seq1 = pF1KE0784.tfa, 1269 bp
seq2 = pF1KE0784/gi568815593f_123445664.tfa (gi568815593f:123445664_123714393), 268730 bp

>pF1KE0784 1269
>gi568815593f:123445664_123714393 (Chr5)

1-178  (100001-100178)   100% ->
179-219  (107444-107484)   100% ->
220-289  (111832-111901)   100% ->
290-438  (127730-127878)   100% ->
439-673  (130066-130300)   100% ->
674-759  (142405-142490)   100% ->
760-844  (142764-142848)   100% ->
845-990  (144750-144895)   100% ->
991-1086  (145656-145751)   100% ->
1087-1193  (159061-159167)   100% ->
1194-1217  (159676-159699)   100% ->
1218-1269  (168679-168730)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAAAATAAAAAGAAAGACAAGGACAAATCAGATGATAGAATGGCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAAAATAAAAAGAAAGACAAGGACAAATCAGATGATAGAATGGCACG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ACCTAGTGGTCGATCGGGACACAACACTCGAGGAACTGGGTCTTCATCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ACCTAGTGGTCGATCGGGACACAACACTCGAGGAACTGGGTCTTCATCGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTGGAGTTTTAATGGTTGGACCTAACTTTAGAGTTGGAAAAAAAATTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CTGGAGTTTTAATGGTTGGACCTAACTTTAGAGTTGGAAAAAAAATTGGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TGTGGCAATTTTGGAGAATTACGATTAG         GGAAAAATTTATA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 100151 TGTGGCAATTTTGGAGAATTACGATTAGGTA...AAGGGAAAAATTTATA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CACAAATGAATATGTGGCAATTAAGTTG         GAGCCCATGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 107457 CACAAATGAATATGTGGCAATTAAGTTGGTA...TAGGAGCCCATGAAAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CAAGAGCACCACAGCTACATTTGGAATACAGATTCTATAAGCAGTTAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111845 CAAGAGCACCACAGCTACATTTGGAATACAGATTCTATAAGCAGTTAGGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TCTGGAG         ATGGTATACCTCAAGTTTACTATTTCGGCCCTTG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111895 TCTGGAGGTA...CAGATGGTATACCTCAAGTTTACTATTTCGGCCCTTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TGGTAAATACAATGCTATGGTGCTGGAACTGCTGGGACCTAGTTTGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127764 TGGTAAATACAATGCTATGGTGCTGGAACTGCTGGGACCTAGTTTGGAAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ACTTGTTTGACTTGTGTGACAGAACATTTTCTCTTAAAACAGTTCTCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127814 ACTTGTTTGACTTGTGTGACAGAACATTTTCTCTTAAAACAGTTCTCATG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ATAGCTATACAACTG         ATTTCTCGCATGGAATATGTCCATTC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 127864 ATAGCTATACAACTGGTA...AAGATTTCTCGCATGGAATATGTCCATTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AAAGAACTTGATATACAGAGATGTAAAACCTGAGAACTTCTTAATAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130092 AAAGAACTTGATATACAGAGATGTAAAACCTGAGAACTTCTTAATAGGAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GACCAGGAAACAAAACCCAGCAAGTTATTCACATTATAGATTTTGGTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130142 GACCAGGAAACAAAACCCAGCAAGTTATTCACATTATAGATTTTGGTTTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GCAAAGGAATATATTGATCCGGAGACAAAGAAACACATACCATACAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130192 GCAAAGGAATATATTGATCCGGAGACAAAGAAACACATACCATACAGAGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 ACACAAGAGCCTTACAGGAACAGCTAGATATATGAGCATAAACACACATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130242 ACACAAGAGCCTTACAGGAACAGCTAGATATATGAGCATAAACACACATT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TAGGAAAAG         AACAAAGTAGAAGAGACGATTTAGAAGCTTTA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 130292 TAGGAAAAGGTA...CAGAACAAAGTAGAAGAGACGATTTAGAAGCTTTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GGTCATATGTTCATGTATTTTCTGAGAGGCAGTCTTCCTTGGCAAGGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142437 GGTCATATGTTCATGTATTTTCTGAGAGGCAGTCTTCCTTGGCAAGGCTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 AAAG         GCTGACACATTAAAGGAGAGGTATCAGAAAATTGGAG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142487 AAAGGTA...TAGGCTGACACATTAAAGGAGAGGTATCAGAAAATTGGAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 ATACAAAACGGGCTACACCAATAGAAGTGTTATGTGAAAATTTTCCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 142801 ATACAAAACGGGCTACACCAATAGAAGTGTTATGTGAAAATTTTCCAGGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    845        AAATGGCAACATATCTTCGTTATGTAAGAAGGCTAGATTTTTT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142851 A...AAGAAATGGCAACATATCTTCGTTATGTAAGAAGGCTAGATTTTTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TGAAAAACCAGACTATGACTACTTAAGAAAGCTTTTTACTGACTTGTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144793 TGAAAAACCAGACTATGACTACTTAAGAAAGCTTTTTACTGACTTGTTTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 ATCGAAAAGGATATATGTTTGATTATGAATATGACTGGATTGGTAAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144843 ATCGAAAAGGATATATGTTTGATTATGAATATGACTGGATTGGTAAACAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 TTG         CCTACTCCAGTGGGTGCAGTTCAGCAAGATCCTGCTCT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144893 TTGGTG...TAGCCTACTCCAGTGGGTGCAGTTCAGCAAGATCCTGCTCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GTCATCAAACAGAGAAGCACATCAACACAGAGATAAGATGCAACAATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145694 GTCATCAAACAGAGAAGCACATCAACACAGAGATAAGATGCAACAATCCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 AAAACCAG         GTTGTAAGTTCTACAAATGGAGAGTTAAACACA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 145744 AAAACCAGGTT...CAGGTTGTAAGTTCTACAAATGGAGAGTTAAACACA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 GATGACCCCACCGCAGGACGTTCAAATGCACCCATCACAGCCCCTACTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159094 GATGACCCCACCGCAGGACGTTCAAATGCACCCATCACAGCCCCTACTGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 AGTAGAAGTGATGGATGAAACCAA         CTGCCAGAAAGTGTTGA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 159144 AGTAGAAGTGATGGATGAAACCAAGTA...TAGCTGCCAGAAAGTGTTGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 ACATGTG         GTGCTGCTGTTTTTTCAAACGAAGGAAAAGGAAA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159693 ACATGTGGTG...CAGGTGCTGCTGTTTTTTCAAACGAAGGAAAAGGAAA

   1350     .    :    .
   1252 ACCATACAGCGCCACAAA
        ||||||||||||||||||
 168713 ACCATACAGCGCCACAAA