seq1 = pF1KE0824.tfa, 804 bp
seq2 = pF1KE0824/gi568815591f_144042135.tfa (gi568815591f:144042135_144242938), 200804 bp

>pF1KE0824 804
>gi568815591f:144042135_144242938 (Chr7)

1-804  (100001-100804)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATCTTGGGACTCATCTGTCTGGACCACATTCTGCCTACCCCCATGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGATCTTGGGACTCATCTGTCTGGACCACATTCTGCCTACCCCCATGTA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTTCTTCCTCTCACACCTGGCCATCATTGACATGTCCTATGCTTCCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTTCTTCCTCTCACACCTGGCCATCATTGACATGTCCTATGCTTCCAACA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ATGTTCCCAAGATGTTGGCAAATCTGATGAACAAGAAAAGAACCATCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ATGTTCCCAAGATGTTGGCAAATCTGATGAACAAGAAAAGAACCATCTCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TTTCTTCCATGCATAATGCAGACCTATTTGCATTTCTCTTTTGCTGCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TTTCTTCCATGCATAATGCAGACCTATTTGCATTTCTCTTTTGCTGCTAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AGAGTGTCTGATTTTGGTGGTGATGTCCTATGATAGGTATGTGGCCATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 AGAGTGTCTGATTTTGGTGGTGATGTCCTATGATAGGTATGTGGCCATTT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GCCACCCTCTCCAGTACACTGTCATCATGAGCTGGAGAGTGTGCACGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GCCACCCTCTCCAGTACACTGTCATCATGAGCTGGAGAGTGTGCACGATC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CTGGCTCTCACATCCTGGTCATGTGGGTTTGCCCTGTCCCTGGTACATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CTGGCTCTCACATCCTGGTCATGTGGGTTTGCCCTGTCCCTGGTACATGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 AATTCTTCTTCTAAGGTTGCCGTTCTGTGGGCCCCGGGATGTGAACCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 AATTCTTCTTCTAAGGTTGCCGTTCTGTGGGCCCCGGGATGTGAACCACC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TCTTCTGTGAAATTCTGTCTGTCCTCAAGCTGGCCTGTTCTGACACCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TCTTCTGTGAAATTCTGTCTGTCCTCAAGCTGGCCTGTTCTGACACCTGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GTTAACCAAGTGGTCATATTTGCTACCTGTGTGTTTGTCTTAGTTGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GTTAACCAAGTGGTCATATTTGCTACCTGTGTGTTTGTCTTAGTTGGACC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TCTTTGTTTGATGCTTGTCTCCTACATGCACATCCTCTGGGCCATCCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TCTTTGTTTGATGCTTGTCTCCTACATGCACATCCTCTGGGCCATCCTAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 AGATCCAGACAAAGGAAGGCCGCATAAAGGCCTTCTCGACCTGCTCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 AGATCCAGACAAAGGAAGGCCGCATAAAGGCCTTCTCGACCTGCTCCTCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CACCTGTGTGTGGTTGGACTCTTCTTTGGCATAGCCATGGTGGTTTACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 CACCTGTGTGTGGTTGGACTCTTCTTTGGCATAGCCATGGTGGTTTACAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 AGTCCCAGACTCTAATCAACGAGAGGAGCAGGAGAAAATGCTGTCCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 AGTCCCAGACTCTAATCAACGAGAGGAGCAGGAGAAAATGCTGTCCCTGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 TTCACAGTGTCTTGAACCCAATTCTGAACCCCCTGATCTACAGTCTGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 TTCACAGTGTCTTGAACCCAATTCTGAACCCCCTGATCTACAGTCTGAGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 AATGCTCAGGTGAAGGGCGCCCTCCACAGAGCACTGCAGAGGACGCTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 AATGCTCAGGTGAAGGGCGCCCTCCACAGAGCACTGCAGAGGACGCTGTC

    800 
    801 TATG
        ||||
 100801 TATG