seq1 = pF1KE0788.tfa, 1257 bp
seq2 = pF1KE0788/gi568815579f_7803945.tfa (gi568815579f:7803945_8012428), 208484 bp

>pF1KE0788 1257
>gi568815579f:7803945_8012428 (Chr19)

1-124  (100001-100124)   100% ->
125-266  (105811-105952)   100% ->
267-333  (106119-106185)   100% ->
334-447  (106316-106429)   100% ->
448-567  (106509-106628)   100% ->
568-675  (106752-106859)   100% ->
676-855  (107036-107215)   100% ->
856-936  (107306-107386)   100% ->
937-1079  (107492-107634)   100% ->
1080-1125  (108205-108250)   100% ->
1126-1257  (108353-108484)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCGTCCTCCCTGGAACAGAAGCTGTCCCGCCTGGAAGCAAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGCGTCCTCCCTGGAACAGAAGCTGTCCCGCCTGGAAGCAAAGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAAGCAGGAGAACCGGGAGGCCCGGCGGAGGATCGACCTCAACCTGGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAAGCAGGAGAACCGGGAGGCCCGGCGGAGGATCGACCTCAACCTGGATA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCAGCCCCCAGCGGCCCAGGCCCA         CCCTGCAGCTCCCGCTG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 100101 TCAGCCCCCAGCGGCCCAGGCCCAGTA...TAGCCCTGCAGCTCCCGCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCCAACGATGGGGGCAGCCGCTCGCCATCCTCAGAGAGCTCCCCGCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105828 GCCAACGATGGGGGCAGCCGCTCGCCATCCTCAGAGAGCTCCCCGCAGCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCCCACGCCCCCCGCCCGGCCCCGCCACATGCTGGGGCTCCCGTCAACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105878 CCCCACGCCCCCCGCCCGGCCCCGCCACATGCTGGGGCTCCCGTCAACCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGTTCACACCCCGCAGCATGGAGAG         CATTGAGATTGACCAG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 105928 TGTTCACACCCCGCAGCATGGAGAGGTG...CAGCATTGAGATTGACCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AAGCTGCAGGAGATCATGAAGCAGACGGGCTACCTGACCATCGGGGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106135 AAGCTGCAGGAGATCATGAAGCAGACGGGCTACCTGACCATCGGGGGCCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 G         CGCTACCAGGCAGAAATCAACGACCTGGAGAACTTGGGCG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106185 GGTA...CAGCGCTACCAGGCAGAAATCAACGACCTGGAGAACTTGGGCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGATGGGCAGCGGCACCTGCGGCCAGGTGTGGAAGATGCGCTTCCGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106356 AGATGGGCAGCGGCACCTGCGGCCAGGTGTGGAAGATGCGCTTCCGGAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ACCGGCCACGTCATTGCCGTTAAG         CAAATGCGGCGCTCCGG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 106406 ACCGGCCACGTCATTGCCGTTAAGGTG...CAGCAAATGCGGCGCTCCGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GAACAAGGAGGAGAACAAGCGCATCCTCATGGACCTGGATGTGGTGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106526 GAACAAGGAGGAGAACAAGCGCATCCTCATGGACCTGGATGTGGTGCTGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AGAGCCACGACTGCCCCTACATCGTGCAGTGCTTTGGGACGTTCATCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106576 AGAGCCACGACTGCCCCTACATCGTGCAGTGCTTTGGGACGTTCATCACC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AAC         ACGGACGTCTTCATCGCCATGGAGCTCATGGGCACCTG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106626 AACGTG...CAGACGGACGTCTTCATCGCCATGGAGCTCATGGGCACCTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CGCTGAGAAGCTCAAGAAGCGGATGCAGGGCCCCATCCCCGAGCGCATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106790 CGCTGAGAAGCTCAAGAAGCGGATGCAGGGCCCCATCCCCGAGCGCATTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TGGGCAAGATGACAGTGGCG         ATTGTGAAGGCGCTGTACTAC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 106840 TGGGCAAGATGACAGTGGCGGTG...CAGATTGTGAAGGCGCTGTACTAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CTGAAGGAGAAGCACGGTGTCATCCACCGCGACGTCAAGCCCTCCAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107057 CTGAAGGAGAAGCACGGTGTCATCCACCGCGACGTCAAGCCCTCCAACAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CCTGCTGGACGAGCGGGGCCAGATCAAGCTCTGCGACTTCGGCATCAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107107 CCTGCTGGACGAGCGGGGCCAGATCAAGCTCTGCGACTTCGGCATCAGCG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 GCCGCCTGGTGGACTCCAAAGCCAAGACGCGGAGCGCCGGCTGTGCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107157 GCCGCCTGGTGGACTCCAAAGCCAAGACGCGGAGCGCCGGCTGTGCCGCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 TACATGGCA         CCCGAGCGCATTGACCCCCCAGACCCCACCAA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 107207 TACATGGCAGTG...CAGCCCGAGCGCATTGACCCCCCAGACCCCACCAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GCCGGACTATGACATCCGGGCCGACGTATGGAGCCTGGGCATCTCGTTG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 107338 GCCGGACTATGACATCCGGGCCGACGTATGGAGCCTGGGCATCTCGTTGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    937         GTGGAGCTGGCAACAGGACAGTTTCCCTACAAGAACTGCAAG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107388 TG...CAGGTGGAGCTGGCAACAGGACAGTTTCCCTACAAGAACTGCAAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 ACGGACTTTGAGGTCCTCACCAAAGTCCTACAGGAAGAGCCCCCGCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107534 ACGGACTTTGAGGTCCTCACCAAAGTCCTACAGGAAGAGCCCCCGCTTCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GCCCGGACACATGGGCTTCTCGGGGGACTTCCAGTCCTTCGTCAAAGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107584 GCCCGGACACATGGGCTTCTCGGGGGACTTCCAGTCCTTCGTCAAAGACT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 G         CCTTACTAAAGATCACAGGAAGAGACCAAAGTATAATAAG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107634 GGTG...TAGCCTTACTAAAGATCACAGGAAGAGACCAAAGTATAATAAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 CTACTT         GAACACAGCTTCATCAAGCGCTACGAGACGCTGGA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108245 CTACTTGTG...CAGGAACACAGCTTCATCAAGCGCTACGAGACGCTGGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 GGTGGACGTGGCGTCCTGGTTCAAGGATGTCATGGCGAAGACTGAGTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108388 GGTGGACGTGGCGTCCTGGTTCAAGGATGTCATGGCGAAGACTGAGTCAC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1211 CGCGGACTAGCGGCGTCCTGAGCCAGCCCCACCTGCCCTTCTTCAGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108438 CGCGGACTAGCGGCGTCCTGAGCCAGCCCCACCTGCCCTTCTTCAGG