seq1 = pF1KE0786.tfa, 1371 bp
seq2 = pF1KE0786/gi568815593r_177383647.tfa (gi568815593r:177383647_177596512), 212866 bp

>pF1KE0786 1371
>gi568815593r:177383647_177596512 (Chr5)

(complement)

1-96  (100001-100096)   100% ->
97-248  (103836-103987)   100% ->
249-279  (104078-104108)   100% ->
280-398  (104588-104706)   100% ->
399-535  (105367-105503)   100% ->
536-572  (105607-105643)   100% ->
573-634  (106681-106742)   100% ->
635-869  (106886-107120)   100% ->
870-1050  (108265-108445)   100% ->
1051-1171  (112323-112443)   100% ->
1172-1287  (112531-112646)   100% ->
1288-1371  (112783-112866)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATTCCTTCAAAGTAGTGCTGGAGGGGCCAGCACCTTGGGGCTTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATTCCTTCAAAGTAGTGCTGGAGGGGCCAGCACCTTGGGGCTTCCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTGCAAGGGGGCAAGGACTTCAATGTGCCCCTCTCCATTTCCCGG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100051 GCTGCAAGGGGGCAAGGACTTCAATGTGCCCCTCTCCATTTCCCGGGTG.

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     97      CTCACTCCTGGGGGCAAAGCGGCGCAGGCCGGAGTGGCCGTGGGT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ..CAGCTCACTCCTGGGGGCAAAGCGGCGCAGGCCGGAGTGGCCGTGGGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GACTGGGTGCTGAGCATCGATGGCGAGAATGCGGGTAGCCTCACACACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103881 GACTGGGTGCTGAGCATCGATGGCGAGAATGCGGGTAGCCTCACACACAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CGAAGCTCAGAACAAGATCCGGGCCTGCGGGGAGCGCCTCAGCCTGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103931 CGAAGCTCAGAACAAGATCCGGGCCTGCGGGGAGCGCCTCAGCCTGGGCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TCAGCAG         GGCCCAGCCGGTTCAGAGCAAACCGCAGAAG   
        |||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 103981 TCAGCAGGTA...CAGGGCCCAGCCGGTTCAGAGCAAACCGCAGAAGGTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    280       GCCTCCGCCCCCGCCGCGGACCCTCCGCGGTACACCTTTGCACC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104112 ...CAGGCCTCCGCCCCCGCCGCGGACCCTCCGCGGTACACCTTTGCACC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CAGCGTCTCCCTCAACAAGACGGCCCGGCCCTTTGGGGCGCCCCCGCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104632 CAGCGTCTCCCTCAACAAGACGGCCCGGCCCTTTGGGGCGCCCCCGCCCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CTGACAGCGCCCCGCAGCAGAATGG         ACAGCCGCTCCGACCG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 104682 CTGACAGCGCCCCGCAGCAGAATGGGTA...CAGACAGCCGCTCCGACCG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CTGGTCCCAGATGCCAGCAAGCAGCGGCTGATGGAGAACACAGAGGACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105383 CTGGTCCCAGATGCCAGCAAGCAGCGGCTGATGGAGAACACAGAGGACTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GCGGCCGCGGCCGGGGACAGGCCAGTCGCGTTCCTTCCGCATCCTTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105433 GCGGCCGCGGCCGGGGACAGGCCAGTCGCGTTCCTTCCGCATCCTTGCCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ACCTCACAGGCACCGAGTTCA         TGCAAGACCCGGATGAGGAG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 105483 ACCTCACAGGCACCGAGTTCAGTA...CAGTGCAAGACCCGGATGAGGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CACCTGAAGAAATCAAG         CCAGGTGCCCAGGACAGAAGCCCC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 105627 CACCTGAAGAAATCAAGGTA...CAGCCAGGTGCCCAGGACAGAAGCCCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 AGCCCCAGCCTCATCTACACCCCAGGAGCCCTGGCCTG         GCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 106705 AGCCCCAGCCTCATCTACACCCCAGGAGCCCTGGCCTGGTG...CAGGCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 CTACCGCCCCCAGCCCTACCAGCCGCCCGCCCTGGGCTGTGGACCCTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106889 CTACCGCCCCCAGCCCTACCAGCCGCCCGCCCTGGGCTGTGGACCCTGCG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 TTTGCCGAGCGCTATGCCCCGGACAAAACGAGCACAGTGCTGACCCGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106939 TTTGCCGAGCGCTATGCCCCGGACAAAACGAGCACAGTGCTGACCCGGCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 CAGCCAGCCGGCCACGCCCACGCCGCTGCAGAGCCGCACCTCCATTGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106989 CAGCCAGCCGGCCACGCCCACGCCGCTGCAGAGCCGCACCTCCATTGTGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 AGGCAGCTGCCGGAGGGGTGCCAGGAGGGGGCAGCAACAACGGCAAGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107039 AGGCAGCTGCCGGAGGGGTGCCAGGAGGGGGCAGCAACAACGGCAAGACT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CCCGTGTGTCACCAGTGCCACAAGGTCATCCG         GGGCCGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 107089 CCCGTGTGTCACCAGTGCCACAAGGTCATCCGGTG...CAGGGGCCGCTA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 CCTGGTGGCGCTGGGCCACGCGTACCACCCGGAGGAGTTTGTGTGTAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108274 CCTGGTGGCGCTGGGCCACGCGTACCACCCGGAGGAGTTTGTGTGTAGCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 AGTGTGGGAAGGTCCTGGAAGAGGGTGGCTTCTTTGAGGAGAAGGGCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108324 AGTGTGGGAAGGTCCTGGAAGAGGGTGGCTTCTTTGAGGAGAAGGGCGCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 ATCTTCTGCCCACCATGCTATGACGTGCGCTATGCACCCAGCTGTGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108374 ATCTTCTGCCCACCATGCTATGACGTGCGCTATGCACCCAGCTGTGCCAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GTGCAAGAAGAAGATTACAGGC         GAGATCATGCACGCCCTGA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 108424 GTGCAAGAAGAAGATTACAGGCGTG...CAGGAGATCATGCACGCCCTGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 AGATGACCTGGCACGTGCACTGCTTTACCTGTGCTGCCTGCAAGACGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112342 AGATGACCTGGCACGTGCACTGCTTTACCTGTGCTGCCTGCAAGACGCCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 ATCCGGAACAGGGCCTTCTACATGGAGGAGGGCGTGCCCTATTGCGAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112392 ATCCGGAACAGGGCCTTCTACATGGAGGAGGGCGTGCCCTATTGCGAGCG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 AG         ACTATGAGAAGATGTTTGGCACGAAATGCCATGGCTGTG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112442 AGGTA...CAGACTATGAGAAGATGTTTGGCACGAAATGCCATGGCTGTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 ACTTCAAGATCGACGCTGGGGACCGCTTCCTGGAGGCCCTGGGCTTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112570 ACTTCAAGATCGACGCTGGGGACCGCTTCCTGGAGGCCCTGGGCTTCAGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 TGGCATGACACCTGCTTCGTCTGTGCG         ATATGTCAGATCAA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 112620 TGGCATGACACCTGCTTCGTCTGTGCGGTG...TAGATATGTCAGATCAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 CCTGGAAGGAAAGACCTTCTACTCCAAGAAGGACAGGCCTCTCTGCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112797 CCTGGAAGGAAAGACCTTCTACTCCAAGAAGGACAGGCCTCTCTGCAAGA

   1450     .    :    .    :
   1352 GCCATGCCTTCTCTCATGTG
        ||||||||||||||||||||
 112847 GCCATGCCTTCTCTCATGTG