seq1 = pF1KE0785.tfa, 1059 bp
seq2 = pF1KE0785/gi568815593r_140571296.tfa (gi568815593r:140571296_140773390), 202095 bp

>pF1KE0785 1059
>gi568815593r:140571296_140773390 (Chr5)

(complement)

1-24  (99849-99872)   100% ->
25-142  (100003-100120)   100% ->
143-604  (100485-100946)   99% ->
605-1059  (101641-102095)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCAGTCCAAGCGGGATTGTGAG         CTGTGGTGTGAGAGGGT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
  99849 ATGCAGTCCAAGCGGGATTGTGAGGTA...CAGCTGTGGTGTGAGAGGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GAATCCAGAGAACAAGGCGGCGCTGGAGGCGTGGGTCAGGGAGACAGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100020 GAATCCAGAGAACAAGGCGGCGCTGGAGGCGTGGGTCAGGGAGACAGGCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TCCGCCTGGTGCAGGTGAACGGGCAGAGGAAGTATGGCGGGCCACCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100070 TCCGCCTGGTGCAGGTGAACGGGCAGAGGAAGTATGGCGGGCCACCCCCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 G         GCTGGGTGGGCAGCCCGCCGCCAGCTGGGTCAGAGGTGTT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100120 GGTA...CAGGCTGGGTGGGCAGCCCGCCGCCAGCTGGGTCAGAGGTGTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CATCGGGCGGCTGCCTCAGGACGTGTACGAGCACCAGCTTATCCCGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100525 CATCGGGCGGCTGCCTCAGGACGTGTACGAGCACCAGCTTATCCCGCTGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TCCAGCGCGTGGGCCGCCTCTACGAGTTCCGCCTGATGATGACCTTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100575 TCCAGCGCGTGGGCCGCCTCTACGAGTTCCGCCTGATGATGACCTTCAGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GGCCTGAACCGCGGCTTCGCCTATGCCCGCTACAGCTCGAGGCGCGGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100625 GGCCTGAACCGCGGCTTCGCCTATGCCCGCTACAGCTCGAGGCGCGGCGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GCAGGCCGCCATCGCCACGCTGCACAACCACCCGCTGCGGCCGTCCTGCC
        |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
 100675 GCAGGCCGCCATCGCCACGCTGCACAACCATCCGCTGCGGCCGTCCTGCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CGCTGCTCGTGTGCCGCAGCACCGAGAAGTGTGAGCTGAGCGTTGACGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100725 CGCTGCTCGTGTGCCGCAGCACCGAGAAGTGTGAGCTGAGCGTTGACGGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CTGCCGCCGAATCTGACCCGCAGCGCGCTGCTGCTCGCGCTGCAGCCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100775 CTGCCGCCGAATCTGACCCGCAGCGCGCTGCTGCTCGCGCTGCAGCCGCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GGGTCCCGGCTTGCAGGAGGCGCGGCTGCTGCCCAGCCCCGGACCGGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100825 GGGTCCCGGCTTGCAGGAGGCGCGGCTGCTGCCCAGCCCCGGACCGGCGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CCGGGCAGATCGCTCTGCTCAAATTCAGCTCGCACCGGGCCGCTGCCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100875 CCGGGCAGATCGCTCTGCTCAAATTCAGCTCGCACCGGGCCGCTGCCATG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GCCAAAAAGGCCCTGGTGGAAG         GGCAGTCACACCTCTGTGG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 100925 GCCAAAAAGGCCCTGGTGGAAGGTA...CAGGGCAGTCACACCTCTGTGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 AGAGCAGGTGGCTGTGGAGTGGCTCAAGCCAGACCTGAAGCAGCGACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101660 AGAGCAGGTGGCTGTGGAGTGGCTCAAGCCAGACCTGAAGCAGCGACTTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 GCCAGCAGCTTGTGGGTCCCTTCTTGCGGTCCCCACAGCCAGAGGGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101710 GCCAGCAGCTTGTGGGTCCCTTCTTGCGGTCCCCACAGCCAGAGGGCAGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 CAGTTGGCTTTGGCAAGGGACAAGTTGGGGTTCCAAGGGGCTCGGGCTAC
        |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
 101760 CAGTTGGCTTTGGCAAGGGACAAGTTAGGGTTCCAAGGGGCTCGGGCTAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 CCTGCAGTTGCTGTGCCAACGAATGAAGCTGGGCAGCCCTGTGTTCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101810 CCTGCAGTTGCTGTGCCAACGAATGAAGCTGGGCAGCCCTGTGTTCCTCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 CCAAGTGTTTGGGCATAGGACCTGCTGGCTGGCACCGCTTCTGGTACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101860 CCAAGTGTTTGGGCATAGGACCTGCTGGCTGGCACCGCTTCTGGTACCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 GTGGTGATTCCTGGGCATCCGGTGCCCTTCAGCGGCCTCATCTGGGTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101910 GTGGTGATTCCTGGGCATCCGGTGCCCTTCAGCGGCCTCATCTGGGTTGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 GCTGACCCTAGATGGCCGGGATGGGCATGAGGTGGCCAAGGATGCTGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101960 GCTGACCCTAGATGGCCGGGATGGGCATGAGGTGGCCAAGGATGCTGTGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 CTGTACGGCTGCTGCAGGCACTCAGTGAGTCTGGGGCCAACCTCCTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102010 CTGTACGGCTGCTGCAGGCACTCAGTGAGTCTGGGGCCAACCTCCTGTGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .
   1024 TCTGCTGGGGCTGAGGCAGGTACCATGGTTAAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102060 TCTGCTGGGGCTGAGGCAGGTACCATGGTTAAACAG