seq1 = pF1KE0861.tfa, 828 bp
seq2 = pF1KE0861/gi568815597f_159498298.tfa (gi568815597f:159498298_159699125), 200828 bp

>pF1KE0861 828
>gi568815597f:159498298_159699125 (Chr1)

1-828  (100001-100828)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCGAAGAAAGAACCTCACAGAGGTAACAGAGTTTGTTTTCCTGGGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCGAAGAAAGAACCTCACAGAGGTAACAGAGTTTGTTTTCCTGGGATT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTCCAGATTCCACAAACATCACATCACTCTCTTTGTGGTTTTTCTCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTCCAGATTCCACAAACATCACATCACTCTCTTTGTGGTTTTTCTCATCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGTACACATTAACTGTGGCTGGCAATGCCATCATCATGACCATCATCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGTACACATTAACTGTGGCTGGCAATGCCATCATCATGACCATCATCTGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATTGACCGTCACCTCCACACTCCCATGTACTTCTTCCTGAGCATGCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ATTGACCGTCACCTCCACACTCCCATGTACTTCTTCCTGAGCATGCTGGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TAGCTCAAAGACAGTGTACACACTGTTCATCATTCCACAGATGCTCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TAGCTCAAAGACAGTGTACACACTGTTCATCATTCCACAGATGCTCTCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GCTTCGTAACCCAGACCCAGCCAATCTCCCTAGCAGGTTGTACCACCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GCTTCGTAACCCAGACCCAGCCAATCTCCCTAGCAGGTTGTACCACCCAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ACGTTCTTCTTTGTTACCTTGGCCATCAACAATTGCTTCTTGCTCACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 ACGTTCTTCTTTGTTACCTTGGCCATCAACAATTGCTTCTTGCTCACAGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GATGGGCTATGACCACTATATGGCCATCTGCAATCCCTTGAGATACAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GATGGGCTATGACCACTATATGGCCATCTGCAATCCCTTGAGATACAGGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TCATTACGAGCAAGAAGGTGTGTGTCCAGCTGGTGTGTGGAGCCTTTAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TCATTACGAGCAAGAAGGTGTGTGTCCAGCTGGTGTGTGGAGCCTTTAGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 ATTGGCCTGGCCATGGCAGCTGTCCAGGTAACATCCATATTTACCTTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 ATTGGCCTGGCCATGGCAGCTGTCCAGGTAACATCCATATTTACCTTACC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TTTTTGTCACACGGTGGTTGGTCATTTCTTCTGTGACATCCTCCCTGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TTTTTGTCACACGGTGGTTGGTCATTTCTTCTGTGACATCCTCCCTGTCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TGAAACTCTCCTGTATTAATACCACTATCAATGAGATAATCAATTTTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TGAAACTCTCCTGTATTAATACCACTATCAATGAGATAATCAATTTTGTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GTCAGGTTATTTGTCATCCTGGTCCCCATGGGTCTGGTCTTCATCTCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GTCAGGTTATTTGTCATCCTGGTCCCCATGGGTCTGGTCTTCATCTCCTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TGTCCTCATCATCTCCACTGTCCTCAAGATTGCCTCAGCTGAGGGTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 TGTCCTCATCATCTCCACTGTCCTCAAGATTGCCTCAGCTGAGGGTTGGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 AGAAGACCTTTGCCACCTGTGCCTTCCACCTCACTGTGGTCATTGTCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 AGAAGACCTTTGCCACCTGTGCCTTCCACCTCACTGTGGTCATTGTCCAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TATGGCTGTGCTTCCATTGCCTACCTCATGCCCAAGTCAGAAAACTCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 TATGGCTGTGCTTCCATTGCCTACCTCATGCCCAAGTCAGAAAACTCTAT

    800     .    :    .    :    .
    801 AGAACAAGACCTCCTTCTCTCAGTGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||
 100801 AGAACAAGACCTCCTTCTCTCAGTGACC