seq1 = pF1KE0790.tfa, 1386 bp
seq2 = pF1KE0790/gi568815579f_52200445.tfa (gi568815579f:52200445_52466764), 266320 bp

>pF1KE0790 1386
>gi568815579f:52200445_52466764 (Chr19)

1-63  (148729-148791)   100% ->
64-190  (153238-153364)   100% ->
191-319  (153807-153935)   100% ->
320-1386  (165254-166320)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTATGTGATGAAGAAGCCCAGAAGAGGAAAGCAAAGGAGTCAGGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148729 ATGCTATGTGATGAAGAAGCCCAGAAGAGGAAAGCAAAGGAGTCAGGGAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCTCTTCCTCAG         GGACGCTTGACATTCATGGACGTGGCCA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 148779 GGCTCTTCCTCAGGTA...TAGGGACGCTTGACATTCATGGACGTGGCCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TCGAATTCTCTCAGGAGGAGTGGAAATCCCTGGACCCTGGACAGAGGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153266 TCGAATTCTCTCAGGAGGAGTGGAAATCCCTGGACCCTGGACAGAGGGCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTATACAGGGACGTGATGTTGGAGAACTACAGGAACCTGGTCTTTCTGG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 153316 TTATACAGGGACGTGATGTTGGAGAACTACAGGAACCTGGTCTTTCTGGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    191         GAATCTGTCTTCCTGACCTAAGTATTATTTCCATGTTGAAGC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153366 TG...CAGGAATCTGTCTTCCTGACCTAAGTATTATTTCCATGTTGAAGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AAAGGAGAGAGCCCTTGATTCTGCAAAGTCAAGTTAAAATAGTAAAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153849 AAAGGAGAGAGCCCTTGATTCTGCAAAGTCAAGTTAAAATAGTAAAAAAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ACAGATGGAAGGGAATGTGTCAGAAGCGTGAACACAG         GGAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 153899 ACAGATGGAAGGGAATGTGTCAGAAGCGTGAACACAGGTA...TAGGGAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GAGCTGTGTATTGGGAAGCAATGCAGAAAACAAGCCTATTAAAAATCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165258 GAGCTGTGTATTGGGAAGCAATGCAGAAAACAAGCCTATTAAAAATCAAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TTGGATTAACCCTTGAGTCACATCTGTCTGAATTGCAGCTGTTTCAAGCC
        ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
 165308 TTGGATTAACCCTTGAGGCACATCTGTCTGAATTGCAGCTGTTTCAAGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GGAAGGAAAATTTACAGAAGTAATCAAGTTGAAAAGTTTACAAACCATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165358 GGAAGGAAAATTTACAGAAGTAATCAAGTTGAAAAGTTTACAAACCATCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TTCCTCAGTTTCACCACTTCAAAAAATTTCTTCTAGTTTCACAACACACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165408 TTCCTCAGTTTCACCACTTCAAAAAATTTCTTCTAGTTTCACAACACACA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TTTTTAATAAATATAGAAATGATCTTATTGATTTCCCATTACTCCCACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165458 TTTTTAATAAATATAGAAATGATCTTATTGATTTCCCATTACTCCCACAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GAAGAGAAAGCATACATTAGAGGAAAATCTTATGAATATGAATGTAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165508 GAAGAGAAAGCATACATTAGAGGAAAATCTTATGAATATGAATGTAGTGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 AGATGGTGAAGTTTTTAGAGTCCCTGCAAGCCTTACTAACCATCAAGTAA
        ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
 165558 AGATGGTGAAGTTTTTAGAGTCCGTGCAAGCCTTACTAACCATCAAGTAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TCCATACCGCAGAGAAACCTTACAAATGTACTGAATGTGGCAAGGTCTTC
        ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165608 TCCATACTGCAGAGAAACCTTACAAATGTACTGAATGTGGCAAGGTCTTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 AGTCGCAATTCACACCTTGTAGAACATTGGAGAATTCATACTGGACAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165658 AGTCGCAATTCACACCTTGTAGAACATTGGAGAATTCATACTGGACAGAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 GCCTTACAAATGTAGTGAATGTGACAAGGTGTTTAATCGCAATTCAAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165708 GCCTTACAAATGTAGTGAATGTGACAAGGTGTTTAATCGCAATTCAAACC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 TTGCACGACATCAAAGAATTCATACTGGAGAGAAGCCTCACAAATGTAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165758 TTGCACGACATCAAAGAATTCATACTGGAGAGAAGCCTCACAAATGTAAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 GAATGTGGCAAAGCTTTTAGAGAGTGTTCAGGACTTACTACCCATCTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
 165808 GAATGTGGCAAAGCTTTTAGAGAGTGTTCGGGACTTACTACCCATCTTGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 AATCCATACTGGAGAGAAACCTTACAAATGTAATGAGTGTGGCAAGAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165858 AATCCATACTGGAGAGAAACCTTACAAATGTAATGAGTGTGGCAAGAACT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 TCAGGCACAAATTTTCTCTAACCAATCATCAGAGAAGTCACACGGCGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165908 TCAGGCACAAATTTTCTCTAACCAATCATCAGAGAAGTCACACGGCGGAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 AAACCTTACAAATGTAATGAATGTGGCAAGGTCTTTAGTCTGCTTTCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165958 AAACCTTACAAATGTAATGAATGTGGCAAGGTCTTTAGTCTGCTTTCATA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 CCTTGCACGGCATCAAATAATTCATAGTACAGAGAAGCCCTACAAATGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166008 CCTTGCACGGCATCAAATAATTCATAGTACAGAGAAGCCCTACAAATGTA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 ACGAATGTGGAAGAGCATTTCACAAGCGTCCGGGCCTTATGGCCCATCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166058 ACGAATGTGGAAGAGCATTTCACAAGCGTCCGGGCCTTATGGCCCATCTT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 CTAATCCATACTGGAGAGAAACCTTACAAATGTAATGAATGTGACAAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166108 CTAATCCATACTGGAGAGAAACCTTACAAATGTAATGAATGTGACAAAGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1224 CTTTGGGCGCAAATTATACCTAACCAACCATCAGAGAATTCATACTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166158 CTTTGGGCGCAAATTATACCTAACCAACCATCAGAGAATTCATACTGGAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1274 AGAGACCTTACAAGTGTAATGCATGTGGCAAGGTCTTCAATCAAAATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166208 AGAGACCTTACAAGTGTAATGCATGTGGCAAGGTCTTCAATCAAAATCCA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1324 CACCTTTCACGACATCGGAAAATTCATGCTGGAGAGAATTCACTGCGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166258 CACCTTTCACGACATCGGAAAATTCATGCTGGAGAGAATTCACTGCGTAC

   1400     .    :
   1374 CTTACAGATGGAA
        |||||||||||||
 166308 CTTACAGATGGAA