seq1 = pF1KE0796.tfa, 1272 bp
seq2 = pF1KE0796/gi568815597r_46458578.tfa (gi568815597r:46458578_46683332), 224755 bp

>pF1KE0796 1272
>gi568815597r:46458578_46683332 (Chr1)

(complement)

1-34  (89187-89220)   100% ->
35-136  (100004-100105)   100% ->
137-234  (102706-102803)   100% ->
235-314  (106679-106758)   100% ->
315-388  (108313-108386)   100% ->
389-493  (111166-111270)   100% ->
494-549  (114835-114890)   100% ->
550-645  (118197-118292)   100% ->
646-840  (120490-120684)   100% ->
841-1005  (121691-121855)   100% ->
1006-1049  (123056-123099)   100% ->
1050-1272  (124533-124755)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTATCTTCTCAAAAGTTGGAAAAACCTATAG         AGATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
  89187 ATGGTATCTTCTCAAAAGTTGGAAAAACCTATAGGTA...TAGAGATGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CAGTAGCGAACCCCTTCCCATCGCAGATGGTGACAGGAGGAGGAAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100011 CAGTAGCGAACCCCTTCCCATCGCAGATGGTGACAGGAGGAGGAAGAAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGCGGAGGGGCCGGGCCACTGACTCCTTGCCAGGAAAGTTTGAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100061 AGCGGAGGGGCCGGGCCACTGACTCCTTGCCAGGAAAGTTTGAAGGTT..

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    137     ATATGTACAAGCTGACCTCTGAATTGCTTGGAGAGGGAGCCTATGC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100111 .TAGATATGTACAAGCTGACCTCTGAATTGCTTGGAGAGGGAGCCTATGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CAAAGTTCAAGGTGCCGTGAGCCTACAGAATGGCAAAGAGTATGCCGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102752 CAAAGTTCAAGGTGCCGTGAGCCTACAGAATGGCAAAGAGTATGCCGTCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AA         ATCATCGAGAAACAAGCAGGGCACAGTCGGAGTAGGGTG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102802 AAGTG...CAGATCATCGAGAAACAAGCAGGGCACAGTCGGAGTAGGGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 TTTCGAGAGGTGGAGACGCTGTATCAGTGTCAGGGAAACAA         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 106718 TTTCGAGAGGTGGAGACGCTGTATCAGTGTCAGGGAAACAAGTG...AAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 GAACATTTTGGAGCTGATTGAGTTCTTTGAAGATGACACAAGGTTTTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108313 GAACATTTTGGAGCTGATTGAGTTCTTTGAAGATGACACAAGGTTTTACT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 TGGTCTTTGAGAAATTGCAAGGAG         GTTCCATCTTAGCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 108363 TGGTCTTTGAGAAATTGCAAGGAGGTA...CAGGTTCCATCTTAGCCCAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 ATCCAGAAGCAAAAGCACTTCAATGAGCGAGAAGCCAGCCGAGTGGTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111183 ATCCAGAAGCAAAAGCACTTCAATGAGCGAGAAGCCAGCCGAGTGGTGCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 GGACGTTGCTGCTGCCCTTGACTTCCTGCATACCAAAG         GCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 111233 GGACGTTGCTGCTGCCCTTGACTTCCTGCATACCAAAGGTG...CAGGCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 TTGCTCATCGTGATCTGAAACCAGAAAATATATTGTGTGAATCTCCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114838 TTGCTCATCGTGATCTGAAACCAGAAAATATATTGTGTGAATCTCCAGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 AAG         GTGTCTCCAGTGAAAATCTGTGACTTTGACTTGGGCAG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114888 AAGGTA...CAGGTGTCTCCAGTGAAAATCTGTGACTTTGACTTGGGCAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 TGGGATGAAACTGAACAACTCCTGTACCCCCATAACCACACCAGAGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118235 TGGGATGAAACTGAACAACTCCTGTACCCCCATAACCACACCAGAGCTGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 CCACCCCA         TGTGGCTCTGCAGAATACATGGCCCCTGAGGTA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 118285 CCACCCCAGTA...CAGTGTGGCTCTGCAGAATACATGGCCCCTGAGGTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 GTGGAGGTCTTCACGGACCAGGCCACATTCTACGACAAGCGCTGTGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120523 GTGGAGGTCTTCACGGACCAGGCCACATTCTACGACAAGCGCTGTGACCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 GTGGAGCCTGGGCGTGGTCCTCTACATCATGCTGAGTGGCTACCCACCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120573 GTGGAGCCTGGGCGTGGTCCTCTACATCATGCTGAGTGGCTACCCACCCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 TCGTGGGTCACTGCGGGGCCGACTGTGGCTGGGACCGGGGCGAGGTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120623 TCGTGGGTCACTGCGGGGCCGACTGTGGCTGGGACCGGGGCGAGGTCTGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 AGGGTGTGCCAG         AACAAGCTGTTTGAAAGCATCCAGGAAGG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 120673 AGGGTGTGCCAGGTG...TAGAACAAGCTGTTTGAAAGCATCCAGGAAGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 CAAGTATGAGTTTCCTGACAAGGACTGGGCACACATCTCCAGTGAAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121720 CAAGTATGAGTTTCCTGACAAGGACTGGGCACACATCTCCAGTGAAGCCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 AAGACCTCATCTCCAAGCTCCTGGTGCGAGATGCAAAGCAGAGACTTAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121770 AAGACCTCATCTCCAAGCTCCTGGTGCGAGATGCAAAGCAGAGACTTAGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 GCCGCCCAAGTTCTGCAGCACCCATGGGTGCAGGGG         CAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 121820 GCCGCCCAAGTTCTGCAGCACCCATGGGTGCAGGGGGTG...TAGCAAGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 TCCAGAAAAGGGACTCCCCACGCCGCAAGTCCTCCAGAG         GA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 123061 TCCAGAAAAGGGACTCCCCACGCCGCAAGTCCTCCAGAGGTA...CAGGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1052 ACAGCAGCACAATGGACCTGACGCTCTTCGCAGCTGAGGCCATCGCCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124535 ACAGCAGCACAATGGACCTGACGCTCTTCGCAGCTGAGGCCATCGCCCTT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 AACCGCCAGCTATCTCAGCACGAAGAGAACGAACTAGCAGAGGAGCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124585 AACCGCCAGCTATCTCAGCACGAAGAGAACGAACTAGCAGAGGAGCCAGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 GGCACTAGCTGATGGCCTCTGCTCCATGAAGCTTTCCCCTCCCTGCAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124635 GGCACTAGCTGATGGCCTCTGCTCCATGAAGCTTTCCCCTCCCTGCAAGT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 CACGCCTGGCCCGGAGACGGGCCCTGGCCCAGGCAGGCCGTGGTGAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124685 CACGCCTGGCCCGGAGACGGGCCCTGGCCCAGGCAGGCCGTGGTGAAGAC

   1350     .    :    .    :
   1252 AGGAGCCCGCCCACAGCACTC
        |||||||||||||||||||||
 124735 AGGAGCCCGCCCACAGCACTC