATACAGACAGCT

    900     .    :    .    :    .    :    .
    901 CTGAGGAATGCTTTCAGAGGGAGATTGCTGGGTAAAGGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 CTGAGGAATGCTTTCAGAGGGAGATTGCTGGGTAAAGGA