seq1 = pF1KE0827.tfa, 660 bp
seq2 = pF1KE0827/gi568815587f_55367056.tfa (gi568815587f:55367056_55567715), 200660 bp

>pF1KE0827 660
>gi568815587f:55367056_55567715 (Chr11)

1-660  (100001-100660)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGCCAGCTATTTACAGACCACTTGTTTGGTGGAACTGAGATCTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGCCAGCTATTTACAGACCACTTGTTTGGTGGAACTGAGATCTTCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCTGGTGGTGATGGCCTATGATCGCTACGTGGCCATCTGTAAGCCACTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCTGGTGGTGATGGCCTATGATCGCTACGTGGCCATCTGTAAGCCACTGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACTATTTAACCATCATGAATCGACAGGTTTCCATCCTTCTGTTGGTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACTATTTAACCATCATGAATCGACAGGTTTCCATCCTTCTGTTGGTGGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCCATGACTGGAGGTTTCCTTCATTCTGTGTTTCAAATTGTTGTTCTGTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
 100151 GCCATGACTGGAGGTTTCCTTCATTCTGTGTTTCAAATTGCTGTTCTGTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CAGTCTTCCTTTCTGTGGCCCCAATGTCATTGACCACTTTTTCTGTGACA
        |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CAGTCTCCCTTTCTGTGGCCCCAATGTCATTGACCACTTTTTCTGTGACA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGTACCCATTATTGGAACTGGCGTGCACTGACACCTACTTTATAGGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
 100251 TGTACCCATTATTGGAACTGGCGTGCACTGACACCTACTCTATAGGCCTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GCTGTAGTTTTCAGTGGTGGAGCAATGTGTATGGTCATCTTCGCCCTTCT
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 ACTGTAGTTTTCAGTGGTGGAGCAATGTGTATGGTCATCTTCGCCCTTCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 ACTAATCTCCTATGGAGTCAGCCTAAACTCCCTTAAAACTTATAGTCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 ACTAATCTCCTATGGAGTCAGCCTAAACTCCCTTAAAACTTATAGTCAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 AAGGGAGGCGTAAAGCCCTGTCTACCTGCAGCTCGCACATCACCGTGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 AAGGGAGGCGTAAAGCCCTGTCTACCTGCAGCTCGCACATCACCGTGGTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GTCCTCTTTTTTGTTCCCTGTATTTTCATGTATGTTAGACCTGTCTCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GTCCTCTTTTTTGTTCCCTGTATTTTCATGTATGTTAGACCTGTCTCAAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CTTCCCTATTGATAAATTCGTTACTGTGTTTTATACAGTTATCACACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
 100501 CTTCCCTATTGATAAATTCGTTACTGTGTTTTATACATTTATCACACCCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TGCTGAATCCTTTTTTATACACGTTGAGAAATTCAGAGATGATAAATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TGCTGAATCCTTTTTTATACACGTTGAGAAATTCAGAGATGATAAATGCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 ATAAAACACCTGTTGTGTAAGAAGCTAACTATAGTTAGAATAAGAGTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 ATAAAACACCTGTTGTGTAAGAAGCTAACTATAGTTAGAATAAGAGTGTC

    650     .    :
    651 CCTCCTCATG
        ||||||||||
 100651 CCTCCTCATG