seq1 = pF1KE0817.tfa, 762 bp
seq2 = pF1KE0817/gi568815586f_55015533.tfa (gi568815586f:55015533_55216294), 200762 bp

>pF1KE0817 762
>gi568815586f:55015533_55216294 (Chr12)

1-762  (100001-100762)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGTGACAAGGGAACAGGCAACCATTCAGATGTAACTGATTTCATTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGTGACAAGGGAACAGGCAACCATTCAGATGTAACTGATTTCATTCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGAAGGCTTCAGGGTCCGCCCAGAGTTCTACATTCTCCTCTTCTTCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGAAGGCTTCAGGGTCCGCCCAGAGTTCTACATTCTCCTCTTCTTCCTGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCCTGCTGATCTATAGCATGGTTCTTTTGGGGAACATTAGTGTGATGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCCTGCTGATCTATAGCATGGTTCTTTTGGGGAACATTAGTGTGATGACA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATCATTGTAACTGATTCCCAGCTGAACACACCAATGTATTTTTTTCTAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ATCATTGTAACTGATTCCCAGCTGAACACACCAATGTATTTTTTTCTAGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CAACCTCTCCTTCATTGACGTCTCCTACTCCACTGTTATTGCTCCTAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CAACCTCTCCTTCATTGACGTCTCCTACTCCACTGTTATTGCTCCTAAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCATGGCCCACTTCCTGTCTGAAAAAAAGACAGTCTCTTTTGCAGGTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CCATGGCCCACTTCCTGTCTGAAAAAAAGACAGTCTCTTTTGCAGGTTGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GTTGCCCAGTTATTCCTTTTTGCCCTGTTCATTGTAACAGAGGGGTTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GTTGCCCAGTTATTCCTTTTTGCCCTGTTCATTGTAACAGAGGGGTTTGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CCTGGCAGCCATGGCCTATGACCGCTTCAGTGCCATCTGCAATCCTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CCTGGCAGCCATGGCCTATGACCGCTTCAGTGCCATCTGCAATCCTCTTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TTCATAGTGTTCACATGTCAAGACGCCTCTGCACTCAGTTGGTTGCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TTCATAGTGTTCACATGTCAAGACGCCTCTGCACTCAGTTGGTTGCTGGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TCTTATTTCTGTGGCTGGGCCAGTTCCATCCTCCAAGTCAGTGTAACATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TCTTATTTCTGTGGCTGGGCCAGTTCCATCCTCCAAGTCAGTGTAACATT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CTCAGTGTCCTTCTGTGCTTCCAGAGTCATTGCTCACTTCTACTGTGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CTCAGTGTCCTTCTGTGCTTCCAGAGTCATTGCTCACTTCTACTGTGATT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CTTATCAAATTGAAAAGATTTCCTGTTCTAATCTCTTTGTCAATAAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CTTATCAAATTGAAAAGATTTCCTGTTCTAATCTCTTTGTCAATAAGATG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GTATCTCTGAGTTTGAGTGTCATCATTATTTTGCCTACAATTGTTGTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GTATCTCTGAGTTTGAGTGTCATCATTATTTTGCCTACAATTGTTGTTAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TATAGTATCTTACCTGTATATTGTATCCTCAGTCTTGAAGATCCCCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 TATAGTATCTTACCTGTATATTGTATCCTCAGTCTTGAAGATCCCCTCCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 GTGAAGGGAGAAAGAAAGACTTTTCCACTTGCAGCTCCCATCTGGGTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 GTGAAGGGAGAAAGAAAGACTTTTCCACTTGCAGCTCCCATCTGGGTGTT

    750     .    :
    751 GTAAGTTTGCTC
        ||||||||||||
 100751 GTAAGTTTGCTC