seq1 = pF1KE0826.tfa, 753 bp
seq2 = pF1KE0826/gi568815597f_158391219.tfa (gi568815597f:158391219_158591971), 200753 bp

>pF1KE0826 753
>gi568815597f:158391219_158591971 (Chr1)

1-753  (100001-100753)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCAATTCTTCCTCTGTCACTGAGTTCTTAGTGCTGGGCTTCTCTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCAATTCTTCCTCTGTCACTGAGTTCTTAGTGCTGGGCTTCTCTAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCTTGGGGAATTGCAGCTTGTCCTCTTTGCAGTCTTTCTCTGCCTCTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCTTGGGGAATTGCAGCTTGTCCTCTTTGCAGTCTTTCTCTGCCTCTATT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGATTATCTTGAGTGGAAACATCATCATCATCTCAGTCATTCATTTGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGATTATCTTGAGTGGAAACATCATCATCATCTCAGTCATTCATTTGGAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CACAGCCTCCACACACCCATGTACTTCTTTCTAGGTATTCTTTCTATCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CACAGCCTCCACACACCCATGTACTTCTTTCTAGGTATTCTTTCTATCTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TGAAATCTTCTACACAACTGTTATTCTGCCCAAGATGCTTATCAACTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TGAAATCTTCTACACAACTGTTATTCTGCCCAAGATGCTTATCAACTTAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCTCTGTATTCAGGACACTCTCCTTTGTGAGTTGTGCCACCCAAATGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TCTCTGTATTCAGGACACTCTCCTTTGTGAGTTGTGCCACCCAAATGTTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TTCTTCCTCGGTTTTGCTGTCACTAACTGTCTGCTTCTGGGAGTGATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TTCTTCCTCGGTTTTGCTGTCACTAACTGTCTGCTTCTGGGAGTGATGGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TTATGATTGTTATGCTGCCATCTGTCAGCCTTTGCAATACGCTGTTCTCA
        ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TTATGATCGTTATGCTGCCATCTGTCAGCCTTTGCAATACGCTGTTCTCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TGAGCTGGAAAGTATGTGGACAACTGATAGCAACTTGTATTATTAGTGGC
        ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TGAGCTGGAGAGTATGTGGACAACTGATAGCAACTTGTATTATTAGTGGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TTCCTAATATCTCTGGTGGGAACAACTTTTGTCTTTAGCCTCCCTTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TTCCTAATATCTCTGGTGGGAACAACTTTTGTCTTTAGCCTCCCTTTCTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TGGCTCCAACAAGGTCAACCACTACTTTTGTGATATTTCACCAGTTATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TGGCTCCAACAAGGTCAACCACTACTTTTGTGATATTTCACCAGTTATCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 GTCTTGCCTGTGCTGACAGCTACATCAGTGAACTGGTCATCTTCATCTTC
        |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 GTCTCGCCTGTGCTGACAGCTACATCAGTGAACTGGTCATCTTCATCTTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GGGGTCTTGGTGCTTGTTGTGCCCTTGATATTTATCTGCATTTCCTATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GGGGTCTTGGTGCTTGTTGTGCCCTTGATATTTATCTGCATTTCCTATGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CTTCATTGTCCGCACCATCCTGAAGATCCCATCAGCTGAAGGCAAACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CTTCATTGTCCGCACCATCCTGAAGATCCCATCAGCTGAAGGCAAACAAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 AAGCCTTCTCCACCTGTGCTTCCCATCTCATTGTAGTCATTGTCCATTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 AAGCCTTCTCCACCTGTGCTTCCCATCTCATTGTAGTCATTGTCCATTAT

    750 
    751 GGT
        |||
 100751 GGT