seq1 = pF1KE0811.tfa, 1125 bp
seq2 = pF1KE0811/gi568815595f_71654050.tfa (gi568815595f:71654050_71855174), 201125 bp

>pF1KE0811 1125
>gi568815595f:71654050_71855174 (Chr3)

1-1125  (100001-101125)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGAACGCGAGCGAGCCGGGTGGCAGCGGCGGCGGCGAGGCGGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGAACGCGAGCGAGCCGGGTGGCAGCGGCGGCGGCGAGGCGGCCGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCTGGGCCTCAAGCTGGCCACGCTCAGCCTGCTGCTGTGCGTGAGCCTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCTGGGCCTCAAGCTGGCCACGCTCAGCCTGCTGCTGTGCGTGAGCCTAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGGGCAACGTGCTGTTCGCGCTGCTGATCGTGCGGGAGCGCAGCCTGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CGGGCAACGTGCTGTTCGCGCTGCTGATCGTGCGGGAGCGCAGCCTGCAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CGCGCCCCGTACTACCTGCTGCTCGACCTGTGCCTGGCCGACGGGCTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CGCGCCCCGTACTACCTGCTGCTCGACCTGTGCCTGGCCGACGGGCTGCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CGCGCTCGCCTGCCTCCCGGCCGTCATGCTGGCGGCGCGGCGTGCGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CGCGCTCGCCTGCCTCCCGGCCGTCATGCTGGCGGCGCGGCGTGCGGCGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCGCGGCGGGGGCGCCGCCGGGCGCGCTGGGCTGCAAGCTGCTCGCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CCGCGGCGGGGGCGCCGCCGGGCGCGCTGGGCTGCAAGCTGCTCGCCTTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CTGGCCGCGCTCTTCTGCTTCCACGCCGCCTTCCTGCTGCTGGGCGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CTGGCCGCGCTCTTCTGCTTCCACGCCGCCTTCCTGCTGCTGGGCGTGGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CGTCACCCGCTACCTGGCCATCGCGCACCACCGCTTCTATGCAGAGCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CGTCACCCGCTACCTGGCCATCGCGCACCACCGCTTCTATGCAGAGCGCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TGGCCGGCTGGCCGTGCGCCGCCATGCTGGTGTGCGCCGCCTGGGCGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TGGCCGGCTGGCCGTGCGCCGCCATGCTGGTGTGCGCCGCCTGGGCGCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GCGCTGGCCGCGGCCTTCCCGCCAGTGCTGGACGGCGGTGGCGACGACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GCGCTGGCCGCGGCCTTCCCGCCAGTGCTGGACGGCGGTGGCGACGACGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GGACGCGCCGTGCGCCCTGGAGCAGCGGCCCGACGGCGCCCCCGGCGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GGACGCGCCGTGCGCCCTGGAGCAGCGGCCCGACGGCGCCCCCGGCGCGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TGGGCTTCCTGCTGCTGCTGGCCGTGGTGGTGGGCGCCACGCACCTCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TGGGCTTCCTGCTGCTGCTGGCCGTGGTGGTGGGCGCCACGCACCTCGTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 TACCTCCGCCTGCTCTTCTTCATCCACGACCGCCGCAAGATGCGGCCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 TACCTCCGCCTGCTCTTCTTCATCCACGACCGCCGCAAGATGCGGCCCGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GCGCCTGGTGCCCGCCGTCAGCCACGACTGGACCTTCCACGGCCCGGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GCGCCTGGTGCCCGCCGTCAGCCACGACTGGACCTTCCACGGCCCGGGCG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CCACCGGCCAGGCGGCCGCCAACTGGACGGCGGGCTTCGGCCGCGGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 CCACCGGCCAGGCGGCCGCCAACTGGACGGCGGGCTTCGGCCGCGGGCCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 ACGCCGCCCGCGCTTGTGGGCATCCGGCCCGCAGGGCCGGGCCGCGGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 ACGCCGCCCGCGCTTGTGGGCATCCGGCCCGCAGGGCCGGGCCGCGGCGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 GCGCCGCCTCCTCGTGCTGGAAGAATTCAAGACGGAGAAGAGGCTGTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 GCGCCGCCTCCTCGTGCTGGAAGAATTCAAGACGGAGAAGAGGCTGTGCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 AGATGTTCTACGCCGTCACGCTGCTCTTCCTGCTCCTCTGGGGGCCCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 AGATGTTCTACGCCGTCACGCTGCTCTTCCTGCTCCTCTGGGGGCCCTAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 GTCGTGGCCAGCTACCTGCGGGTCCTGGTGCGGCCCGGCGCCGTCCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 GTCGTGGCCAGCTACCTGCGGGTCCTGGTGCGGCCCGGCGCCGTCCCCCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 GGCCTACCTGACGGCCTCCGTGTGGCTGACCTTCGCGCAGGCCGGCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 GGCCTACCTGACGGCCTCCGTGTGGCTGACCTTCGCGCAGGCCGGCATCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 ACCCCGTCGTGTGCTTCCTCTTCAACAGGGAGCTGAGGGACTGCTTCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 ACCCCGTCGTGTGCTTCCTCTTCAACAGGGAGCTGAGGGACTGCTTCAGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 GCCCAGTTCCCCTGCTGCCAGAGCCCCCGGACCACCCAGGCGACCCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 GCCCAGTTCCCCTGCTGCCAGAGCCCCCGGACCACCCAGGCGACCCATCC

   1100     .    :    .    :    .
   1101 CTGCGACCTGAAAGGCATTGGTTTA
        |||||||||||||||||||||||||
 101101 CTGCGACCTGAAAGGCATTGGTTTA