seq1 = pF1KE0862.tfa, 939 bp
seq2 = pF1KE0862/gi568815597f_158365562.tfa (gi568815597f:158365562_158566500), 200939 bp

>pF1KE0862 939
>gi568815597f:158365562_158566500 (Chr1)

1-939  (100001-100939)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGCAAGTCAATAAGACTGTGGTGAGAGAGTTCGTCGTCCTCGGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGCAAGTCAATAAGACTGTGGTGAGAGAGTTCGTCGTCCTCGGCTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTCATCCCTGGCCAGGCTGCAGCAGCTGCTCTTTGTTATCTTCCTGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTCATCCCTGGCCAGGCTGCAGCAGCTGCTCTTTGTTATCTTCCTGCTCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCTACCTGTTCACTCTGGGCACCAATGCAATCATCATTTCCACCATTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCTACCTGTTCACTCTGGGCACCAATGCAATCATCATTTCCACCATTGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTGGACAGAGCCCTTCATACTCCCATGTACTTCTTCCTTGCCATCCTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTGGACAGAGCCCTTCATACTCCCATGTACTTCTTCCTTGCCATCCTTTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TTGCTCTGAGATTTGCTATACCTTTGTCATTGTACCCAAGATGCTGGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TTGCTCTGAGATTTGCTATACCTTTGTCATTGTACCCAAGATGCTGGTTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ACCTGCTGTCCCAGAAGAAGACCATTTCTTTCCTGGGCTGTGCCATCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ACCTGCTGTCCCAGAAGAAGACCATTTCTTTCCTGGGCTGTGCCATCCAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ATGTTTTCCTTCCTCTTCTTTGGCTCCTCTCACTCCTTCCTGCTGGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 ATGTTTTCCTTCCTCTTCTTTGGCTCCTCTCACTCCTTCCTGCTGGCAGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CATGGGCTATGATCGCTATATGGCCATCTGTAACCCACTGCGCTACTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CATGGGCTATGATCGCTATATGGCCATCTGTAACCCACTGCGCTACTCAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TGCTCATGGGACATGGGGTGTGTATGGGACTAATGGCTGCTGCCTGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TGCTCATGGGACATGGGGTGTGTATGGGACTAATGGCTGCTGCCTGTGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TGTGGCTTCACTGTCTCCCTGGTCACCACCTCCCTAGTATTTCATCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TGTGGCTTCACTGTCTCCCTGGTCACCACCTCCCTAGTATTTCATCTGCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CTTCCACTCCTCCAACCAGCTCCATCACTTCTTCTGTGACATCTCCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CTTCCACTCCTCCAACCAGCTCCATCACTTCTTCTGTGACATCTCCCCTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TCCTTAAACTGGCATCTCAGCACTCCGGCTTCAGTCAGCTGGTCATATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TCCTTAAACTGGCATCTCAGCACTCCGGCTTCAGTCAGCTGGTCATATTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 ATGCTTGGTGTATTTGCCTTGGTCATTCCTCTGCTACTTATCCTAGTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 ATGCTTGGTGTATTTGCCTTGGTCATTCCTCTGCTACTTATCCTAGTCTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CTACATCCGCATCATCTCTGCCATTCTAAAAATCCCTTCCTCCGTTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CTACATCCGCATCATCTCTGCCATTCTAAAAATCCCTTCCTCCGTTGGAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 GATACAAGACCTTCTCCACCTGTGCCTCCCATCTCATTGTGGTAACTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 GATACAAGACCTTCTCCACCTGTGCCTCCCATCTCATTGTGGTAACTGTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CACTACAGTTGTGCCTCTTTCATCTACTTAAGGCCCAAGACTAATTACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 CACTACAGTTGTGCCTCTTTCATCTACTTAAGGCCCAAGACTAATTACAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 TTCAAGCCAAGACACCCTAATATCTGTGTCATACACCATCCTTACCCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 TTCAAGCCAAGACACCCTAATATCTGTGTCATACACCATCCTTACCCCAT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TGTTCAATCCAATGATTTATAGTCTGAGAAATAAGGAATTCAAATCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TGTTCAATCCAATGATTTATAGTCTGAGAAATAAGGAATTCAAATCAGCC

    900     .    :    .    :    .    :    .
    901 CTACGAAGAACAATCGGCCAAACTTTCTATCCTCTTAGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 CTACGAAGAACAATCGGCCAAACTTTCTATCCTCTTAGT