seq1 = pF1KE0789.tfa, 1062 bp
seq2 = pF1KE0789/gi568815578r_21295914.tfa (gi568815578r:21295914_21497399), 201486 bp

>pF1KE0789 1062
>gi568815578r:21295914_21497399 (Chr20)

(complement)

1-442  (100001-100442)   100% ->
443-1062  (100867-101486)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCGTTGAGCCCAAAGCACACGACGCCCTTCTCCGTGTCCGACATCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCGTTGAGCCCAAAGCACACGACGCCCTTCTCCGTGTCCGACATCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAGCCCCATCGAGGAGACCTACAAGAAGTTCAGCGGCGCCATGGACGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAGCCCCATCGAGGAGACCTACAAGAAGTTCAGCGGCGCCATGGACGGCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGCCACCCGGCCTGGGGGCGCCCCTGGGGGCCGCGGCCGCCTACCGCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CGCCACCCGGCCTGGGGGCGCCCCTGGGGGCCGCGGCCGCCTACCGCGCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CCGCCACCTGGGCCCTCCTCGCAGGCGGCGACCGTGGCGGGCATGCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CCGCCACCTGGGCCCTCCTCGCAGGCGGCGACCGTGGCGGGCATGCAGCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TTCTCACGCCATGGCGGGTCACAACGCGGCGGCCGCGGCGGCGGCGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TTCTCACGCCATGGCGGGTCACAACGCGGCGGCCGCGGCGGCGGCGGCAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CAGCTGCGGCGGCGGCGGCCGCCACCTACCACATGCCGCCCGGCGTCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CAGCTGCGGCGGCGGCGGCCGCCACCTACCACATGCCGCCCGGCGTCTCG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CAGTTCCCGCACGGCGCCATGGGCAGCTACTGCAACGGCGGCCTGGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CAGTTCCCGCACGGCGCCATGGGCAGCTACTGCAACGGCGGCCTGGGCAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CATGGGCGAGCTGCCCGCCTACACGGACGGCATGCGGGGCGGCGCGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CATGGGCGAGCTGCCCGCCTACACGGACGGCATGCGGGGCGGCGCGGCCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CCGGCTGGTACGGCGCCAACCCGGACCCACGCTACTCGTCAA        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 100401 CCGGCTGGTACGGCGCCAACCCGGACCCACGCTACTCGTCAAGTG...CA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    443  TCTCCAGGTTCATGGGGCCGTCGGCGGGCGTGAATGTGGCCGGCATGGG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100866 GTCTCCAGGTTCATGGGGCCGTCGGCGGGCGTGAATGTGGCCGGCATGGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GTCGCTGACCGGCATCGCGGACGCCGCCAAGTCGCTGGGCCCGCTGCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100916 GTCGCTGACCGGCATCGCGGACGCCGCCAAGTCGCTGGGCCCGCTGCACG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 CGGCGGCGGCGGCAGCCGCTCCGCGAAGGAAGCGCCGCGTGCTCTTCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100966 CGGCGGCGGCGGCAGCCGCTCCGCGAAGGAAGCGCCGCGTGCTCTTCTCG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 CAGGCGCAGGTCTACGAGCTGGAGCGGCGCTTCAAGCAGCAGAAGTACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101016 CAGGCGCAGGTCTACGAGCTGGAGCGGCGCTTCAAGCAGCAGAAGTACCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 GTCGGCGCCCGAGCGCGAGCACCTGGCCAGCATGATCCACCTGACGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101066 GTCGGCGCCCGAGCGCGAGCACCTGGCCAGCATGATCCACCTGACGCCCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 CGCAGGTCAAGATCTGGTTCCAGAACCACCGGTACAAGATGAAACGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101116 CGCAGGTCAAGATCTGGTTCCAGAACCACCGGTACAAGATGAAACGGCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 GCCAAGGACAAGGCGGCGCAGCAGCTGCAGCAGGAGGGCGGCCTGGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101166 GCCAAGGACAAGGCGGCGCAGCAGCTGCAGCAGGAGGGCGGCCTGGGCCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 GCCGCCGCCTCCGCCGCCGTCCCCGCGCCGCGTGGCGGTGCCTGTGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101216 GCCGCCGCCTCCGCCGCCGTCCCCGCGCCGCGTGGCGGTGCCTGTGCTGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 TCAAGGACGGCAAGCCGTGCCAGAACGGCGCCAGCACGCCCACCCCCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101266 TCAAGGACGGCAAGCCGTGCCAGAACGGCGCCAGCACGCCCACCCCCGGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 CAGGCCGGTCCGCAGCCGCCGGCCCCGACGCCAGCACCTGAGCTGGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101316 CAGGCCGGTCCGCAGCCGCCGGCCCCGACGCCAGCACCTGAGCTGGAGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 GCTGTCGCCCAGCCCACCCGCGCTGCACGGCCCGGGGGGCGGCCTGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101366 GCTGTCGCCCAGCCCACCCGCGCTGCACGGCCCGGGGGGCGGCCTGGCGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 CCCTGGACGCGGCCGCCGGGGAGTACAGCGGCGGCGTCCTGGGCGCCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101416 CCCTGGACGCGGCCGCCGGGGAGTACAGCGGCGGCGTCCTGGGCGCCAAC

   1050     .    :    .    :
   1042 CTGCTCTATGGCAGGACGTGG
        |||||||||||||||||||||
 101466 CTGCTCTATGGCAGGACGTGG