seq1 = pF1KE0865.tfa, 1005 bp
seq2 = pF1KE0865/gi568815597f_158379878.tfa (gi568815597f:158379878_158580882), 201005 bp

>pF1KE0865 1005
>gi568815597f:158379878_158580882 (Chr1)

1-1005  (100001-101005)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCCCAAATTCTTATATTCACATACCTGAATATGTTTTACTTCTTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCCCAAATTCTTATATTCACATACCTGAATATGTTTTACTTCTTTCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCCTTTGCAGATCTTGGCAGAAAACCTCACCATGGTCACCGAATTCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCCTTTGCAGATCTTGGCAGAAAACCTCACCATGGTCACCGAATTCCTGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGCTGGGTTTTTCCAGCCTTGGTGAAATTCAGCTGGCCCTCTTTGTAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGCTGGGTTTTTCCAGCCTTGGTGAAATTCAGCTGGCCCTCTTTGTAGTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TTTCTTTTTCTGTATCTAGTCATTCTTAGTGGCAATGTCACCATTATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TTTCTTTTTCTGTATCTAGTCATTCTTAGTGGCAATGTCACCATTATCAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TGTCATCCACCTGGATAAAAGCCTCCACACACCAATGTACTTCTTCCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TGTCATCCACCTGGATAAAAGCCTCCACACACCAATGTACTTCTTCCTTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GCATTCTCTCAACATCTGAGACCTTCTACACCTTTGTCATTCTACCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GCATTCTCTCAACATCTGAGACCTTCTACACCTTTGTCATTCTACCCAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ATGCTCATCAATCTACTTTCTGTGGCCAGGACAATCTCCTTCAACTGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 ATGCTCATCAATCTACTTTCTGTGGCCAGGACAATCTCCTTCAACTGTTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TGCTCTTCAAATGTTCTTCTTCCTTGGTTTTGCCATTACCAACTGCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TGCTCTTCAAATGTTCTTCTTCCTTGGTTTTGCCATTACCAACTGCCTGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TATTGGGTGTGATGGGTTATGATCGCTATGCTGCCATTTGTCACCCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TATTGGGTGTGATGGGTTATGATCGCTATGCTGCCATTTGTCACCCTCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CATTACCCCACTCTTATGAGCTGGCAGGTGTGTGGAAAACTGGCAGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CATTACCCCACTCTTATGAGCTGGCAGGTGTGTGGAAAACTGGCAGCTGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CTGTGCAATTGGTGGCTTCTTGGCCTCTCTTACAGTAGTAAATTTAGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CTGTGCAATTGGTGGCTTCTTGGCCTCTCTTACAGTAGTAAATTTAGTTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TCAGCCTCCCTTTTTGTAGCGCCAACAAAGTCAATCATTACTTCTGTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TCAGCCTCCCTTTTTGTAGCGCCAACAAAGTCAATCATTACTTCTGTGAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 ATCTCAGCAGTCATTCTTCTGGCTTGTACCAACACAGATGTTAACGGATT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
 100601 ATCTCAGCAGTCATTCTTCTGGCTTGTACCAACACAGATGTTAACGAATT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TGTGATATTCATTTGTGGAGTTCTTGTACTTGTGGTTCCCTTTCTGTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 TGTGATATTCATTTGTGGAGTTCTTGTACTTGTGGTTCCCTTTCTGTTTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 TCTGTGTTTCTTATTTCTGCATTCTGAGGACTATCCTGAAGATTCCCTCA
        |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 TCTGTGTTTCTTATCTCTGCATTCTGAGGACTATCCTGAAGATTCCCTCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GCTGAGGGCAGACGGAAAGCGTTTTCCACCTGCGCCTCTCACCTCAGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 GCTGAGGGCAGACGGAAAGCGTTTTCCACCTGCGCCTCTCACCTCAGTGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 TGTTATTGTTCATTATGGCTGTGCTTCCTTCATCTACCTGAGGCCTACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 TGTTATTGTTCATTATGGCTGTGCTTCCTTCATCTACCTGAGGCCTACAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 CAAACTATGTGTCCAACAAAGACAGGCTGGTGACGGTGACATACACGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 CAAACTATGTGTCCAACAAAGACAGGCTGGTGACGGTGACATACACGATT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 GTCACTCCATTACTAAACCCCATGGTTTATAGCCTCAGAAACAAGGATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 GTCACTCCATTACTAAACCCCATGGTTTATAGCCTCAGAAACAAGGATGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 CCAACTTGCTATCAGAAAAGTGTTGGGCAAGAAAGGTTCTCTAAAACTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 CCAACTTGCTATCAGAAAAGTGTTGGGCAAGAAAGGTTCTCTAAAACTAT

   1000     .
   1001 ATAAT
        |||||
 101001 ATAAT