seq1 = pF1KE0809.tfa, 1005 bp
seq2 = pF1KE0809/gi568815575r_130284443.tfa (gi568815575r:130284443_130485447), 201005 bp

>pF1KE0809 1005
>gi568815575r:130284443_130485447 (ChrX)

(complement)

1-1005  (100001-101005)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAATCATCTTTCTCATTTGGAGTGATCCTTGCTGTCCTGGCCTCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAATCATCTTTCTCATTTGGAGTGATCCTTGCTGTCCTGGCCTCCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CATCATTGCTACTAACACACTAGTGGCTGTGGCTGTGCTGCTGTTGATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CATCATTGCTACTAACACACTAGTGGCTGTGGCTGTGCTGCTGTTGATCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACAAGAATGATGGTGTCAGTCTCTGCTTCACCTTGAATCTGGCTGTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACAAGAATGATGGTGTCAGTCTCTGCTTCACCTTGAATCTGGCTGTGGCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GACACCTTGATTGGTGTGGCCATCTCTGGCCTACTCACAGACCAGCTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GACACCTTGATTGGTGTGGCCATCTCTGGCCTACTCACAGACCAGCTCTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CAGCCCTTCTCGGCCCACACAGAAGACCCTGTGCAGCCTGCGGATGGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CAGCCCTTCTCGGCCCACACAGAAGACCCTGTGCAGCCTGCGGATGGCAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TTGTCACTTCCTCCGCAGCTGCCTCTGTCCTCACGGTCATGCTGATCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TTGTCACTTCCTCCGCAGCTGCCTCTGTCCTCACGGTCATGCTGATCACC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TTTGACAGGTACCTTGCCATCAAGCAGCCCTTCCGCTACTTGAAGATCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TTTGACAGGTACCTTGCCATCAAGCAGCCCTTCCGCTACTTGAAGATCAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GAGTGGGTTCGTGGCCGGGGCCTGCATTGCCGGGCTGTGGTTAGTGTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GAGTGGGTTCGTGGCCGGGGCCTGCATTGCCGGGCTGTGGTTAGTGTCTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ACCTCATTGGCTTCCTCCCACTCGGAATCCCCATGTTCCAGCAGACTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 ACCTCATTGGCTTCCTCCCACTCGGAATCCCCATGTTCCAGCAGACTGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TACAAAGGGCAGTGCAGCTTCTTTGCTGTATTTCACCCTCACTTCGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TACAAAGGGCAGTGCAGCTTCTTTGCTGTATTTCACCCTCACTTCGTGCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GACCCTCTCCTGCGTTGGCTTCTTCCCAGCCATGCTCCTCTTTGTCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GACCCTCTCCTGCGTTGGCTTCTTCCCAGCCATGCTCCTCTTTGTCTTCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TCTACTGCGACATGCTCAAGATTGCCTCCATGCACAGCCAGCAGATTCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TCTACTGCGACATGCTCAAGATTGCCTCCATGCACAGCCAGCAGATTCGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 AAGATGGAACATGCAGGAGCCATGGCTGGAGGTTATCGATCCCCACGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 AAGATGGAACATGCAGGAGCCATGGCTGGAGGTTATCGATCCCCACGGAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TCCCAGCGACTTCAAAGCTCTCCGTACTGTGTCTGTTCTCATTGGGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 TCCCAGCGACTTCAAAGCTCTCCGTACTGTGTCTGTTCTCATTGGGAGCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 TTGCTCTATCCTGGACCCCCTTCCTTATCACTGGCATTGTGCAGGTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 TTGCTCTATCCTGGACCCCCTTCCTTATCACTGGCATTGTGCAGGTGGCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TGCCAGGAGTGTCACCTCTACCTAGTGCTGGAACGGTACCTGTGGCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 TGCCAGGAGTGTCACCTCTACCTAGTGCTGGAACGGTACCTGTGGCTGCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CGGCGTGGGCAACTCCCTGCTCAACCCACTCATCTATGCCTATTGGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CGGCGTGGGCAACTCCCTGCTCAACCCACTCATCTATGCCTATTGGCAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 AGGAGGTGCGACTGCAGCTCTACCACATGGCCCTAGGAGTGAAGAAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 AGGAGGTGCGACTGCAGCTCTACCACATGGCCCTAGGAGTGAAGAAGGTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 CTCACCTCATTCCTCCTCTTTCTCTCGGCCAGGAATTGTGGCCCAGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 CTCACCTCATTCCTCCTCTTTCTCTCGGCCAGGAATTGTGGCCCAGAGAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 GCCCAGGGAAAGTTCCTGTCACATCGTCACTATCTCCAGCTCAGAGTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 GCCCAGGGAAAGTTCCTGTCACATCGTCACTATCTCCAGCTCAGAGTTTG

   1000     .
   1001 ATGGC
        |||||
 101001 ATGGC