seq1 = pF1KE0791.tfa, 1071 bp
seq2 = pF1KE0791/gi568815596r_151150909.tfa (gi568815596r:151150909_151355744), 204836 bp

>pF1KE0791 1071
>gi568815596r:151150909_151355744 (Chr2)

(complement)

1-214  (100000-100212)   99% ->
215-315  (102890-102990)   100% ->
316-1071  (104081-104836)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCATCAGTTTTGAATGTCAAGGAATCCAAAGCTCCTGAAAGAACGGT
        |-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100000 A GGCATCAGTTTTGAATGTCAAGGAATCCAAAGCTCCTGAAAGAACGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGTAGTTGCTGGTCTTCCAGTTGACCTTTTTAGTGATCAATTATTGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100049 TGTAGTTGCTGGTCTTCCAGTTGACCTTTTTAGTGATCAATTATTGGCCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TATTAGTGAAGAGCCACTTCCAAGACATTAAGAATGAGGGCGGAGATGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100099 TATTAGTGAAGAGCCACTTCCAAGACATTAAGAATGAGGGCGGAGATGTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GAAGATGTGATATATCCGACAAGAACCAAGGGAGTTGCATATGTAATATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100149 GAAGATGTGATATATCCGACAAGAACCAAGGGAGTTGCATATGTAATATT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CAAAGAAAAAAAAG         TTGCAGAGAATGTCATCAGACAAAAGA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 100199 CAAAGAAAAAAAAGGTA...TAGTTGCAGAGAATGTCATCAGACAAAAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AACACTGGCTAGCAAGGAAGACTAGACATGCTGAACTCACAGTCTCTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102917 AACACTGGCTAGCAAGGAAGACTAGACATGCTGAACTCACAGTCTCTCTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AGAGTCTCTCATTTTGGTGACAAG         ATCTTCAGCTCTGTAAA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 102967 AGAGTCTCTCATTTTGGTGACAAGGTA...CAGATCTTCAGCTCTGTAAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGCCATCCTTGATCTTTCTGTTTTTGGAAAAGAAGTTACTCTAGAAACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104098 TGCCATCCTTGATCTTTCTGTTTTTGGAAAAGAAGTTACTCTAGAAACTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TGGTAAAAGACCTGAAAAAAAAAATCCCGAGTTTAAGCTTCAGTCCTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104148 TGGTAAAAGACCTGAAAAAAAAAATCCCGAGTTTAAGCTTCAGTCCTTTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 AAACCCAATGGAAGAATCTCCGTGGAAGGATCATTTCTGGCTGTCAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104198 AAACCCAATGGAAGAATCTCCGTGGAAGGATCATTTCTGGCTGTCAAGAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GCTCAGAGAATCTTTGCTAGCAAGAGCATGTTCTCTCTTAGAAAAAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104248 GCTCAGAGAATCTTTGCTAGCAAGAGCATGTTCTCTCTTAGAAAAAGACA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 GAAATTTTACCAGTGAGGAGAGAAAGTGGAATAGACAAAATCCCCAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104298 GAAATTTTACCAGTGAGGAGAGAAAGTGGAATAGACAAAATCCCCAGAGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 AATCTACAGAGAAGTAATAACTCTTTGGCATCAGTCAGGACCTTAGTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104348 AATCTACAGAGAAGTAATAACTCTTTGGCATCAGTCAGGACCTTAGTACC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 TGAGACTGCTAGAAGTGGAGAAATGCTTGTGCTTGACACAGATGTTTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104398 TGAGACTGCTAGAAGTGGAGAAATGCTTGTGCTTGACACAGATGTTTTTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 TTTACCTGAAACACAAGTGTGGATCTTATGAAAGCACACTGAAAAAATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104448 TTTACCTGAAACACAAGTGTGGATCTTATGAAAGCACACTGAAAAAATTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 CACATTCTGAGTCAGGAGAAAGTGGATGGTGAAATCACCACAATTTGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104498 CACATTCTGAGTCAGGAGAAAGTGGATGGTGAAATCACCACAATTTGTCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 AAAAAGCATTCAAGTTGGTTCTCAGCCAAACAATGCAAAACATGTAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104548 AAAAAGCATTCAAGTTGGTTCTCAGCCAAACAATGCAAAACATGTAAAAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 AGCTCATTGAGGAATGGTCACATGCTCTTTACTTAAAGCTTAGAAAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104598 AGCTCATTGAGGAATGGTCACATGCTCTTTACTTAAAGCTTAGAAAAGAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 ACATTTATTTTGGAAGGAAAGGAAAATAGAGAGAAAAGAATGATCAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104648 ACATTTATTTTGGAAGGAAAGGAAAATAGAGAGAAAAGAATGATCAAAAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 GGCATGTGAACAATTAAGTTCGAGATACCTTGAAGTCCTGATTAACCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104698 GGCATGTGAACAATTAAGTTCGAGATACCTTGAAGTCCTGATTAACCTTT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 ATAGGACACACATTGACATTATAGGATCTTCTTCTGACACTTACCTGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104748 ATAGGACACACATTGACATTATAGGATCTTCTTCTGACACTTACCTGTTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .
   1033 AAAAAAGGGGTCATGAAATTAATAGGGCAAAAGGTTAGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104798 AAAAAAGGGGTCATGAAATTAATAGGGCAAAAGGTTAGT