seq1 = pF1KE0805.tfa, 1080 bp
seq2 = pF1KE0805/gi568815578f_56148733.tfa (gi568815578f:56148733_56349812), 201080 bp

>pF1KE0805 1080
>gi568815578f:56148733_56349812 (Chr20)

1-1080  (100001-101080)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGCATCCAAAAGACGTATCTGGAGGGAGATTTTGTCTTTCCTGTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGCATCCAAAAGACGTATCTGGAGGGAGATTTTGTCTTTCCTGTGAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAGCAGCAGCTTCCTACGGACCCTGCTGGAGCCCCAGCTCGGATCAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAGCAGCAGCTTCCTACGGACCCTGCTGGAGCCCCAGCTCGGATCAGCCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTCTGACAGCAATGAATGCTTCGTGCTGCCTGCCCTCTGTTCAGCCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TTCTGACAGCAATGAATGCTTCGTGCTGCCTGCCCTCTGTTCAGCCAACA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTGCCTAATGGCTCGGAGCACCTCCAAGCCCCTTTCTTCAGCAACCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTGCCTAATGGCTCGGAGCACCTCCAAGCCCCTTTCTTCAGCAACCAGAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CAGCAGCGCCTTCTGTGAGCAGGTCTTCATCAAGCCCGAGGTTTTCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CAGCAGCGCCTTCTGTGAGCAGGTCTTCATCAAGCCCGAGGTTTTCCTGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CTCTGGGCATCGTCAGTCTGCTGGAAAACATCCTGGTTATCCTGGCCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CTCTGGGCATCGTCAGTCTGCTGGAAAACATCCTGGTTATCCTGGCCGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GTCAGGAACGGCAACCTGCACTCCCCGATGTACTTCTTTCTCTGCAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GTCAGGAACGGCAACCTGCACTCCCCGATGTACTTCTTTCTCTGCAGCCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GGCGGTGGCCGACATGCTGGTAAGTGTGTCCAATGCCCTGGAGACCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GGCGGTGGCCGACATGCTGGTAAGTGTGTCCAATGCCCTGGAGACCATCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TGATCGCCATCGTCCACAGCGACTACCTGACCTTCGAGGACCAGTTTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TGATCGCCATCGTCCACAGCGACTACCTGACCTTCGAGGACCAGTTTATC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CAGCACATGGACAACATCTTCGACTCCATGATCTGCATCTCCCTGGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CAGCACATGGACAACATCTTCGACTCCATGATCTGCATCTCCCTGGTGGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CTCCATCTGCAACCTCCTGGCCATCGCCGTCGACAGGTACGTCACCATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CTCCATCTGCAACCTCCTGGCCATCGCCGTCGACAGGTACGTCACCATCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TTTACGCGCTCCGCTACCACAGCATCATGACCGTGAGGAAGGCCCTCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TTTACGCGCTCCGCTACCACAGCATCATGACCGTGAGGAAGGCCCTCACC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 TTGATCGTGGCCATCTGGGTCTGCTGCGGCGTCTGTGGCGTGGTGTTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 TTGATCGTGGCCATCTGGGTCTGCTGCGGCGTCTGTGGCGTGGTGTTCAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CGTCTACTCGGAGAGCAAAATGGTCATTGTGTGCCTCATCACCATGTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CGTCTACTCGGAGAGCAAAATGGTCATTGTGTGCCTCATCACCATGTTCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 TCGCCATGATGCTCCTCATGGGCACCCTCTACGTGCACATGTTCCTCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 TCGCCATGATGCTCCTCATGGGCACCCTCTACGTGCACATGTTCCTCTTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GCGCGGCTGCACGTCAAGCGCATAGCAGCACTGCCACCTGCCGACGGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 GCGCGGCTGCACGTCAAGCGCATAGCAGCACTGCCACCTGCCGACGGGGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 GGCCCCACAGCAACACTCATGCATGAAGGGGGCAGTCACCATCACCATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 GGCCCCACAGCAACACTCATGCATGAAGGGGGCAGTCACCATCACCATTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TCCTGGGCGTGTTCATCTTCTGCTGGGCCCCCTTCTTCCTCCACCTGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TCCTGGGCGTGTTCATCTTCTGCTGGGCCCCCTTCTTCCTCCACCTGGTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 CTCATCATCACCTGCCCCACCAACCCCTACTGCATCTGCTACACTGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 CTCATCATCACCTGCCCCACCAACCCCTACTGCATCTGCTACACTGCCCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 CTTCAACACCTACCTGGTCCTCATCATGTGCAACTCCGTCATCGACCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 CTTCAACACCTACCTGGTCCTCATCATGTGCAACTCCGTCATCGACCCAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 TCATCTACGCTTTCCGGAGCCTGGAATTGCGCAACACCTTTAGGGAGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 TCATCTACGCTTTCCGGAGCCTGGAATTGCGCAACACCTTTAGGGAGATT

   1050     .    :    .    :    .    :
   1051 CTCTGTGGCTGCAACGGCATGAACTTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 CTCTGTGGCTGCAACGGCATGAACTTGGGA